นี่คือคำสั่ง gmx-saxs ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-saxs - คำนวณสเปกตรัมการกระเจิงของเอ็กซ์เรย์มุมเล็ก
เรื่องย่อ
gmx แซ็กโซโฟน [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-ตร [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-xvg ] [-ง ] [-เริ่มต้น ]
[-endq ] [-พลังงาน ]
DESCRIPTION
GMX แซกส์ คำนวณปัจจัยโครงสร้าง SAXS สำหรับกลุ่มดัชนีที่กำหนดตาม Cromer's
กระบวนการ. ต้องใช้ทั้งไฟล์ทอพอโลยีและวิถี
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์
-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-ตร [<.xvg>] (ตร.xว.)
xvgr/xmgr ไฟล์
ตัวเลือกอื่น:
-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)
-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none
-ง (1)
จำนวนกลุ่มในการคำนวณ SAXS
-เริ่มต้น (0)
เริ่มต้น q (1/นาโนเมตร)
-endq (60)
สิ้นสุด q (1/นาโนเมตร)
-พลังงาน (12)
พลังงานของเอ็กซ์เรย์ที่เข้ามา (keV)
ใช้ gmx-saxs ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
