นี่คือคำสั่ง NEXUSnormalizer ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
NEXUSnormalizer - เขียนไฟล์ NEXUS ใหม่ให้เป็นมาตรฐานด้วยการเยื้องที่สอดคล้องกันและ
วากยสัมพันธ์
DESCRIPTION
NEXUSnormalizer จะอ่านไฟล์และเขียนไฟล์ใหม่ให้เป็นมาตรฐานด้วยความสม่ำเสมอ
การเยื้องและไวยากรณ์
การขอ มากที่สุด ร่วมกัน การใช้ is อย่างง่าย:
NEXUSนอร์มัลไลเซอร์
OPTIONS
-h บนบรรทัดคำสั่งจะแสดงข้อความช่วยเหลือนี้
-q ระงับข้อความสถานะ NCL ขณะอ่านไฟล์
-lอ่านไฟล์และถือว่าแต่ละบรรทัดของไฟล์เป็นเส้นทางไปยังไฟล์ NEXUS
-a เอาต์พุต AltNexus (ไม่มีตารางการแปลในต้นไม้)
-x อย่าตรวจสอบฉลากภายในต้นไม้เป็นฉลากแท็กซ่า
-X อย่าถือว่าตัวเลขบนต้นไม้เป็นเลขอนุกรมวิธาน ให้ถือว่าเป็นตัวเลขตามอำเภอใจ
ป้ายกำกับ (ไม่ควรใช้กับไฟล์ NEXUS)
-sควบคุมระดับความเข้มงวดของ NEXUS
ระดับเริ่มต้นเทียบเท่ากับ -S2 เรียกใช้โปรแกรมด้วย -S3 หรือสูงกว่า
ตัวเลขจะแปลงคำเตือนบางอย่างเป็นข้อผิดพลาดร้ายแรง วิ่งด้วย -S1 จะทำให้
parser ที่จะยอมรับโครงสร้างที่เป็นอันตรายและทำงานกับ -S0 จะทำให้เกิด
parser พยายามทุกวิถีทางในการแยกวิเคราะห์ไฟล์ให้เสร็จ (คำเตือนเกี่ยวกับเรื่องร้ายแรง
ผิดพลาด)
โปรดทราบว่าเมื่อ -S0 ใช้ระดับความเข้มงวดและ parser ล้มเหลวในการทำให้เสร็จ
มักจะเป็นผลจากข้อผิดพลาดก่อนหน้านี้มากกว่าข้อผิดพลาดที่รายงานใน
ข้อความสุดท้าย
-iระบุความยาวของหน้า interleaved เพื่อสร้าง
-fระบุรูปแบบไฟล์อินพุตที่ต้องการ:
-fnexus
NEXUS (นี่เป็นค่าเริ่มต้นด้วย)
-ฟาฟาสตา
ข้อมูลกรดอะมิโนใน fasta
-fdnafasta
ข้อมูล DNA ใน fasta
-ฟรนาฟาสต้า
ข้อมูล RNA ใน fasta
รายการชื่อรูปแบบทั้งหมดที่สามารถตามหลัง -f ธงคือ:
Nexus
ดีนาฟาสต้า
อัฟฟาสตา
นภา
แดนาฟิล
นาฟีลิป
อาฟิลลิป
ไม่ต่อเนื่อง
dnaphylip สลับกัน
rnaphylip สลับกัน
aaphylip สลับกัน
ใบไม่ต่อเนื่อง
dnarelaxedฟิลลิป
rnarelaxedphylip
aarelaxedphylip
ไม่ต่อเนื่องฟิลลิป
dnarelaxedphylipinterleaved
rnarelaxedphylipinterleaved
aarelaxedphylipinterleaved
แยกไม่ต่อเนื่องphylipinterleave
ดนาลน์
รานาล
aaln
ฟิลลิปทรี
ผ่อนคลายphyliptree
เน็กซ์มล
ดีน่าฟิน
อาฟิน
น่าฟิน
ใช้ NEXUSnormalizer ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
