macs2_bdgdiff - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

macs2_bdgdiff - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP

DESCRIPTION

การใช้งาน: macs2 bdgdiff [-h] --t1 ที1บีดีจี --t2 ที2บีดีจี --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C ตัด] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 ความลึก2] [--outdir OUTDIR] (--o-คำนำหน้า โอพรีฟิกซ์ | -o โอไฟล์ โอไฟล์ โอไฟล์)

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

--t1 ที1บีดีจี
MACS pileup bedGraph สำหรับเงื่อนไข 1 เข้ากันไม่ได้กับ callpeak --SPMR เอาท์พุต
ที่จำเป็น

--t2 ที2บีดีจี
MACS pileup bedGraph สำหรับเงื่อนไข 2 เข้ากันไม่ได้กับ callpeak --SPMR เอาท์พุต
ที่จำเป็น

--c1 C1BDG
MACS ควบคุม lambda bedGraph สำหรับเงื่อนไข 1 เข้ากันไม่ได้กับ callpeak --SPMR
เอาท์พุท ที่จำเป็น

--c2 C2BDG
MACS ควบคุม lambda bedGraph สำหรับเงื่อนไข 2 เข้ากันไม่ได้กับ callpeak --SPMR
เอาท์พุท ที่จำเป็น

-C คัทออฟ, --ทางลัด คัทออฟ
ค่าตัดของ logLR ค่าเริ่มต้น: 3 (อัตราส่วนความน่าจะเป็น=1000)

-l มินเลน --มินเลน มินเลน
ความยาวขั้นต่ำของภูมิภาคดิฟเฟอเรนเชียล ลองใช้ค่าที่มากขึ้นเพื่อลบพื้นที่ขนาดเล็ก
ค่าเริ่มต้น: 200

-g แม็กซ์แกป --max-ช่องว่าง แม็กซ์แก๊ป
ช่องว่างสูงสุดเพื่อรวมขอบเขตส่วนต่างในบริเวณใกล้เคียง พิจารณาช่องว่างที่กว้างขึ้นสำหรับวงกว้าง
เครื่องหมาย ช่องว่างสูงสุดควรน้อยกว่าความยาวขั้นต่ำ (-g). ค่าเริ่มต้น: 100

--d1 ความลึก1, --deep1 ความลึก1
ความลึกของลำดับ (# ของการอ่านที่ไม่ซ้ำซ้อนในหน่วยล้าน) สำหรับเงื่อนไขที่ 1 มันจะเป็น
ใช้ร่วมกับ --d2. ดูคำอธิบายสำหรับ --d2 ด้านล่างสำหรับวิธีการมอบหมาย
ค่าเริ่มต้น: 1

--d2 ความลึก2, --deep2 ความลึก2
ความลึกของลำดับ (# ของการอ่านที่ไม่ซ้ำซ้อนในหน่วยล้าน) สำหรับเงื่อนไขที่ 2 มันจะเป็น
ใช้ร่วมกับ --d1. DEPTH1 และ DEPTH2 จะใช้ในการคำนวณมาตราส่วน
ปัจจัยสำหรับแต่ละตัวอย่าง เพื่อลดขนาดตัวอย่างที่ใหญ่ขึ้นไปยังระดับของตัวอย่างที่เล็กกว่า
เช่น เปรียบเทียบ 10 ล้านเงื่อนไข 1 และ 20 ล้านเงื่อนไข 2 ใช้
--d1 10 --d2 20 แล้วค่า pileup ใน bedGraph สำหรับเงื่อนไข 2 จะถูกหารด้วย
2. ค่าเริ่มต้น: 1

--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน

--o-คำนำหน้า ออพรีฟิกซ์
คำนำหน้าไฟล์เอาต์พุต ไฟล์จริงจะตั้งชื่อเป็น PREFIX_cond1.bed
PREFIX_cond2.bed และ PREFIX_common.bed เฉพาะร่วมกันกับ -o//-ofile.

-o โอไฟล์ โอไฟล์ โอไฟล์, --ofile โอไฟล์ โอไฟล์ โอไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุต ต้องให้อาร์กิวเมนต์สามตัวตามลำดับ: 1. ไฟล์สำหรับภูมิภาคที่ไม่ซ้ำกันใน
เงื่อนไข 1; 2. ไฟล์สำหรับภูมิภาคที่ไม่ซ้ำในเงื่อนไข 2; 3. ไฟล์สำหรับภูมิภาคทั่วไป
ในทั้งสองเงื่อนไข หมายเหตุ: ยกเว้นร่วมกันกับ --o-คำนำหน้า.

ใช้ macs2_bdgdiff ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net