king-probe - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

king-probe - ประเมินและเห็นภาพการบรรจุระหว่างอะตอมของโปรตีน

DESCRIPTION

ไวยากรณ์: โพรบ input.pdb >> out.kin

หรือ: โพรบ [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles... >> out.kin

ธง:
-ตัวเอง แยกตัวเอง: src -> src (ค่าเริ่มต้น)

-ทั้งคู่ ตัดกันทั้งสองทาง: src <=> targ

-ครั้งหนึ่ง สี่แยกเดี่ยว: src -> targ

-ออก พื้นผิว van der Waals ภายนอกของ src (พื้นผิวสัมผัสตัวทำละลาย)

-ออโต้บอนดรอท ชื่อไฟล์
อ่านและประมวลผลไฟล์ autobondrot

ทางลัด:

< >เช่นเดียวกับ: -4 ชม -mc -เฮท - ตัวเอง "altA ogt33"

-ค่าเริ่มต้น
เช่นเดียวกับ: < > แต่อนุญาตให้ใช้แฟล็กอื่นได้

-SCพื้นผิว เหมือนกับ: หยด -ราด1.4 -ออก "ไม่ใช่น้ำ"

-ถูกเปิดเผย
เหมือนกับ: หยด -ราด1.4 -ออก (หมายเหตุ: รูปแบบอุปกรณ์ของผู้ใช้)

-Aพื้นผิว
เหมือนกับ: หยด -ราด0.0 -เพิ่ม1.4 -ออก "ไม่ใช่น้ำ"

-เข้าไป
เหมือนกับ: หยด -ราด0.0 -เพิ่ม1.4 -ออก (หมายเหตุ: รูปแบบอุปกรณ์ของผู้ใช้)

-สแกน0 เหมือนกับ: -4 ชม -mc - ตัวเอง "อัลตา blt40 ogt33"

-สแกน1 เหมือนกับ: -4 ชม -ครั้งหนึ่ง "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65 (ไม่ใช่น้ำ ogt33)"

-DUMPAtominfo
นับอะตอมในการเลือก: src

(โปรดทราบว่าทั้งและครั้งเดียวต้องใช้สองรูปแบบในขณะที่

OUT, SELF และ DUMPATOMINFO ต้องการเพียงรูปแบบเดียว)

-โดยนัย
ไฮโดรเจนโดยนัย

-ชัดเจน
ไฮโดรเจนที่ชัดเจน (ค่าเริ่มต้น)

-ความหนาแน่น#
กำหนดความหนาแน่นของจุด (ค่าเริ่มต้น 16 จุด/ตร.ม.)

-รัศมี-
กำหนดรัศมีของโพรบ (ค่าเริ่มต้น 0.25 A)

-เพิ่มvdw-
เพิ่มออฟเซ็ตในรัศมี Van der Waals (ค่าเริ่มต้น 0.0)

-SCALEvdw#.# ตัวคูณสเกลสำหรับรัศมี Van der Waals (ค่าเริ่มต้น 1.0)

-COSเคล-
ขนาด C=O คาร์บอน รัศมี Van der Waals (ค่าเริ่มต้น 0.94)

-สไปค์ วาดเข็มแทนจุด (ค่าเริ่มต้น)

-สไปค์-
ตั้งค่าสเกลสไปค์ (ค่าเริ่มต้น = 0.5)

-เอ็นโอสไปค์
วาดเฉพาะจุด

-HBปกติ#.# ทับซ้อนกันสูงสุดสำหรับ Hbonds ปกติ (ค่าเริ่มต้น = 0.6)

-HBชาร์จแล้ว#.# ทับซ้อนสูงสุดสำหรับ Hbonds ที่ชาร์จแล้ว (ค่าเริ่มต้น = 0.8)

-เก็บไว้ เก็บอะตอมที่ไม่ได้เลือกไว้ (ค่าเริ่มต้น)

-หยด ปล่อยอะตอมที่ไม่ได้เลือก

- ลิมิต จำกัด จุดชนให้สูงสุดเมื่อจูบ (ค่าเริ่มต้น)

-ไม่มีขีด จำกัด
ไม่จำกัดจุดชน

-เลนส์ เพิ่มคีย์เวิร์ดของเลนส์ลงในไฟล์ kin

-โนเลน
อย่าเพิ่มคำสำคัญเลนส์ลงในไฟล์ kin (ค่าเริ่มต้น)

- อสม รวม mainchain->การโต้ตอบ mainchain

-HET รวมจุดไปยังกลุ่ม HET ที่ไม่ใช่น้ำ (ค่าเริ่มต้น)

-NOHET
ไม่รวมจุดไปยังกลุ่ม HET ที่ไม่ใช่น้ำ

-น้ำ
รวมจุดน้ำ (ค่าเริ่มต้น)

-ตอนนี้
ไม่รวมจุดน้ำ

-WAT2วัตต์
แสดงจุดระหว่างน่านน้ำ

-DUMPH2O
รวมน้ำ H? รายการเวกเตอร์ในเอาต์พุต

-4 ชม ขยายการกำจัดจุดโซ่บอนด์เป็น 4 สำหรับ H (ค่าเริ่มต้น)

-3 จำกัด การกำจัดจุดโซ่บอนด์ถึง3

-2 จำกัด การกำจัดจุดโซ่บอนด์ถึง2

-1 จำกัด การกำจัดจุดโซ่บอนด์ถึง1

-ไม่สนใจ "รูปแบบ" การดร็อปอย่างชัดเจน: ละเว้นอะตอมที่เลือกโดยรูปแบบ

-โดโช
รู้จัก CH..O Hbonds

-ชอ-
ตัวคูณสเกลสำหรับคะแนน CH..O Hbond (ค่าเริ่มต้น=0.5)

-โพลาร์เอช
ใช้รัศมีสั้นของไฮโดรเจนขั้ว (ค่าเริ่มต้น)

-NOPolarH
อย่าทำให้รัศมีของไฮโดรเจนขั้วโลกสั้นลง

-NOFACEเอชบอนด์ อย่าระบุ HBonds กับใบหน้าที่มีกลิ่นหอม

-ชื่อ "ชื่อ" ระบุชื่อกลุ่ม (ค่าเริ่มต้น "จุด")

-ดอทมาสเตอร์
ชื่อกลุ่มที่ใช้เป็น extra master={name} ในรายการ

-NOGroup
อย่าสร้างคำสั่ง @group ในรูปแบบ .kin เอาต์พุต

-KINimage
เพิ่มคำสั่ง @kinemage 1 ที่ด้านบนของเอาต์พุตรูปแบบ .kin

-นับจุด
สร้างการนับจุดไม่ใช่ dotlist

-ไม่จัดรูปแบบ
ส่งออกข้อมูลจุดดิบ

ชื่อ:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:คะแนน:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-FORMAT
ข้อมูลจุดเอาต์พุตที่จัดรูปแบบเพื่อแสดงใน O

-XVFORMAT
ข้อมูลจุดเอาต์พุตที่จัดรูปแบบเพื่อแสดงใน XtalView

-วันไลน์
เอาต์พุตหนึ่งบรรทัด :contacts:by:severity:type:

-GAPสี
จุดสีตามจำนวนช่องว่าง (ค่าเริ่มต้น)

-อะตอมคัลเลอร์
จุดสีตามประเภทอะตอม

-สีเบส
จุดสีตามประเภทกรดนิวคลีอิก

-COLORBASE
จุดสีตามช่องว่างและประเภทกรดนิวคลีอิก

-OUTCOLOR "ชื่อ" ระบุสีจุดสำหรับ -ออก (ค่าเริ่มต้น "สีเทา")

-GAPน้ำหนัก#
กำหนดน้ำหนักช่องว่างการให้คะแนน (ค่าเริ่มต้น 0.25)

-BUMPน้ำหนัก# กำหนดมาตราส่วนสัมพัทธ์สำหรับการกระแทกการให้คะแนน (ค่าเริ่มต้น 10.0)

-HBน้ำหนัก#
กำหนดมาตราส่วนสัมพัทธ์สำหรับการให้คะแนน Hbonds (ค่าเริ่มต้น 4.0)

-DIVLow-
กองสำหรับหมวดหมู่ Bump (ค่าเริ่มต้น -0.4)

-DIVสูง-
กองสำหรับประเภทการติดต่อ (ค่าเริ่มต้น 0.25)

-MINOCการครอบครอง-
การเข้าพักด้านล่างเท่ากับศูนย์ (ค่าเริ่มต้น 0.02)

-ธาตุ
เพิ่มปุ่มมาสเตอร์สำหรับองค์ประกอบต่าง ๆ ในเอาต์พุต kin

-ไม่นะ
ห้ามส่งออกผู้ติดต่อสำหรับ HBonds

-NOCLASHOUT
ห้ามส่งออกผู้ติดต่อสำหรับการปะทะ

-พ.ย.ออก
ห้ามส่งออกผู้ติดต่อสำหรับการโต้ตอบของ van der Waals

-ONLYBADOUT เท่านั้น
onlybadout ส่งออกการปะทะที่ไม่ดี (ผู้ติดต่อที่ทับซ้อนกันอย่างรุนแรง)

-สรุป
สรุปรายชื่อผู้ติดต่อและการปะทะกัน

-วันไลน์
รายการสรุปผลลัพธ์ใน oneline

-NOTICS
ไม่แสดงทิกเกอร์ชื่อตกค้างระหว่างการประมวลผล

-STDBOND
ถือว่าเฉพาะรูปแบบการยึดติดมาตรฐานในสารตกค้างมาตรฐาน

-นพพาเรนท์
ไม่เกาะติดไฮโดรเจนตามตารางของอะตอมหนักของแม่

-SEGID ใช้ฟิลด์ PDB SegID เพื่ออธิบายระหว่างสารตกค้าง

-OLDU สร้างแบบเก่า -u ผลลัพธ์: kissEdge2BullsEye เป็นต้น

-VERbose
โหมดรายละเอียด (ค่าเริ่มต้น)

-อ้างอิง
แสดงสตริงอ้างอิง

- การเปลี่ยนแปลง
แสดงรายการการเปลี่ยนแปลงโปรแกรม

-เงียบ โหมดเงียบ

-ช่วย แสดงประกาศความช่วยเหลือเพิ่มเติม (รวมถึงแฟล็กอื่น ๆ )

-รุ่น
เวอร์ชันหนึ่งบรรทัดเป็น stdout

องค์ประกอบรูปแบบ: (ควรใส่เครื่องหมายคำพูดบนบรรทัดคำสั่ง)

FILE# ภายในไฟล์ #

MODEL# ภายในรุ่น#

ชัยนา
ภายในห่วงโซ่ a

เซก่า
ตัวระบุเซกเมนต์ aaaa (โดยที่ _ แทนค่าว่าง)

ALTa รูปแบบอื่น a

อะตอม
ชื่ออะตอม aaaa (โดยที่ _ แทนค่าว่าง) (ใช้อักขระทั้ง 4 ตัว ดังนั้น H จะเป็น
อะตอม_H__)

RESaaa สารตกค้าง aaa

#สารตกค้าง#

#สารตกค้าง #ใส่

#-# ช่วงตกค้าง # (ละเว้นรหัสแทรก)

ชนิดตกค้างด้วยรหัสตัวอักษรหนึ่งตัว (เช่น y)

aaa ชนิดตกค้างด้วยรหัสสามตัวอักษร (เช่น tyr)

ทั้งหมด, โปรตีน, MC, SC, เบส, อัลฟ่า, เบต้า, ไนโตรเจน, คาร์บอน,
ออกซิเจน, กำมะถัน, ฟอสฟอรัส, ไฮโดรเจน, โลหะ, ขั้ว,
NONPOLAR, ชาร์จ, ผู้บริจาค, ตัวรับ, อะโรมาติก, เมทิล, HET, น้ำ, DNA, RNA

ทั้งหมดหรือบางส่วนของอะตอม

OLT# Occupancy น้อยกว่า # (เปอร์เซ็นต์จำนวนเต็ม)

OGT# Occupancy มากกว่า # (เปอร์เซ็นต์จำนวนเต็ม)

BLT# ค่า B น้อยกว่า # (จำนวนเต็ม)

BGT# ค่า B มากกว่า # (จำนวนเต็ม)

INsa แทรกโค้ด a (โดยที่ _ แทนค่าว่าง)

ภายใน #.# ของ #.#, #.#, #.#
อะตอมในระยะห่างจากจุด

รูปแบบสามารถรวมกันเป็นรายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค เช่น "trp,phe,tyr" ความหมาย
TRP หรือ PHE หรือ TYR

รูปแบบที่คั่นด้วยช่องว่างจะต้องเป็นจริงทั้งหมดเช่น "chainb 1-5" ความหมาย
สารตกค้าง 1 ถึง 5 ในสาย B

คุณยังสามารถจัดกลุ่มรูปแบบด้วยวงเล็บ แยกรูปแบบหลายๆ รูปแบบด้วย |
หมายถึง 'หรือ' และเลือกส่วนเสริมที่มี NOT เช่นเดียวกับใน "not file1" ซึ่งหมายถึงไม่ใช่ใน
ไฟล์ 1

ไฟล์ autobondrot คล้ายกับไฟล์อินพุต PDB อื่น ๆ แต่มีข้อมูล
การระบุอะตอมที่อยู่ภายใต้การหมุนและการเปลี่ยนแปลงอื่นๆ

ตัวอย่างไฟล์ autobondrot ที่แสดงการหมุนพันธะ Calpha-Cbeta และธาตุ
ฟังก์ชั่นปรับแรงบิดสำหรับการหมุนนี้

อะตอม 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

พันธบัตร:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: อะตอม 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
อะตอม 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 อะตอม 1 CG
ทย.61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

คำสั่ง Autobondrot ใช้โคลอนเพื่อแยกค่า การแปลง:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # หุ่นจำลอง

ฟังก์ชั่นอคติ:
COS:สเกล:เฟสออฟเซ็ต:ความถี่ POLY:สเกล:ออฟเซ็ต:พหุนามดีกรี CONST:ค่า

สาขา:
บันทึกและกู้คืนหรือ "(" และ ")"

(เช่นหมุน Chi และเมทิลแต่ละตัวสำหรับไอโซลิวซีน the

ลำดับคือ: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

ตั้งค่าการวางแนว: GO:angle1:angle2:... รวมไฟล์: @filename ความคิดเห็น:
#ข้อความแสดงความคิดเห็น

โพรบ: เวอร์ชัน 2.13.110909, ลิขสิทธิ์ 1996-2011, J. Michael Word

ใช้ king-probe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net