idfetch - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

idfetch - ดึงข้อมูลทางชีวภาพจากเซิร์ฟเวอร์ NCBI ID1

เรื่องย่อ

ไอดีดึงข้อมูล [-] [-F Str] [-G ชื่อไฟล์] [-Q ชื่อไฟล์] [-c N] [-d Str] [-e N] [-f Str] [-g N]
[-i N] [-l ชื่อไฟล์] [-n] [-o ชื่อไฟล์] [-q Str] [-s Str] [-t N]

DESCRIPTION

ไอดีดึงข้อมูล เป็นไคลเอนต์สำหรับเซิร์ฟเวอร์ ID1 ของ NCBI ซึ่งมีฐานข้อมูลขนาดใหญ่ที่มีคำอธิบายประกอบ
ลำดับทางชีวภาพ

OPTIONS

สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง

- พิมพ์ข้อความการใช้งาน

-F Str เพิ่มประเภทคุณลักษณะที่ระบุ (คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค); ค่าที่อนุญาตคือ CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA และ microRNA

-G ชื่อไฟล์
ไฟล์ที่มีรายการ GI, การเข้าถึง (เวอร์ชัน), FASTA SeqIDs ที่จะดัมพ์

-Q ชื่อไฟล์
สร้างรายการ GI โดยแบบสอบถาม Entrez ใน ชื่อไฟล์; ต้องใช้ -dn or -dp.

-c N ความซับซ้อนสูงสุด:
0 รับ Blob ทั้งหมด (ค่าเริ่มต้น)
1 รับ bioseq ที่น่าสนใจ
2 รับชุด bioseq ขั้นต่ำที่มี bioseq ที่น่าสนใจ
3 รับ nuc-prot ขั้นต่ำที่มี bioseq ที่น่าสนใจ
4 รับชุดผับขั้นต่ำที่มี bioseq ที่น่าสนใจ

-d Str ฐานข้อมูลที่จะใช้ (กับ -q, เป็นได้ทั้ง n สำหรับนิวคลีโอไทด์หรือ p สำหรับโปรตีน)

-e N หมายเลขนิติบุคคล (หมายเลขการดึงข้อมูล) ที่จะดัมพ์

-f Str SeqId แบบแบน รูปแบบที่เป็นไปได้:
ชนิด([ชื่อ-การครอบครอง-ปล่อย-รุ่น]]]) เป็น '5(HUMHBB)'
ชนิด=การครอบครอง
ชนิด:จำนวน
(ชนิด เป็นตัวเลขระบุประเภทย่อย ASN.1 Seq-id)

-g N GI id สำหรับเอนทิตีเดียวที่จะดัมพ์

-i N ประเภทของการค้นหา:
0 รับรายการลำดับ (ค่าเริ่มต้น)
1 รับสถานะ GI (ส่งออกไปยัง stderr)
2 รับ SeqIds
3 รับประวัติ GI (เปลี่ยนลำดับเท่านั้น)
4 รับประวัติการแก้ไข (การเปลี่ยนแปลงใด ๆ ใน ASN.1)

-l ชื่อไฟล์
ล็อกไฟล์

-n ส่งออกเฉพาะรายการ GIs (ด้วย -q และ -Q).

-o ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์สำหรับเอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น = แย่)

-q Str สร้างรายการ gi โดยแบบสอบถาม Entrez ต้องใช้ -dn or -dp.

-s Str สไตล์ FASTA SeqId อยู่ในใบเสนอราคา รูปแบบ:
แอลซีแอล|int or Str
บีบีเอส|int
บีบีเอ็ม|int
กิกะไบต์|แม็ก|loc
ฝัง|แม็ก|loc
ไพร|แม็ก|ชื่อ
เอสพี|แม็ก|ชื่อ
ตบ |ประเทศ|สิทธิบัตร|หมายเลข
กิ|int
ดีบีเจ|แม็ก|loc
ราคา |แม็ก|ชื่อ
พีดีบี|การเข้า|โซ่

-t N ประเภทเอาท์พุท:
1 ข้อความ ASN.1 (ค่าเริ่มต้น)
2 ไบนารี ASN.1
3 GenBank (เฉพาะรายการ)
4 GenPept (รายการลำดับเท่านั้น)
5 FASTA (ตารางประวัติ)
คะแนนคุณภาพ 6 คะแนน (เฉพาะรายการตามลำดับ)
7 Entrez DocSums
8 FASTA ย้อนกลับส่วนประกอบ

ใช้ idfetch ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net