ไพรเมอร์ - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ไพรเมอร์ - ไพรเมอร์ 3 รุ่นง่ายๆ เพื่อเลือกไพรเมอร์ PCR

เรื่องย่อ

ไพรเมอร์ -ลำดับ ภาคต่อ [-เป้าหมายภูมิภาค พิสัย] [-ย่อขนาด จำนวนเต็ม] [-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม]
[-maxdifftm ลอย] [-อธิบายธง บูล] [-ผลตอบแทน จำนวนเต็ม] -outfile ออกจากไฟล์

ไพรเมอร์ -ช่วยด้วย

DESCRIPTION

ไพรเมอร์ เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:Primers"

OPTIONS

อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
ลำดับการเลือกไพรเมอร์ ต้องแสดงลำดับ 5' -> 3'

เพิ่มเติม ส่วน
-เป้าหมายภูมิภาค พิสัย
หากระบุเป้าหมายอย่างน้อยหนึ่งรายการ คู่ไพรเมอร์ตามกฎหมายต้องขนาบข้างอย่างน้อยหนึ่ง
ของพวกเขา. เป้าหมายอาจเป็นไซต์ทำซ้ำลำดับอย่างง่าย (เช่น CA ทำซ้ำ) หรือ
พหุสัณฐานคู่ฐานเดียว ค่าควรเป็นรายการที่คั่นด้วยช่องว่างของ
, คู่ที่ไหน เป็นดัชนีของฐานแรกของเป้าหมายและ
คือสุดท้าย เช่น 50,51 ต้องใช้ไพรเมอร์ล้อมรอบฐาน 2 อันที่ตำแหน่ง50
และ 51

-ย่อขนาด จำนวนเต็ม
ความยาวขั้นต่ำที่ยอมรับได้ของไพรเมอร์ ต้องมากกว่า 0 และน้อยกว่าหรือเท่ากับ
ถึง MAX-SIZE ค่าเริ่มต้น: 18

-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม
ความยาวสูงสุดที่ยอมรับได้ (ในฐาน) ของสีรองพื้น ขณะนี้พารามิเตอร์นี้ไม่สามารถ
มากกว่า 35 ขีดจำกัดนี้ควบคุมโดยขนาด oligo สูงสุดที่ Primer3's
อุณหภูมิหลอมเหลวถูกต้อง ค่าเริ่มต้น: 27

-maxdifftm ลอย
ความแตกต่างสูงสุดที่ยอมรับได้ (ไม่ได้ระบุ) ระหว่างอุณหภูมิหลอมเหลวของ
ไพรเมอร์ไปข้างหน้าและถอยหลัง ค่าเริ่มต้น: 100.0

เอาท์พุต ส่วน
-อธิบายธง บูล
หากแฟล็กนี้ไม่ใช่-0 ให้สร้าง LEFT-EXPLAIN และ RIGHT-EXPLAIN เอาต์พุต ซึ่งก็คือ
มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ข้อมูลเกี่ยวกับจำนวนไพรเมอร์คู่ที่ Primer3 ตรวจสอบ
และสถิติจำนวนที่ทิ้งด้วยเหตุผลต่างๆ ค่าเริ่มต้น: N

-ผลตอบแทน จำนวนเต็ม
จำนวนคู่ไพรเมอร์สูงสุดที่จะส่งคืน ไพรเมอร์คู่ที่ส่งคืนจะถูกจัดเรียงตาม
'คุณภาพ' ของพวกเขา กล่าวอีกนัยหนึ่งโดยค่าของฟังก์ชันวัตถุประสงค์ (โดยที่ต่ำกว่า
ตัวเลขบ่งบอกถึงคู่ไพรเมอร์ที่ดีกว่า) ข้อควรระวัง: การตั้งค่าพารามิเตอร์นี้เป็นขนาดใหญ่
ค่าจะเพิ่มเวลาทำงาน ค่าเริ่มต้น: 5

-outfile ออกจากไฟล์

ใช้ไพรเมอร์ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net