gmx-tcaf - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-tcaf - คำนวณความหนืดของของเหลว

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ ทีคาเฟ่ [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-อต [<.xvg>]] [-โอ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-ของ [<.xvg>]]
[-โอค [<.xvg>]] [-ต.ค [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-[ไม่มี]โมล] [-[ไม่]k34]
[-น้ำหนัก ] [-แอคเฟลน ] [-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน] [-P ]
[-fitfn ] [-เริ่มต้นฟิต ] [-จบพอดี ]

DESCRIPTION

GMX ทีแคฟ คำนวณความสัมพันธ์อัตโนมัติปัจจุบันตามขวาง ใช้เพื่อประมาณค่า
ความหนืดเฉือน กทพ. สำหรับรายละเอียด โปรดดู: Palmer, Phys. รายได้ E 49 (1994) หน้า 359-366

กระแสขวางคำนวณโดยใช้เวกเตอร์ k (1,0,0) และ (2,0,0) แต่ละตัวใน
y- และ z-ทิศทาง (1,1,0) และ (1,-1,0) แต่ละตัวอยู่ในระนาบอื่นอีก 2 ลำด้วย (เหล่านี้
เวกเตอร์ไม่เป็นอิสระต่อกัน) และ (1,1,1) และเส้นทแยงมุมอีก 3 ช่อง (ไม่
เป็นอิสระ). สำหรับแต่ละ k-vector จะใช้ไซน์และโคไซน์ร่วมกับ
ความเร็วใน 2 ทิศทางตั้งฉาก จะได้ผลรวม 16*2*2=64 ขวาง
กระแสน้ำ คำนวณความสัมพันธ์อัตโนมัติหนึ่งรายการสำหรับแต่ละ k-vector ซึ่งให้ 16
TCAF TCAF เหล่านี้แต่ละอันจะพอดีกับ f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt (1 - 4 tau eta/rho k^2) ซึ่งให้ค่า tau และ eta 16 ค่า ความพอดี
น้ำหนักลดลงแบบทวีคูณด้วยค่าคงที่เวลา w (กำหนดด้วย -น้ำหนัก) เป็น exp(-t/w) และ the
TCAF และความพอดีคำนวณได้ถึง 5*w ค่าการทางพิเศษแห่งประเทศไทยควรพอดีกับ 1 - a
กทพ. (k) k^2 ซึ่งสามารถประมาณค่าความหนืดเฉือนได้ที่ k=0

เมื่อกล่องเป็นลูกบาศก์ก็ใช้ตัวเลือกได้ -โอคซึ่งเฉลี่ย TCAFs โดยรวม
k-เวกเตอร์ที่มีความยาวเท่ากัน ส่งผลให้ TCAF แม่นยำยิ่งขึ้น ทั้งลูกบาศก์
TCAFs และ fits เขียนถึง -โอค การประมาณการกท -ต.ค.

ด้วยตัวเลือก -โมล, กระแสตามขวางถูกกำหนดโดยโมเลกุลแทนที่จะเป็นอะตอม ใน
ในกรณีนี้ กลุ่มดัชนีควรประกอบด้วยเลขโมเลกุลแทนที่จะเป็นเลขอะตอม

ความหนืดที่ขึ้นกับ k ใน -ต.ค ไฟล์ควรพอดีกับ eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
เพื่อให้ได้ความหนืดที่ความยาวคลื่นอนันต์

หมายเหตุ ให้แน่ใจว่าคุณเขียนพิกัดและความเร็วบ่อยเพียงพอ เริ่มต้น,
ไม่ใช่เลขชี้กำลัง ส่วนหนึ่งของฟังก์ชันความสัมพันธ์อัตโนมัติมีความสำคัญมากสำหรับการได้ a
เหมาะสมดี

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-อต [<.xvg>] (transcur.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-โอ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ของ [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-โอค [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ต.ค [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่มี]โมล (ไม่มี)
คำนวณ TCAF ของโมเลกุล

-[ไม่]k34 (ไม่มี)
ใช้ k=(3,0,0) และ k=(4,0,0) ด้วย

-น้ำหนัก (5)
เวลาการสลายตัวแบบเอกซ์โพเนนเชียลสำหรับตุ้มน้ำหนักพอดี TCAF

-แอคเฟลน (-1)
ความยาวของ ACF ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของจำนวนเฟรม

-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน (ใช่)
ทำให้ ACF เป็นปกติ

-P (0)
ลำดับพหุนาม Legendre สำหรับ ACF (0 หมายถึงไม่มี): 0, 1, 2, 3

-fitfn (ไม่มี)
ฟังก์ชันพอดี: ไม่มี, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-เริ่มต้นฟิต (0)
เวลาที่จะเริ่มความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์

-จบพอดี (-1)
เวลาที่สิ้นสุดความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์ -1 คือจนถึง
ปลาย

ใช้ gmx-tcaf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net