macs2_bdgpeakcall - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

macs2_bdgpeakcall - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP

DESCRIPTION

การใช้งาน: macs2 bdgpeakcall [-h] -i ไฟล์ [-c ตัด] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]

[--การวิเคราะห์จุดตัด] [--ไม่มีแทร็กไลน์]
[--outdir ภายนอก] (-o โอไฟล์ | --o-คำนำหน้า โอพรีฟิกซ์)

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-i ไอเฟล --ifile ฟีเล
คะแนน MACS ใน bedGraph ที่จำเป็น

-c คัทออฟ, --ทางลัด คัทออฟ
การตัดยอดขึ้นอยู่กับวิธีที่คุณใช้ในการติดตามคะแนน หากไฟล์มี
คะแนน pvalue จาก MACS2 คะแนน 5 หมายถึง pvalue 1e-5 ค่าเริ่มต้น: 5

-l มินเลน --นาที-ความยาว มินเลน
ความยาวต่ำสุดของยอด ดีกว่าที่จะตั้งเป็นค่า d ค่าเริ่มต้น: 200

-g แม็กซ์แกป --max-ช่องว่าง แม็กซ์แก๊ป
ช่องว่างสูงสุดระหว่างจุดสำคัญในจุดสูงสุด ดีกว่าที่จะตั้งเป็นขนาดแท็ก
ค่าเริ่มต้น: 30

--ตัด-วิเคราะห์
ในขณะที่ตั้งค่า bdgpeakcall จะวิเคราะห์จำนวนหรือความยาวรวมของยอดที่สามารถ
เรียกโดยจุดตัดที่ต่างกัน แล้วส่งออกตารางสรุปเพื่อช่วยให้ผู้ใช้ตัดสินใจได้ดีขึ้น
ทางลัด หมายเหตุ minlen และ maxgap อาจส่งผลต่อผลลัพธ์ ค่าเริ่มต้น: เท็จ

--no-ติดตาม
บอก MACS ไม่ให้รวม trackline กับไฟล์ bedGraph แทร็กไลน์เป็นสิ่งจำเป็น
โดย มช.

--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน

-o โอไฟล์ --ofile โอไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ --o-คำนำหน้า.

--o-คำนำหน้า ออพรีฟิกซ์
คำนำหน้าไฟล์เอาต์พุต เฉพาะร่วมกันกับ -o//-ofile.

ใช้ macs2_bdgpeakcall ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net