macs2_cmbreps - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

macs2_cmbreps - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP

DESCRIPTION

การใช้งาน: macs2 cmbreps [-h] -i IFILE [IFILE ...] [-m {ฟิชเชอร์,สูงสุด,หมายถึง}]

[--ภายนอก OUTDIR] -o โอไฟล์

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-i ไฟล์ [FILE ...]
คะแนน MACS ใน bedGraph สำหรับการทำซ้ำแต่ละครั้ง ต้องการสองไฟล์เท่านั้น เช่น '-i A
NS'. ที่จำเป็น

-m {ฟิชเชอร์, แม็กซ์, ค่าเฉลี่ย}, --กระบวนการ {ฟิชเชอร์ แม็กซ์ ค่าเฉลี่ย}
วิธีการใช้ในขณะที่รวมคะแนนจากการทำซ้ำ 1) ฟิชเชอร์: ฟิชเชอร์รวมกัน
การทดสอบความน่าจะเป็น ต้องใช้คะแนนในรูปแบบ ppois (-log10 pvalues) จาก bdgcmp
คะแนนประเภทอื่นสำหรับวิธีนี้อาจทำให้เกิดข้อผิดพลาดที่ไม่คาดคิดของ cmbreps 2) สูงสุด:
รับค่าสูงสุดจากการทำซ้ำสำหรับแต่ละตำแหน่งจีโนม 3) หมายถึง: รับ
ค่าเฉลี่ย หมายเหตุ ยกเว้นวิธีของฟิชเชอร์ ค่าสูงสุดหรือค่าเฉลี่ยจะถือว่าคะแนน AS IS
ซึ่งหมายความว่าจะไม่แปลงคะแนนจากมาตราส่วนบันทึกเป็นมาตราส่วนเชิงเส้นหรือในทางกลับกัน

--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน

-o โอไฟล์ --ofile โอไฟล์
เอาต์พุตชื่อไฟล์ BEDGraph สำหรับคะแนนรวม

ใช้ macs2_cmbreps ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net