นี่คือคำสั่ง metastudent ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
metastudent - ตัวทำนายของเงื่อนไขยีน ontology จากลำดับโปรตีน
เรื่องย่อ
metastudent -i ฟาสต้า_ไฟล์ -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--เงียบ]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontology=MTF or BPO or CCO or
เอ็มเอฟโอ,BPO or ...] [--พร้อม-รูปภาพ] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--อุณหภูมิ-dir=DIR] [--config=CONFIG_FILE] !!! ตรวจสอบให้แน่ใจว่าไฟล์ fasta ของคุณมีไม่เกิน 500
ลำดับ!!!
DESCRIPTION
Metastudent ทำนายคำศัพท์ Gene Ontology (GO) จากฟังก์ชัน Molecular Function Ontology (MFO)
Biological Process Ontology (BPO) และ Cellular Component Ontology (CCO) สำหรับโปรตีนอินพุต
ลำดับโดยการอนุมานที่คล้ายคลึงกันจากโปรตีนที่ทำหมายเหตุประกอบไว้แล้ว
ดาวน์โหลดไฟล์ข้อมูลขนาดใหญ่ (ทั้งหมด 1 GB) ที่จำเป็นสำหรับการทำงานของ metastudent
โดยอัตโนมัติเมื่อใช้งานโปรแกรมครั้งแรก การดาวน์โหลดสามารถเริ่มต้นใหม่ได้ นอกจากนี้คุณยังสามารถ
โทรที่ชัดเจนถึง
ข้อมูล metastudent (โดยค่าเริ่มต้น /usr/bin/metastudentdata) เพื่อดาวน์โหลดไฟล์ข้อมูล
ในกรณีที่ไดเร็กทอรีข้อมูล (โดยค่าเริ่มต้น /usr/share/metastudent-data) ไม่สามารถเขียนได้และ
คุณไม่ได้รูท การดำเนินการคือ
พยายามอีกครั้งกับ sudo(8)
เอาท์พุต รูป
สำหรับแต่ละ ontology ที่เลือก (ดู --ontology) มีการสร้างไฟล์เอาต์พุตหนึ่งไฟล์ (ดู -o). แต่ละ
บรรทัดในแต่ละไฟล์เชื่อมโยงโปรตีนกับคำศัพท์ GO และความน่าเชื่อถือสำหรับ
การเชื่อมโยง (0.0 ถึง 1.0) ใช้รูปแบบต่อไปนี้:
ไอดี>
ข้อมูลอ้างอิง
Hamp, T. , Kassner, R. , Seemayer, S. , Vicedo, E. , Schaefer, C. , Achten, D. , ... & Rost, B.
(2013). การอนุมานตามความคล้ายคลึงกันตั้งค่าแถบสูงสำหรับการทำนายฟังก์ชันโปรตีน BMC
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 14(Suppl 3), S7
OPTIONS
-ฉัน FASTA_FILE
ไฟล์ fasta อินพุต โปรดลองลบการจัดรูปแบบพิเศษ (เช่น ช่องว่าง)
ในลำดับก่อนใช้เป็นอินพุต เนื่องจากการใช้หน่วยความจำสูง ตรวจสอบให้แน่ใจว่า
ไฟล์ fasta มีไม่เกิน 500 ลำดับ
-o RESULT_FILE_PREFIX
คำนำหน้าชื่อไฟล์ของไฟล์เอาต์พุต เงื่อนไข GO ถูกจัดระเบียบใน ontology
Metatstudent ปฏิบัติต่อ ontology แต่ละอันแตกต่างกัน และส่งออกไฟล์ผลลัพธ์หนึ่งไฟล์สำหรับแต่ละไฟล์
ตัวอย่างเช่น if =./myresult และ MFO (Molecular Function Ontology) และ BPO
(อภิปรัชญากระบวนการทางชีวภาพ) ออนโทโลจีถูกเลือก (ดูตัวเลือก --ontology) แล้ว
metastudent สร้างไฟล์เอาต์พุตสองไฟล์: ./myresult.MFO.txt และ ./myresult.BPO.txt.
--debug
พิมพ์ข้อความแก้ไขข้อบกพร่องเพิ่มเติม
--เก็บอุณหภูมิ
จะเก็บไดเร็กทอรี temp หลังจากที่ metastudent เสร็จสิ้นหรือไม่ (สามารถเป็น
มีประโยชน์เมื่อเกิดข้อผิดพลาดหรือร่วมกับ --blast-kickstart-ฐานข้อมูล).
--เงียบ
ไม่มีข้อความแสดงความคืบหน้า (stdout) เฉพาะข้อผิดพลาด (stderr)
--output-ระเบิด
ว่าจะให้ผลลัพธ์ของการรัน BLAST หรือไม่ มีประโยชน์ร่วมกับ
--blast-kickstart-ฐานข้อมูล. รูปแบบชื่อไฟล์ที่ส่งออกคือ
RESULT_FILE_PREFIX. .ระเบิด.
--blast เท่านั้น
จะแสดงเฉพาะผลลัพธ์ของการรัน BLAST หรือไม่เท่านั้น ดูตัวเลือก
--output-ระเบิด และ --blast-kickstart-ฐานข้อมูล.
-- การคาดการณ์ทั้งหมด
ไม่ว่าจะส่งออกผลการทำนายของผู้ทำนายแต่ละคน ชื่อไฟล์
รูปแบบของไฟล์ที่ส่งออกคือ . . .txt
--ไม่มีชื่อ
จะไม่รวมชื่อคำศัพท์ GO จริงเป็นคอลัมน์ในการทำนายผลลัพธ์หรือไม่
ไฟล์
--พร้อมภาพ
จะสร้างรูปภาพที่แสดงเงื่อนไข GO ที่คาดการณ์ไว้เป็นกราฟ GO หรือไม่
ตัวเลือกนี้สามารถใช้ได้กับลำดับอินพุตเดียวเท่านั้นและเมื่อเชื่อมต่อเท่านั้น
กับอินเทอร์เน็ต
--ontology=MTF or BPO or CCO or เอ็มเอฟโอ,BPO or ...
รายการ ontology ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคเพื่อสร้างการคาดการณ์ ค่าเริ่มต้นคือ
เอ็มเอฟโอ,BPO,CCO หากใช้ร่วมกับ --blast-kickstart-ฐานข้อมูล, จำนวนและ
ลำดับของ ontology ต้องสอดคล้องกับไฟล์ kickstart
--blast-kickstart-databases=
เนื่องจากการรัน BLAST มักจะเป็นส่วนที่ใช้เวลานานที่สุดใน metastudent สิ่งนี้
ตัวเลือกช่วยให้คุณนำเอาท์พุตของการรันครั้งก่อนกลับมาใช้ใหม่ได้ สิ่งนี้มีประโยชน์ในการทดสอบ สำหรับ
เช่น พารามิเตอร์ต่างๆ หรือเมื่อคุณสูญเสียการคาดคะเน จำนวน
ไฟล์ kickstart ต้องสอดคล้องกับจำนวนของ ontology (ดูตัวเลือก --ontology).
แยกพาธของไฟล์ด้วยเครื่องหมายจุลภาค ตัวอย่างเช่น:
--blast-kickstart-databases= , (เริ่มต้นสำหรับทั้งคู่
ontology) หรือ --blast-kickstart-databases=, (เฉพาะ Kickstart BPO;
สังเกตเครื่องหมายจุลภาค)
--temp-dir=DIR
ไดเร็กทอรี temp parent ที่จะใช้แทนไดเร็กทอรีที่ระบุด้วย tmpDir ใน
ไฟล์การกำหนดค่า metastudent
--config=ไฟล์
พาธไปยังไฟล์คอนฟิกูเรชัน metastudent แบบกำหนดเอง แทนที่การตั้งค่าทั้งหมดของ
ไฟล์การกำหนดค่าที่พบในส่วน FILES ของหน้านี้
ใช้ metastudent ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
