นี่คือคำสั่ง macs2 ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2 - macs2 - การวิเคราะห์ตามโมเดลสำหรับการจัดลำดับชิป
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 [-h] [--version]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
แมค2 -- การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
โทรสูงสุด
ฟังก์ชัน MACS2 หลัก: เรียกยอดจากผลการจัดตำแหน่ง
bdgpeakcall
ยอดการโทรจากเอาต์พุต bedGraph หมายเหตุ: ทุกภูมิภาคบนโครโมโซมเดียวกันใน
ไฟล์ bedGraph ควรเป็นแบบต่อเนื่อง ดังนั้นเฉพาะไฟล์ bedGraph จาก MACS2 เท่านั้น
เป็นที่ยอมรับ
bdgbroadcall
เรียกยอดกว้างจากเอาต์พุต bedGraph หมายเหตุ: ทุกภูมิภาคบนโครโมโซมเดียวกันใน
ไฟล์ bedGraph ควรเป็นแบบต่อเนื่อง ดังนั้นเฉพาะไฟล์ bedGraph จาก MACS2 เท่านั้น
เป็นที่ยอมรับ
bdgcmp หักสัญญาณรบกวนโดยการเปรียบเทียบสองแทร็กสัญญาณใน bedGraph หมายเหตุ: ทุกภูมิภาคบน
โครโมโซมเดียวกันในไฟล์ bedGraph ควรเป็นแบบต่อเนื่อง ดังนั้นเฉพาะไฟล์ bedGraph
จาก MACS2 เป็นที่ยอมรับได้
bdgopt การดำเนินการกับคอลัมน์คะแนนของไฟล์ bedGraph หมายเหตุ: ทุกภูมิภาคในที่เดียวกัน
โครโมโซมในไฟล์ bedGraph ควรเป็นแบบต่อเนื่อง ดังนั้นเฉพาะไฟล์ bedGraph จาก
MACS2 เป็นที่ยอมรับ
ซม
รวม BEDGraphs ของคะแนนจากการทำซ้ำ หมายเหตุ: ทุกภูมิภาคในที่เดียวกัน
โครโมโซมในไฟล์ bedGraph ควรเป็นแบบต่อเนื่อง ดังนั้นเฉพาะไฟล์ bedGraph จาก
MACS2 เป็นที่ยอมรับ
bdgdiff
การตรวจจับส่วนต่างสูงสุดโดยอิงจากไฟล์กราฟเตียงสี่ไฟล์ที่จับคู่กัน หมายเหตุ: ทุกภูมิภาค
บนโครโมโซมเดียวกันในไฟล์ bedGraph ควรจะต่อเนื่องกัน ดังนั้น bedGraph
ไฟล์จาก MACS2 เป็นที่ยอมรับ
กรองข้อมูล
ลบการอ่านซ้ำในตำแหน่งเดียวกัน จากนั้นแปลงรูปแบบที่ยอมรับได้เป็น BED
จัดรูปแบบ
ทำนายไว้
ทำนายขนาด d หรือแฟรกเมนต์จากผลการจัดตำแหน่ง *จะไม่กรองรายการที่ซ้ำกัน*
pilup Pileup จัดตำแหน่งอ่านด้วยขนาดส่วนขยายที่กำหนด (ขนาดชิ้นส่วนหรือ d ใน MACS
ภาษา). โปรดทราบว่าจะไม่มีขั้นตอนสำหรับการกรองหรือการจัดลำดับการอ่านซ้ำ
การปรับขนาดเชิงลึก ดังนั้นคุณอาจต้องดำเนินการบางอย่างก่อน/หลังการประมวลผล
ตัวอย่างสุ่ม
สุ่มตัวอย่างจำนวน/เปอร์เซ็นต์ของการอ่านทั้งหมด
ปรับแต่ง
(ทดลอง) ใช้การจัดตำแหน่งการอ่านแบบดิบ ปรับแต่งยอดสูงสุดและให้คะแนน
การวัดความสมดุลของแท็ก waston/crick แรงบันดาลใจจาก สปป.
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
--รุ่น
แสดงหมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก
สำหรับตัวเลือกบรรทัดคำสั่งของแต่ละคำสั่ง ให้พิมพ์: macs2 COMMAND -h
ใช้ macs2 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
