gmx-insert-molecules - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-insert-molecules - แทรกโมเลกุลลงในตำแหน่งงานว่างที่มีอยู่

เรื่องย่อ

gmx แทรกโมเลกุล [-f [<.gro/.g96/...>]] [-นี้ [<.gro/.g96/...>]]
[-ไอพี [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-กล่อง ]
[-nmol ] [-ลอง ] [- เมล็ด ]
[-รัศมี ] [- สเกล ] [- ดร ]
[-เน่า ]

DESCRIPTION

GMX แทรกโมเลกุล แทรก -nmol สำเนาของระบบที่ระบุใน -นี้ ไฟล์อินพุต
การแทรกจะเกิดขึ้นในพื้นที่ว่างในรูปแบบตัวถูกละลายที่กำหนดด้วย
-fหรือลงในช่องว่างที่กำหนดโดย -กล่อง. ระบุทั้งคู่ -f และ -กล่อง ทำตัวเหมือน -fแต่
วางกล่องใหม่ไว้รอบๆ ตัวถูกละลายก่อนการแทรก ความเร็วใด ๆ ในปัจจุบันคือ
ทิ้ง

โดยค่าเริ่มต้น ตำแหน่งการแทรกจะเป็นแบบสุ่ม (โดยมีการระบุตำแหน่งเริ่มต้นโดย - เมล็ด)
โปรแกรมวนซ้ำจนกว่า -nmol โมเลกุลถูกแทรกลงในกล่อง โมเลกุลไม่ได้
แทรกโดยที่ระยะห่างระหว่างอะตอมที่มีอยู่กับอะตอมใด ๆ ของตัวแทรก
โมเลกุลจะน้อยกว่าผลรวมตามรัศมี van der Waals ของอะตอมทั้งสอง ฐานข้อมูล
(vdwradii.dat) ของรัศมี van der Waals ถูกอ่านโดยโปรแกรม และรัศมีผลลัพธ์
ปรับขนาดโดย - สเกล. หากไม่พบรัศมีในฐานข้อมูล เหล่านั้นอะตอมจะได้รับการกำหนด
(กำหนดไว้ล่วงหน้า) ระยะทาง -รัศมี.

ผลรวมของ -nmol * -ลอง มีการพยายามแทรกก่อนที่จะยอมแพ้ เพิ่มขึ้น -ลอง ถ้าคุณ
มีรูเล็ก ๆ หลายรูให้กรอก ตัวเลือก -เน่า ระบุว่าการแทรกโมเลกุล
มีการสุ่มวางก่อนที่จะพยายามแทรก

อีกทางหนึ่ง โมเลกุลสามารถแทรกได้เฉพาะที่ตำแหน่งที่กำหนดไว้ในตำแหน่งเท่านั้นdat
(-ไอพี). ไฟล์นั้นควรมี 3 คอลัมน์ (x,y,z) ที่ให้การกระจัดเมื่อเทียบกับ
ตำแหน่งโมเลกุลอินพุต (-นี้). ดังนั้นหากไฟล์นั้นควรมีค่าสัมบูรณ์
ตำแหน่งโมเลกุลจะต้องอยู่กึ่งกลาง (0,0,0) ก่อนใช้ GMX แทรกโมเลกุล
(เช่น จาก GMX แก้ไข -ศูนย์). ความคิดเห็นในไฟล์นั้นที่ขึ้นต้นด้วย # จะถูกละเว้น
ตัวเลือกเสริม (Option) - ดร กำหนดการเคลื่อนที่ที่อนุญาตสูงสุดระหว่างการทดลองแบบแทรก -ลอง และ
-เน่า ทำงานในโหมดเริ่มต้น (ดูด้านบน)

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.gro/.g96/...>] (โปรตีน.gro) (เลือกได้)
การกำหนดค่าที่มีอยู่เพื่อแทรกลงใน: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr

-นี้ [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
การกำหนดค่าที่จะแทรก: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr

-ไอพี [<.dat>] (ตำแหน่ง.dat) (เลือกได้)
ตำแหน่งทดลองการแทรกที่กำหนดไว้ล่วงหน้า

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
การกำหนดค่าเอาต์พุตหลังจากการแทรก: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ

ตัวเลือกอื่น:

-กล่อง (0 0 0)
ขนาดกล่อง (หน่วย nm)

-nmol (0)
จำนวนโมเลกุลพิเศษที่จะแทรก

-ลอง (10)
ลองใส่ -nmol ครั้ง -ลอง ครั้ง

- เมล็ด (1997)
เมล็ดพืชสุ่ม

-รัศมี (0.105)
ค่าเริ่มต้น van der Waals ระยะทาง

- สเกล (0.57)
ตัวคูณมาตราส่วนเพื่อคูณรัศมี Van der Waals จากฐานข้อมูลใน
share/gromacs/top/vdwradii.dat. ค่าเริ่มต้น 0.57 ให้ความหนาแน่นใกล้เคียงกับ
1000 g/l สำหรับโปรตีนในน้ำ

- ดร (0 0 0)
อนุญาตให้มีการกระจัดใน x/y/z จากตำแหน่งใน -ไอพี ไฟล์

-เน่า
หมุนโมเลกุลที่แทรกแบบสุ่ม: xyz, z, none

ใช้ gmx-insert-molecules ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net