ipdSummary - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ipdSummary - ตรวจจับการปรับเปลี่ยนเบสของ DNA จากลายเซ็นจลนศาสตร์

DESCRIPTION

kineticsTool โหลด IPD ที่สังเกตพบในแต่ละตำแหน่งในจีโนม และเปรียบเทียบ IPD เหล่านั้น
เพื่อประเมินค่าที่คาดหวังสำหรับ DNA ที่ไม่ได้ดัดแปลง และแสดงผลลัพธ์ของการทดสอบทางสถิตินี้
ค่า IPD ที่คาดหวังสำหรับ DNA ที่ไม่ได้ดัดแปลงอาจมาจากค่า an ในซิลิโค ควบคุม หรือ
ขยาย ควบคุม. การควบคุมในซิลิโกได้รับการฝึกอบรมโดย PacBio และจัดส่งพร้อมกับ
บรรจุุภัณฑ์. มันทำนายทำนาย IPD โดยใช้บริบทลำดับท้องถิ่นรอบปัจจุบัน
ตำแหน่ง. ชุดข้อมูลการควบคุมแบบขยายจะถูกสร้างขึ้นโดยการจัดลำดับ DNA ที่ไม่ผ่านการดัดแปลงด้วย
ลำดับเดียวกันกับตัวอย่างทดสอบ ตัวอย่างการควบคุมแบบขยายมักจะสร้างโดย
การขยายทั้งจีโนมของตัวอย่างเดิม

การเปลี่ยนแปลง การตรวจพบ
โหมดพื้นฐานของ kineticsTools จะทำการเปรียบเทียบ IPD ในแต่ละตำแหน่งบน
จีโนม สำหรับแต่ละสาย และปล่อยสถิติต่าง ๆ ไปยัง CSV และ GFF (หลังจากใช้ a
ตัวกรองนัยสำคัญ)

การปรับเปลี่ยน ประจำตัว
จลนศาสตร์เครื่องมือ ด้วย มี a การเปลี่ยนแปลง ประจำตัว โหมด ที่ สามารถ ถอดรหัส หลายไซต์ IPD
'ลายนิ้วมือ' เข้าไป a ลดลง ชุด of โทร of โดยเฉพาะ การปรับเปลี่ยน ลักษณะ มี
ดังต่อไปนี้ ประโยชน์:

· การดัดแปลงต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นบนฐานเดียวกันสามารถแยกแยะได้ (สำหรับ
ตัวอย่าง m5C และ m4C)

· สัญญาณจากการปรับเปลี่ยนหนึ่งครั้งรวมเป็นหนึ่งสถิติการปรับปรุง
ความไว, การลบยอดพิเศษ, และการจัดวางสายให้อยู่ตรงกลางอย่างถูกต้อง

OPTIONS

กรุณาเรียกโปรแกรมนี้ด้วย --ช่วยด้วย เพื่อดูตัวเลือกที่มี

อัลกอริธึม

สังเคราะห์ Control
การศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง IPD และบริบทของลำดับพบว่า
ความแปรผันของ IPD เฉลี่ยทั่วทั้งจีโนมสามารถทำนายได้จากบริบทของลำดับ 12 เบส
รอบบริเวณที่ทำงานของ DNA polymerase ขอบเขตของบริบทที่เกี่ยวข้อง
หน้าต่างสอดคล้องกับหน้าต่างของ DNA ที่สัมผัสกับโพลีเมอเรสดังที่เห็นใน
โครงสร้างผลึกดีเอ็นเอ/พอลิเมอเรส เพื่อลดความซับซ้อนของกระบวนการค้นหาการดัดแปลงดีเอ็นเอ
ด้วยข้อมูล PacBio เครื่องมือนี้ประกอบด้วยตารางค้นหาที่ฝึกไว้ล่วงหน้าซึ่งจับคู่ DNA ที่มีขนาด 12 เมอร์
ลำดับที่หมายถึง IPDs ที่สังเกตพบในเคมี C2

กรอง และ การพ่ายแพ้
kineticsTools ใช้ Mapping QV ที่สร้างโดย BLASR และจัดเก็บไว้ในไฟล์ cmp.h5 เพื่อ
ละเว้นการอ่านที่ไม่ได้แมปอย่างมั่นใจ QV การแมปขั้นต่ำเริ่มต้นที่ต้องการคือ
10 หมายความว่า BLASR มี 90\% มั่นใจว่าการอ่านถูกแมปอย่างถูกต้อง เพราะว่า
ช่วงของความยาวอ่านที่มีอยู่ในข้อมูล PacBio ซึ่งสามารถเปลี่ยนแปลงได้โดยใช้คำสั่ง
--mapQvThreshold อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งหรือผ่านไดอะล็อกการกำหนดค่า SMRTPortal สำหรับ
การตรวจจับการดัดแปลง

มีคุณลักษณะบางอย่างของข้อมูล PacBio ที่ต้องให้ความสนใจเป็นพิเศษเพื่อให้บรรลุ
ประสิทธิภาพการตรวจจับการดัดแปลงที่ดี kineticsTools ตรวจสอบการจัดตำแหน่งระหว่าง
ฐานที่สังเกตได้และลำดับอ้างอิง -- เพื่อให้การวัด IPD เป็น
รวมอยู่ในการวิเคราะห์ ลำดับการอ่าน PacBio ต้องตรงกับลำดับอ้างอิงสำหรับ k
รอบฐานราก. ในโมดูลปัจจุบัน k = 1 การกระจาย IPD ที่สถานที่บางแห่ง be
คิดว่าเป็นส่วนผสมระหว่าง IPD ของกระบวนการ 'ปกติ' ซึ่งมีความละเอียดอ่อน
กับบริบทของลำดับท้องถิ่นและการดัดแปลง DNA และกระบวนการ 'หยุดชั่วคราว' ที่ปนเปื้อน
IPD ซึ่งมีระยะเวลานานกว่ามาก (หมายถึงนานกว่าปกติ 10 เท่า) แต่เกิดขึ้นไม่บ่อยนัก
(~1% ของ IPD) หมายเหตุ: ความเข้าใจในปัจจุบันของเราคือ การหยุดชั่วคราวไม่มีประโยชน์
ข้อมูลเกี่ยวกับสถานะเมทิลเลชันของ DNA อย่างไรก็ตาม การวิเคราะห์อย่างระมัดระวังยิ่งขึ้นอาจเป็น
รับประกัน นอกจากนี้ โปรดทราบด้วยว่าการดัดแปลงที่เพิ่มค่าประมาณ 1% ของ . อย่างมาก
IPD ที่สังเกตได้ถูกสร้างขึ้นโดยเหตุการณ์หยุดชั่วคราว การกำหนดขีดสูงสุดที่สังเกตได้ IPDs ที่ 99 ทั่วโลก
เปอร์เซ็นต์ไทล์ได้รับแรงบันดาลใจจากทฤษฎีจากการทดสอบสมมติฐานที่แข็งแกร่ง บริบทของลำดับบางส่วน
อาจมี IPD ที่ยาวขึ้นตามธรรมชาติ เพื่อหลีกเลี่ยงการกำหนดข้อมูลที่มากเกินไปในบริบทเหล่านั้น cap
มีการปรับเกณฑ์ตามบริบทดังนี้ capThreshold = max(global99,
5*modelPrediction, เปอร์เซ็นไทล์ (ipdObservations, 75))

สถิติ การทดสอบ
เราทดสอบสมมติฐานที่ว่า IPD ที่สังเกตพบ ณ สถานที่เฉพาะเจาะจงในตัวอย่างมี a
ค่าเฉลี่ยที่ยาวกว่า IPDs ที่สังเกตพบที่ตำแหน่งเดียวกันใน DNA ที่ไม่ผ่านการดัดแปลง หากเราได้สร้าง
ชุดข้อมูล Whole Genome Amplified ซึ่งลบการดัดแปลง DNA เราใช้ case-control
การทดสอบ t สองตัวอย่าง เครื่องมือนี้ยังมีโมเดล 'การควบคุมสังเคราะห์' ที่สอบเทียบล่วงหน้าด้วย
ซึ่งทำนาย IPD ที่ไม่ได้แก้ไขโดยให้บริบทลำดับฐาน 12 ในการสังเคราะห์
กรณีควบคุม เราใช้หนึ่งตัวอย่าง t-test โดยมีการปรับบัญชีสำหรับข้อผิดพลาดใน
แบบจำลองการควบคุมสังเคราะห์

อินพุต

aligned_reads.cmp.h5
ไฟล์ cmp.h5 มาตรฐานมีการจัดตำแหน่งและข้อมูล IPD ที่ให้ข้อมูลจลนศาสตร์
ใช้ในการตรวจหาการแก้ไข ไฟล์ cmp.h5 มาตรฐานของงาน SMRTportal คือ
ข้อมูล/aligned_read.cmp.h5.

อ้างอิง ลำดับ
เครื่องมือนี้ต้องการลำดับอ้างอิงที่ใช้ในการจัดตำแหน่ง ปัจจุบันนี้ต้อง
ถูกจัดเตรียมผ่านพาธไปยังรายการที่เก็บอ้างอิง SMRTportal

เอาท์พุท

เครื่องมือตรวจจับการปรับเปลี่ยนให้ผลลัพธ์ในรูปแบบที่หลากหลายเหมาะสำหรับ
การวิเคราะห์เชิงสถิติเชิงลึก การอ้างอิงอย่างรวดเร็ว และการคำนวณโดยเครื่องมือการแสดงภาพ
เช่น PacBio SMRTView โดยทั่วไปผลลัพธ์จะถูกสร้างดัชนีตามตำแหน่งอ้างอิงและ
เส้นอ้างอิง ในทุกกรณี มูลค่าของเกลียวหมายถึงเกลียวที่ถือ
การปรับเปลี่ยนตัวอย่าง DNA จำไว้ว่าผลจลนศาสตร์ของการดัดแปลงคือ
สังเกตได้ในลำดับการอ่านที่จัดแนวกับสายตรงข้าม ดังนั้นอ่านสอดคล้องกับ
เกลียวบวกนำข้อมูลเกี่ยวกับการดัดแปลงบนเกลียวลบและรอง
ในทางกลับกัน แต่ในชุดเครื่องมือนี้ เรามักจะรายงานสาระที่มีสมมุติฐาน
การแก้ไข

modifieds.csv
ไฟล์ modifieds.csv มีหนึ่งแถวสำหรับแต่ละคู่ (ตำแหน่งอ้างอิง, สาระ)
ที่ปรากฏในชุดข้อมูลที่มีความครอบคลุมอย่างน้อย x x ค่าเริ่มต้นเป็น 3 แต่เป็น
กำหนดค่าได้ด้วยแฟล็ก '--minCoverage' เป็น ipdSummary.py ดัชนีตำแหน่งอ้างอิงคือ
อิงตาม 1 เพื่อความเข้ากันได้กับไฟล์ gff ในสภาพแวดล้อม R

เอาท์พุต คอลัมน์
ในซิลิโค ควบคุม โหมด

┌─────────────────────────────────────────────────── ──┐
│คอลัมน์ │ คำอธิบาย │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ รหัสลำดับอ้างอิงของ │ . นี้
│ │ การสังเกต │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ ตำแหน่งเทมเพลต 1 ตำแหน่ง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│สาระ │ สาระตัวอย่างพื้นเมืองที่ │
│ │ จลนพลศาสตร์ถูกสร้างขึ้น '0' คือ │
│ │ เกลียวของต้นฉบับ │
│ │ FASTA '1' อยู่ตรงข้ามกับเกลียว │
│ │ จาก FASTA │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│ฐาน │ ฐานสืบเชื้อสายที่นี้ │
│ │ ตำแหน่งในการอ้างอิง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│score │ pvalue แปลง Phred ที่ │
│ │ มีการเบี่ยงเบนจลนศาสตร์อยู่ที่ │
│ │ ตำแหน่ง │
└─────────────────────────────────────────────────── ──┘

│tMean │ ค่าเฉลี่ยต่อยอดของ IPD ปกติ │
│ │ สังเกตที่ตำแหน่งนี้ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│tErr │ ต่อยอดข้อผิดพลาดมาตรฐานของ │
│ │ IPD ปกติที่สังเกตพบที่นี้ │
│ │ ตำแหน่ง (ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน / │
│ │ sqrt(ครอบคลุม) │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│modelPrediction │ ค่าเฉลี่ย IPD ที่คาดการณ์โดย │
│ │ รูปแบบการควบคุมสังเคราะห์สำหรับ │
│ │ บริบทของลำดับนี้ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│ความครอบคลุม │ จำนวน IPD ที่ถูกต้องที่นี้ │
│ │ ตำแหน่ง (ดูส่วนการกรอง │
│ │ สำหรับรายละเอียด) │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│frac │ ค่าประมาณของเศษส่วนของ │
│ │ โมเลกุลที่นำพา │
│ │ การดัดแปลง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│fracLow │ ขอบเขตความเชื่อมั่น 2.5% ของ frac │
│ │ ประมาณการ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│fracUpp │ ความเชื่อมั่น 97.5% ของ frac │
│ │ ประมาณการ │
└─────────────────────────────────────────────────── ──┘

กรณีควบคุม โหมด

┌─────────────────────────────────────────────────── ──┐
│คอลัมน์ │ คำอธิบาย │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ รหัสลำดับอ้างอิงของ │ . นี้
│ │ การสังเกต │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ ตำแหน่งเทมเพลต 1 ตำแหน่ง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│สาระ │ สาระตัวอย่างพื้นเมืองที่ │
│ │ จลนพลศาสตร์ถูกสร้างขึ้น '0' คือ │
│ │ เกลียวของต้นฉบับ │
│ │ FASTA '1' อยู่ตรงข้ามกับเกลียว │
│ │ จาก FASTA │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│ฐาน │ ฐานสืบเชื้อสายที่นี้ │
│ │ ตำแหน่งในการอ้างอิง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│score │ pvalue แปลง Phred ที่ │
│ │ มีการเบี่ยงเบนจลนศาสตร์อยู่ที่ │
│ │ ตำแหน่ง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│caseMean │ ค่าเฉลี่ยของ IPD ของเคสที่ทำให้เป็นมาตรฐาน │
│ │ สังเกตที่ตำแหน่งนี้ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│controlMean │ ค่าเฉลี่ยของ IPD ควบคุมปกติ │
│ │ สังเกตที่ตำแหน่งนี้ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│caseStd │ ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของ IPD ของเคส │
│ │ สังเกตที่ตำแหน่งนี้ │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│controlStd │ ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของการควบคุม │
│ │ IPDs สังเกตที่ตำแหน่งนี้ │
└─────────────────────────────────────────────────── ──┘

│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│testStatistic │ สถิติการทดสอบ t │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│ความครอบคลุม │ ค่าเฉลี่ยกรณีและการควบคุม │
│ │ ความคุ้มครอง │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│controlCoverage │ จำนวน IPD ควบคุมที่ถูกต้องที่ │
│ │ ตำแหน่งนี้ (ดูการกรอง │
│ │ ส่วนสำหรับรายละเอียด) │
├─────────────────────────────────────────────────── ──┤
│caseCoverage │ จำนวน IPD ของเคสที่ถูกต้องที่ │
│ │ ตำแหน่ง (ดูส่วนการกรอง │
│ │ สำหรับรายละเอียด) │
└─────────────────────────────────────────────────── ──┘

modifieds.gff
modifieds.gff เป็นไปตามข้อกำหนด GFF เวอร์ชัน 3 (-
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). แต่ละตำแหน่งเทมเพลต / คู่สาระที่มี
p-value เกิน pvalue เกณฑ์ปรากฏเป็นแถว ตำแหน่งเทมเพลตเป็นแบบ 1
ตามข้อกำหนด GFF คอลัมน์เกลียวหมายถึงเกลียวที่มีการตรวจจับ
การดัดแปลงซึ่งเป็นเกลียวตรงข้ามกับที่ใช้ในการตรวจจับการดัดแปลง ดิ
คอลัมน์ความเชื่อมั่นของ GFF คือค่า pvalue ของการตรวจจับที่แปลงเป็น Phred

หมายเหตุ on จีโนม เบราว์เซอร์ ความเข้ากันได้

ไฟล์ modifieds.gff จะไม่ทำงานโดยตรงกับเบราว์เซอร์จีโนมส่วนใหญ่ คุณจะ
อาจจำเป็นต้องทำสำเนาไฟล์ GFF และแปลงคอลัมน์ _seqid_ จาก
ชื่อ 'ref0000x' ทั่วไปที่สร้างโดย PacBio ไปยังส่วนหัว FASTA ที่มีอยู่ในต้นฉบับ
อ้างอิงไฟล์ FASTA ตารางการแมปเขียนอยู่ในส่วนหัวของ modifieds.gff
แฟ้มที่อยู่ใน #ลำดับ-ส่วนหัว แท็ก ปัญหานี้จะได้รับการแก้ไขในเวอร์ชัน 1.4 ของ
เครื่องมือจลนศาสตร์

คอลัมน์ข้อมูลเสริมของไฟล์ GFF มีสถิติอื่นๆ ที่อาจเป็นประโยชน์
การวิเคราะห์ดาวน์สตรีมหรือการกรอง โดยเฉพาะระดับความครอบคลุมของการอ่านที่ใช้เพื่อ
โทรออกและบริบทลำดับ +/- 20bp รอบไซต์

┌────────────┬───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│คอลัมน์ │ คำอธิบาย │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│seqid │ Fasta ชื่อ contig │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│แหล่งที่มา │ ชื่อของเครื่องมือ -- 'kinModCall' │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│ประเภท │ ประเภทการปรับเปลี่ยน -- ใน │
│ │ โหมดระบุตัวตน นี่จะเป็น │
│ │ m6A, m4C หรือ m5C สำหรับระบุ │
│ │ เบส หรือแท็กทั่วไป │
│ │ 'modified_base' หากเป็นจลนศาสตร์ │
│ │ ตรวจพบเหตุการณ์ที่ไม่ │
│ │ จับคู่การดัดแปลงที่รู้จัก │
│ │ ลายเซ็น │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│เริ่มต้น │ ตำแหน่งการปรับเปลี่ยนบน contig │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│สิ้นสุด │ ตำแหน่งการปรับเปลี่ยนบน contig │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│score │ Phred แปลงค่า p ของ │
│ │ การตรวจจับ - นี่คือ │
│ │ ค่า p การตรวจจับไซต์เดียว │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│สาระ │ ตัวอย่างสาระที่มี │
│ │ การดัดแปลง │
└────────────┴───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...

│เฟส │ ไม่เกี่ยวข้อง │
├────────────┼───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│แอตทริบิวต์ │ ช่องเพิ่มเติมที่เกี่ยวข้องกับฐาน │
│ │ mods IPDRatio เป็นแบบดั้งเดิม │
│ │ IPDRatio บริบทคือ │
│ │ ลำดับอ้างอิง -20bp ถึง │
│ │ +20bp รอบการดัดแปลง │
│ │ และระดับความครอบคลุมคือตัวเลข │
│ │ ของการสังเกต IPD ที่ใช้หลังจาก │
│ │ การทำแผนที่การกรอง QV และ │
│ │ การกรองความแม่นยำ ถ้าแถว │
│ │ ผลลัพธ์จากการระบุ │
│ │ การดัดแปลง เรายังรวมถึง │
│ │ ระบุแท็ก Qv พร้อม │
│ │ จากการดัดแปลง │
│ │ ขั้นตอนการระบุตัวตน │
│ │ การระบุQv คือ │
│ │ ความน่าจะเป็นที่แปลงเป็น phred ของ │
│ │ บัตรประจำตัวไม่ถูกต้อง สำหรับ │
│ │ ฐานที่ระบุว่าเป็น │
│ │ มีความเฉพาะเจาะจง │
│ │ การปรับเปลี่ยน frac, fracLow, │
│ │ fracUp เป็นค่าประมาณ │
│ │ เศษส่วนของโมเลกุลที่บรรทุก │
│ │ การดัดแปลง และ 5% │
│ │ ช่วงความเชื่อมั่นของ │
│ │ ประมาณการ เมทิลเลต │
│ │ การประมาณเศษส่วนคือ │
│ │ คุณลักษณะระดับเบต้า และควร │
│ │ ใช้สำหรับการสำรวจเท่านั้น │
│ │ วัตถุประสงค์ │
└────────────┴───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...

motifs.gff
หากเรียกใช้เครื่องมือ Motif Finder จะสร้าง motifs.gff ซึ่งเป็นเวอร์ชันที่ประมวลผลใหม่
ของ modifieds.gff โดยมีการเปลี่ยนแปลงดังต่อไปนี้ หากตรวจพบการดัดแปลงเกิดขึ้นบน a
motif ที่ตรวจพบโดย motif finder การแก้ไขจะถูกใส่คำอธิบายประกอบด้วยข้อมูล motif หนึ่ง
เพิ่มแอตทริบิวต์ 'motif' ที่มีสตริง motif และมีการเพิ่มแอตทริบิวต์ 'id'
มี motif id ซึ่งเป็นสตริง motif สำหรับ motif ที่ไม่ได้จับคู่หรือ
'motifString1/motifString2' สำหรับลวดลายที่จับคู่ หากมีตัวอย่างบรรทัดฐานอยู่ในจีโนม
แต่ไม่พบใน modifieds.gff รายการจะถูกเพิ่มใน motifs.gff ซึ่งบ่งชี้ว่า
การปรากฏตัวของแม่ลายนั้นและจลนพลศาสตร์ที่สังเกตพบที่ไซต์นั้น

motif_summary.csv
หากใช้เครื่องมือ Motif Finder ระบบจะสร้าง motif_summary.csv โดยสรุปการแก้ไข
ลวดลายที่ค้นพบโดยเครื่องมือ CSV มีหนึ่งแถวต่อบรรทัดฐานที่ตรวจพบ โดยมี
คอลัมน์ต่อไปนี้

┌────────────────────┬────────────────────────────── ──────┐
│คอลัมน์ │ คำอธิบาย │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│motifString │ ตรวจพบลำดับ motif │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│centerPos │ ตำแหน่งในบรรทัดฐานของ │
│ │ การปรับเปลี่ยน (0-based) │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│เศษส่วน │ เศษส่วนของกรณีนี้ │
│ │ บรรทัดฐานที่มีการดัดแปลง QV ด้านบน │
│ │ เกณฑ์ QV │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│nตรวจพบ │ จำนวนอินสแตนซ์ของสิ่งนี้ │
│ │ แม่ลายที่มีเกณฑ์สูงกว่า │
└────────────────────┴────────────────────────────── ──────┘

│nGenome │ จำนวนอินสแตนซ์ของสิ่งนี้ │
│ │ แม่ลายในลำดับอ้างอิง │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│groupTag │ สตริงที่ระบุบรรทัดฐาน │
│ │ การจัดกลุ่ม สำหรับลวดลายคู่นี้ │
│ │ คือ │
│ " / ", │
│ │ สำหรับลวดลายที่ไม่ได้จับคู่จะเท่ากับ │
│ │ motifString │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│partnerMotifString │ motifString ของ motif ที่จับคู่ │
│ │ (แม่ลายด้วย │
│ │ ย้อนกลับเสริม │
│ │ motifString) │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│meanScore │ Mean Modification Qv ของที่ตรวจพบ │
│ │ อินสแตนซ์ │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│meanIpdRatio │ อัตราส่วน IPD เฉลี่ยของการตรวจพบ │
│ │ อินสแตนซ์ │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│ความครอบคลุมเฉลี่ย │ ความครอบคลุมเฉลี่ยของตรวจพบ │
│ │ อินสแตนซ์ │
├────────────────────┼────────────────────────────── ──────┤
│objectiveScore │ คะแนนวัตถุประสงค์ของบรรทัดฐานนี้ใน │
│ │ อัลกอริธึมค้นหา motif │
└────────────────────┴────────────────────────────── ──────┘

ใช้ ipdSummary ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net