นี่คือคำสั่ง macs2_bdgopt ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2_bdgopt - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {คูณ,เพิ่ม,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]] [--outdir OUTDIR] -o
โอไฟล์
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-i ไอเฟล --ifile ฟีเล
คะแนน MACS ใน bedGraph หมายเหตุ: ต้องเป็นไฟล์ bedGraph ที่ครอบคลุมทั้ง ENTIRE
จีโนม ที่จำเป็น
-m {คูณ,บวก,p2q}, --กระบวนการ {คูณ,บวก,p2q}
วิธีการแก้ไขคอลัมน์คะแนนของไฟล์ bedGraph ทางเลือกที่มีอยู่คือ:
คูณ บวก หรือ p2q 1) คูณ ต้องใช้ EXTRAPARAM และจะเป็น
คูณกับคอลัมน์คะแนน หากคุณต้องการแบ่งคอลัมน์คะแนนด้วย X ให้ใช้
มูลค่า 1/X เป็น EXTRAPARAM 2) เพิ่ม จำเป็นต้องใช้ EXTRAPARAM และจะถูกเพิ่มลงใน
คอลัมน์คะแนน หากคุณต้องการลบคอลัมน์คะแนนด้วย X ให้ใช้ค่าของ -X
อย่าง EXTRAPARAM 3) p2q สิ่งนี้จะแปลงคะแนน p-value เป็นคะแนน q-value โดยใช้
กระบวนการ Benjamini-Hochberg ไม่จำเป็นต้องใช้ EXTRAPARAM วิธีนี้ถือว่า
คะแนนคือ -log10 p-value จาก MACS2 คะแนนประเภทอื่นๆ จะทำให้
ข้อผิดพลาดที่ไม่คาดคิด
-p [เอ็กซ์ตราพาแรม [เอ็กซ์ตราพาแรม ...]], --extra-พารามิเตอร์ [เอ็กซ์ตร้าพาราม [เอ็กซ์ตระพาราม ...]]
พารามิเตอร์เพิ่มเติมสำหรับ METHOD ตรวจสอบรายละเอียดของ -m ตัวเลือก
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน
-o โอไฟล์ --ofile โอไฟล์
เอาต์พุตชื่อไฟล์ BEDGraph
ใช้ macs2_bdgopt ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
