gmx-spol - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-spol - วิเคราะห์การวางแนวไดโพลของตัวทำละลายและโพลาไรซ์รอบตัวถูกละลาย

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ สปอล [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้]
[-xvg ] [-[ไม่]คอม] [- รีแฟต ] [-อาร์มิน ]
[-rmax ] [-จุ่ม ] [-bw ]

DESCRIPTION

GMX สปอล วิเคราะห์ไดโพลรอบ ๆ ตัวถูกละลาย มันมีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับน้ำโพลาไรซ์
กลุ่มของอะตอมอ้างอิงหรือศูนย์กลางของการอ้างอิงมวล (ตัวเลือก - คอม) และคณะ
ต้องใช้อะตอมของตัวทำละลาย โปรแกรมแบ่งกลุ่มของอะตอมตัวทำละลายออกเป็นโมเลกุล
สำหรับโมเลกุลตัวทำละลายแต่ละตัว ระยะห่างจากอะตอมที่ใกล้ที่สุดในกลุ่มอ้างอิงหรือไปยัง
COM ถูกกำหนด มีการพล็อตการกระจายสะสมของระยะทางเหล่านี้ แต่ละ
ระยะห่างระหว่าง -อาร์มิน และ -rmax ผลคูณภายในของเวกเตอร์ระยะทางและไดโพล
ของโมเลกุลตัวทำละลายจะถูกกำหนด สำหรับโมเลกุลตัวทำละลายที่มีประจุสุทธิ (ไอออน) ให้
ประจุสุทธิของไอออนจะถูกลบอย่างเท่าเทียมกันจากอะตอมทั้งหมดในการเลือกไอออนแต่ละตัว
มีการพิมพ์ค่าเฉลี่ยของส่วนประกอบไดโพลเหล่านี้ ทำเช่นเดียวกันสำหรับโพลาไรซ์
โดยที่ไดโพลเฉลี่ยถูกลบออกจากไดโพลทันที ขนาดของ
ไดโพลเฉลี่ยถูกตั้งค่าด้วยตัวเลือก -จุ่ม, ทิศทางถูกกำหนดโดยเวกเตอร์จาก
อะตอมแรกในกลุ่มตัวทำละลายที่เลือกไปยังจุดกึ่งกลางระหว่างตัวที่สองกับ
อะตอมที่สาม

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]คอม (ไม่มี)
ใช้จุดศูนย์กลางมวลเป็นตำแหน่งอ้างอิง

- รีแฟต (1)
อะตอมอ้างอิงของโมเลกุลตัวทำละลาย

-อาร์มิน (0)
ระยะทางสูงสุด (นาโนเมตร)

-rmax (0.32)
ระยะทางสูงสุด (นาโนเมตร)

-จุ่ม (0)
ไดโพลเฉลี่ย (D)

-bw (0.01)
ความกว้างของถัง

ใช้ gmx-spol ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net