นี่คือคำสั่ง hmm2fetch ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hmm2fetch - ดึง HMM จากฐานข้อมูล HMM
เรื่องย่อ
hmm2ดึงข้อมูล [ตัวเลือก] ฐานข้อมูล ชื่อ
DESCRIPTION
hmm2ดึงข้อมูล เป็นยูทิลิตี้ขนาดเล็กที่ดึง HMM ที่เรียกว่า ชื่อ จากฐานข้อมูลโมเดล HMMER
ที่เรียกว่า ฐานข้อมูล ในรูปแบบใหม่และพิมพ์โมเดลนั้นไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน ตัวอย่างเช่น,
hmm2ดึงข้อมูล ฟาม RRM ดึงโมเดล RRM (บรรทัดฐานการจดจำ RNA) จาก Pfam หาก
ตัวแปรสภาพแวดล้อม HMMERDB ถูกตั้งค่าเป็นตำแหน่งของฐานข้อมูล Pfam ที่ถูกดึงกลับมา
ไฟล์ HMM เขียนในรูปแบบ HMMER 2 ASCII
ฐานข้อมูลต้องมีไฟล์ดัชนี GSI ที่เกี่ยวข้อง ในการจัดทำดัชนีฐานข้อมูล HMM ให้ใช้คำสั่ง
โครงการ hmm2ดัชนี
OPTIONS
-h พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ รวมหมายเลขเวอร์ชันและบทสรุปของตัวเลือกทั้งหมด รวมทั้ง
ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญ
-n ล่าม ชื่อ เป็นหมายเลข HMM แทนชื่อ การนับเริ่มต้นที่ 0 For
ตัวอย่าง เพื่อดึง HMM แรกจากฐานข้อมูล HMM ชื่อ ฟู คุณจะทำ
hmm2ดึงข้อมูล -n 0 ฟู
ใช้ hmm2fetch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net