hmm2search - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

hmm2search - ค้นหาฐานข้อมูลลำดับด้วยโปรไฟล์ HMM

เรื่องย่อ

อืม2ค้นหา [ตัวเลือก] อืมไฟล์ ไฟล์ seq

DESCRIPTION

อืม2ค้นหา อ่าน HMM จาก อืมไฟล์ และการค้นหา ไฟล์ seq สำหรับความคล้ายคลึงกันอย่างมาก
การจับคู่ลำดับ

ไฟล์ seq จะถูกค้นหาก่อนในไดเร็กทอรีการทำงานปัจจุบัน จากนั้นในไดเร็กทอรี
ตั้งชื่อโดยตัวแปรสภาพแวดล้อม บลาสต์ดีบี สิ่งนี้ทำให้ผู้ใช้สามารถใช้ฐานข้อมูล BLAST ที่มีอยู่
หากมีการกำหนดค่า BLAST สำหรับไซต์

อืม2ค้นหา อาจใช้เวลาเป็นนาทีหรือหลายชั่วโมงในการทำงาน ขึ้นอยู่กับขนาดของลำดับ
ฐานข้อมูล เป็นความคิดที่ดีที่จะเปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตไปยังไฟล์

ผลลัพธ์ประกอบด้วยสี่ส่วน: รายการจัดอันดับของลำดับการให้คะแนนที่ดีที่สุด a
รายการจัดอันดับของโดเมนการให้คะแนนที่ดีที่สุด การจัดตำแหน่งสำหรับโดเมนการให้คะแนนที่ดีที่สุดทั้งหมด และ
ฮิสโตแกรมของคะแนน คะแนนลำดับอาจสูงกว่าคะแนนโดเมนสำหรับ
ลำดับเดียวกันถ้ามีมากกว่าหนึ่งโดเมนในลำดับ คะแนนลำดับจะใช้เวลา
ในบัญชีโดเมนทั้งหมด ลำดับทั้งหมดที่มีคะแนนเหนือ -E และ -T มีการแสดงจุดตัด
ในรายการแรกแล้ว ทุกๆ โดเมนที่พบในรายการนี้จะแสดงในรายการที่สองของ
ฮิตโดเมน หากต้องการ อาจใช้เกณฑ์ E-value และคะแนนบิตกับ
รายการโดเมนโดยใช้ --โดม และ --domT ตัวเลือก

OPTIONS

-h พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ รวมหมายเลขเวอร์ชันและบทสรุปของตัวเลือกทั้งหมด รวมทั้ง
ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญ

-A จำกัดเอาต์พุตการจัดตำแหน่งไว้ที่ โดเมนการให้คะแนนที่ดีที่สุด -A0 ปิด
การจัดตำแหน่งเอาต์พุตและสามารถใช้เพื่อลดขนาดของไฟล์ที่ส่งออก

-E ตั้งค่าการตัดค่า E-value สำหรับรายการ Hit ต่อลำดับเป็น , ที่ไหน คือ
จำนวนจริงบวก ค่าเริ่มต้นคือ 10.0 ตีที่มีค่า E ดีกว่า (น้อยกว่า
กว่า) เกณฑ์นี้จะแสดง

-T ตั้งค่าการตัดคะแนนบิตสำหรับรายการ Hit ที่จัดอันดับต่อลำดับเป็น , ที่ไหน is
จำนวนจริง ค่าดีฟอลต์คือค่าลบอินฟินิตี้ โดยค่าเริ่มต้น เกณฑ์คือ
ควบคุมโดยค่า E ไม่ใช่ด้วยคะแนนบิต ตีด้วยคะแนนบิตดีกว่า
(มากกว่า) เกณฑ์นี้จะแสดงขึ้น

-Z คำนวณคะแนน E-value ราวกับว่าเราได้เห็นฐานข้อมูลลำดับของ
ลำดับ ค่าเริ่มต้นคือจำนวนลำดับที่เห็นในไฟล์ฐานข้อมูลของคุณ
.

EXPERT OPTIONS

--เข้ากันได้
ใช้รูปแบบเอาต์พุตของ HMMER 2.1.1 ซึ่งเป็นรุ่นสาธารณะสำหรับปี 1998-2001 ให้ดังนั้น
2.1.1 parsers ไม่จำเป็นต้องเขียนใหม่

--ซีพียู
ตั้งค่าจำนวน CPU สูงสุดที่โปรแกรมจะทำงาน ค่าเริ่มต้นคือการใช้
ซีพียูทั้งหมดในเครื่อง แทนที่ตัวแปรสภาวะแวดล้อม HMMER_NCPU เท่านั้น
มีผลกับ HMMER รุ่นเธรด (ค่าเริ่มต้นในระบบส่วนใหญ่)

--cut_ga
ใช้การตัดคะแนน Pfam GA (เกณฑ์การรวบรวม) เทียบเท่ากับ --globT
--domT แต่ตัวตัด GA2 และ GA1 จะอ่านจากไฟล์ HMM hmm2build
วางจุดตัดเหล่านี้ไว้ที่นั่นหากไฟล์การจัดตำแหน่งมีคำอธิบายประกอบใน Pfam-friendly
รูปแบบการจัดตำแหน่ง (รูปแบบ SELEX หรือสตอกโฮล์มแบบขยาย) และ GA . เพิ่มเติม
มีบรรทัดคำอธิบายประกอบ หากไม่ได้ตั้งค่าตัวตัดเหล่านี้ในไฟล์ HMM --cut_ga
ไม่ทำงาน

--cut_tc
ใช้การตัดคะแนน Pfam TC (ตัดคะแนนที่เชื่อถือได้) เทียบเท่ากับ --globT --domT
แต่ตัวตัด TC2 และ TC1 จะถูกอ่านจากไฟล์ HMM hmm2build ทำให้สิ่งเหล่านี้
ตัดที่นั่นหากไฟล์การจัดตำแหน่งมีคำอธิบายประกอบในการจัดตำแหน่งที่เป็นมิตรกับ Pfam
รูปแบบ (รูปแบบ SELEX หรือสตอกโฮล์มแบบขยาย) และบรรทัดคำอธิบายประกอบ TC ที่เป็นตัวเลือกคือ
ปัจจุบัน. หากไม่ได้ตั้งค่าตัวตัดเหล่านี้ในไฟล์ HMM --cut_tc ไม่ทำงาน

--cut_nc
ใช้จุดตัดคะแนน Pfam NC (จุดตัดเสียงรบกวน) เทียบเท่ากับ --globT --domT ,
แต่ตัวตัด NC1 และ NC2 จะถูกอ่านจากไฟล์ HMM hmm2build ทำให้สิ่งเหล่านี้
ตัดที่นั่นหากไฟล์การจัดตำแหน่งมีคำอธิบายประกอบในการจัดตำแหน่งที่เป็นมิตรกับ Pfam
รูปแบบ (รูปแบบ SELEX หรือสตอกโฮล์มแบบขยาย) และบรรทัดคำอธิบายประกอบ NC ที่เป็นตัวเลือกคือ
ปัจจุบัน. หากไม่ได้ตั้งค่าตัวตัดเหล่านี้ในไฟล์ HMM --cut_nc ไม่ทำงาน

--โดม
ตั้งค่าการตัดค่า E-value สำหรับรายการ Hit ที่จัดอันดับต่อโดเมนเป็น , ที่ไหน คือ
จำนวนจริงบวก ค่าเริ่มต้นคืออินฟินิตี้ โดยค่าเริ่มต้น โดเมนทั้งหมดใน
ลำดับที่ผ่านเกณฑ์แรกจะถูกรายงานในรายการที่สอง ดังนั้น
ว่าจำนวนโดเมนที่รายงานในรายการต่อลำดับนั้นสอดคล้องกับ
หมายเลขที่ปรากฏในรายการต่อโดเมน

--domT
ตั้งค่าการตัดคะแนนบิตสำหรับรายการ Hit ที่จัดอันดับต่อโดเมนเป็น , ที่ไหน คือ
เบอร์จริง. ค่าดีฟอลต์คือค่าลบอินฟินิตี้ โดยค่าเริ่มต้น โดเมนทั้งหมดใน
ลำดับที่ผ่านเกณฑ์แรกจะถูกรายงานในรายการที่สอง ดังนั้น
ว่าจำนวนโดเมนที่รายงานในรายการต่อลำดับนั้นสอดคล้องกับ
หมายเลขที่ปรากฏในรายการต่อโดเมน สำคัญ บันทึกย่อ: เพียงโดเมนเดียวใน a
ลำดับถูกควบคุมโดยพารามิเตอร์นี้อย่างแน่นอนหรือโดย --domT. ที่สองและ
โดเมนที่ตามมาในลำดับมีเกณฑ์คะแนนบิตโดยพฤตินัยเป็น 0 เนื่องจาก
ของรายละเอียดวิธีการทำงานของ HMMER HMMER ต้องการอย่างน้อยหนึ่งครั้งผ่าน
โมเดลหลักต่อลำดับ; ที่จะทำมากกว่าหนึ่งรอบ (มากกว่าหนึ่งโดเมน) the
การจัดตำแหน่งหลายโดเมนจะต้องมีคะแนนที่ดีกว่าการจัดตำแหน่งโดเมนเดียว
และด้วยเหตุนี้โดเมนพิเศษจึงต้องมีส่วนคะแนนบวก ดูคู่มือผู้ใช้
สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

--ซึ่งไปข้างหน้า
ใช้อัลกอริธึม Forward แทนอัลกอริธึม Viterbi เพื่อกำหนด
คะแนนลำดับ คะแนนต่อโดเมนยังคงกำหนดโดยอัลกอริทึม Viterbi
บางคนแย้งว่า Forward เป็นอัลกอริธึมที่ละเอียดอ่อนกว่าสำหรับการตรวจจับระยะไกล
ลำดับที่คล้ายคลึงกัน; อย่างไรก็ตาม การทดลองของฉันกับ HMMER ยังไม่ได้รับการยืนยัน

--ข้อมูล
ยืนยันว่าอินพุต ไฟล์ seq อยู่ในรูปแบบ ; ห้ามเรียกใช้รูปแบบ Babelfish
การตรวจหาอัตโนมัติ สิ่งนี้จะเพิ่มความน่าเชื่อถือของโปรแกรมบ้างเพราะ
Babelfish สามารถทำผิดพลาดได้ แนะนำเป็นพิเศษสำหรับผู้ที่ไม่ต้องดูแล สูง-
ปริมาณงานของ HMMER สตริงรูปแบบที่ถูกต้อง ได้แก่ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, สตอกโฮล์ม, SELEX, MSF, CLUSTAL และ PHYLIP ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับ a
รายการที่สมบูรณ์

--null2
ปิดโมเดล post hoc null วินาที ตามค่าเริ่มต้น การจัดตำแหน่งแต่ละรายการจะคืนค่าโดย
ขั้นตอนหลังการประมวลผลที่คำนึงถึงองค์ประกอบที่ลำเอียงที่เป็นไปได้ในอย่างใดอย่างหนึ่ง
HMM หรือลำดับเป้าหมาย นี่เกือบจะจำเป็นในการค้นหาฐานข้อมูล
โดยเฉพาะกับโมเดลการจัดตำแหน่งในพื้นที่ มีโอกาสน้อยมากที่สิ่งนี้
ภายหลังการประมวลผลอาจลบการจับคู่จริงและในกรณีเหล่านี้ --null2 อาจดีขึ้น
ความไวโดยลดความจำเพาะโดยปล่อยให้องค์ประกอบเอนเอียง
ตีผ่าน

--pvm ทำงานบน Parallel Virtual Machine (PVM) PVM ต้องทำงานอยู่แล้ว NS
โปรแกรมลูกค้า hmm2search-pvm ต้องติดตั้งบนโหนด PVM ทั้งหมด ตัวเลือก PVM
การสนับสนุนจะต้องได้รับการคอมไพล์เป็น HMMER

--xnu เปิดการกรอง XNU ของลำดับโปรตีนเป้าหมาย ไม่มีผลต่อกรดนิวคลีอิก
ลำดับ ในการทดลองทดลอง --xnu ดูเหมือนจะทำงานได้ดีน้อยกว่า
โมเดล post hoc null2 เริ่มต้น

ใช้ hmm2search ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net