นี่คือคำสั่ง macs2_bdgbroadcall ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2_bdgbroadcall - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 bdgbroadcall [-h] -i ไฟล์ [-c CUTOFFPEAK] [-C CUTOFFLINK]
[-l MINLEN] [-g LVL1MAXGAP] [-G LVL2MAXGAP]
[--outdir ภายนอก] (-o โอไฟล์ | --o-คำนำหน้า โอพรีฟิกซ์)
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-i ไอเฟล --ifile ฟีเล
คะแนน MACS ใน bedGraph ที่จำเป็น
-c คัทออฟพีค, --cutoff-ยอด คัทออฟพีค
คัทออฟสำหรับพีคขึ้นอยู่กับวิธีที่คุณใช้ในการติดตามคะแนน ถ้าไฟล์
มีคะแนน qvalue จาก MACS2 คะแนน 2 หมายถึง qvalue 0.01 ค่าเริ่มต้น: 2
-C คัตออฟลิงค์ --cutoff-ลิงค์ คัตออฟลิงค์
ทางลัดสำหรับการเชื่อมโยงภูมิภาค/ภูมิภาคที่มีความอุดมสมบูรณ์ต่ำ ขึ้นอยู่กับวิธีที่คุณใช้
สำหรับติดตามคะแนน หากไฟล์มีคะแนน qvalue จาก MACS2 คะแนน 1 หมายถึง
qvalue 0.1 และคะแนน 0.3 หมายถึง qvalue 0.5 ค่าเริ่มต้น: 1
-l มินเลน --นาที-ความยาว มินเลน
ความยาวต่ำสุดของยอด ดีกว่าที่จะตั้งเป็นค่า d ค่าเริ่มต้น: 200
-g LVL1MAXGAP, --lvl1-max-ช่องว่าง LVL1MAXGAP
ช่องว่างสูงสุดระหว่างพีคที่มีนัยสำคัญ ควรตั้งค่าเป็นขนาดแท็ก ค่าเริ่มต้น: 30
-G LVL2MAXGAP, --lvl2-max-ช่องว่าง LVL2MAXGAP
การเชื่อมโยงสูงสุดระหว่างพีคที่มีนัยสำคัญ ควรตั้งค่าเป็น 4 เท่าของค่า d
ค่าเริ่มต้น: 800
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน
-o โอไฟล์ --ofile โอไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ --o-คำนำหน้า.
--o-คำนำหน้า ออพรีฟิกซ์
คำนำหน้าไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ -o//-ofile.
ใช้ macs2_bdgbroadcall ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
