raxmlHPC-PTHREADS - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

การใช้งาน - โอกาสสูงสุดของการสุ่มแบบ Axelerated

DESCRIPTION

ใช้ raxml พร้อมรองรับ AVX (1 cpus)

นี่คือ RAxML เวอร์ชัน 8.2.4 ที่เผยแพร่โดย Alexandros Stamatakis เมื่อวันที่ 02 ตุลาคม 2015

ด้วยการสนับสนุนโค้ดที่ชื่นชมอย่างมากโดย: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT และ HITS)
Nick Pattengale (แซนเดีย) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

โปรดศึกษาคู่มือ RAxML

โปรดรายงานจุดบกพร่องผ่านกลุ่ม Google RAxML! กรุณาส่งไฟล์อินพุตทั้งหมดให้เราทราบ
การเรียกใช้ รายละเอียดของ HW และระบบปฏิบัติการ ตลอดจนข้อความแสดงข้อผิดพลาดทั้งหมดที่พิมพ์
ไปที่หน้าจอ.

raxmlHPC [-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-ไฮบริด|-ไฮบริด-SSE3|ไฮบริด-AVX]

-s ลำดับชื่อไฟล์ -n ผลลัพธ์ชื่อไฟล์ -m การทดแทนรุ่น

[-a weightFileName] [-A SecondaryStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-e ความน่าจะเป็นEpsilon] [-E แยกชื่อไฟล์] [-f
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|G|h|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-GlocationThreshold] [-h] [-H] [-i
initialRarrangementSetting] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|เข้มงวด|STRICT_DROP|T_ ] [-k] [-K] [-L นาย|MRE|T_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
โปรตีนโมเดล] [-q multipleModelFileName] [-r binaryConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S SecondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T .]
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W เลื่อนขนาดหน้าต่าง]
[-x RapidBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName | ancestralSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--เงียบ][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|เฟลเซนสไตน์|ลูอิส]
[--ตรวจสอบสถานะธง][--auto-prot=ml|bic|aic|aicc]
[--epa-keep-placements=number][--epa-accumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [--JC69][--K80][--HKY85]

-a ระบุชื่อไฟล์น้ำหนักคอลัมน์เพื่อกำหนดน้ำหนักแต่ละรายการให้กับแต่ละคอลัมน์ของ
การจัดตำแหน่ง น้ำหนักเหล่านั้นต้องเป็นจำนวนเต็มที่คั่นด้วยประเภทและจำนวนใดๆ
ช่องว่างภายในไฟล์แยกต่างหาก ดูตัวอย่างในไฟล์ "example_weights"

-A ระบุหนึ่งในแบบจำลองการแทนที่โครงสร้างรองที่นำไปใช้ใน RAxML
ใช้ระบบการตั้งชื่อเดียวกับในคู่มือ PHASE รุ่นที่มี: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B

ค่าเริ่มต้น: รุ่น GTR 16 สถานะ (S16)

-b ระบุจำนวนเต็ม (สุ่มเมล็ด) และเปิด bootstrapping

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-B ระบุเลขทศนิยมระหว่าง 0.0 ถึง 1.0 ที่จะใช้เป็นจุดตัด
เกณฑ์สำหรับเกณฑ์การบูตตาม MR การตั้งค่าที่แนะนำคือ 0.03

ค่าเริ่มต้น: 0.03 (การตั้งค่าที่กำหนดเชิงประจักษ์ที่แนะนำ)

-c ระบุจำนวนหมวดหมู่อัตราที่แตกต่างกันสำหรับ RAxML เมื่อรูปแบบของอัตรา
ความแตกต่างถูกกำหนดเป็น CAT บุคคล อัตราต่อไซต์ถูกจัดประเภทเป็น
หมวดหมู่อัตรา numberOfCategories เพื่อเร่งการคำนวณ

ค่าเริ่มต้น: 25

-C เปิดใช้งานเอาต์พุตแบบละเอียดสำหรับตัวเลือก "-L" และ "-fi" นี้จะผลิตมากขึ้นเช่น
รวมถึงไฟล์เอาท์พุตที่ละเอียดมากขึ้น

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-d เริ่มการเพิ่มประสิทธิภาพ ML จากแผนผังเริ่มต้นแบบสุ่ม

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-D เกณฑ์การบรรจบกันของการค้นหา ML สิ่งนี้จะทำลายการค้นหา ML หากญาติ
Robinson-Fould ระยะห่างระหว่างต้นไม้ที่ได้รับจาก SPR ขี้เกียจสองตัวติดต่อกัน
รอบมีขนาดเล็กลงหรือเท่ากับ 1% การใช้งานที่แนะนำสำหรับชุดข้อมูลขนาดใหญ่มากใน
เงื่อนไขแท็กซ่า บนต้นไม้ที่มีแท็กซ่ามากกว่า 500 ต้น จะทำให้ใช้เวลาในการดำเนินการ
ปรับปรุงประมาณ 50% ในขณะที่ให้ผลผลิตเพียงต้นไม้ที่แย่ลงเล็กน้อย

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-e ตั้งค่าความแม่นยำในการเพิ่มประสิทธิภาพแบบจำลองในหน่วยความน่าจะเป็นของบันทึกสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพขั้นสุดท้ายของ
โครงสร้างต้นไม้

ค่าเริ่มต้น: 0.1
สำหรับรุ่นที่ไม่ใช้สัดส่วนของการประมาณไซต์คงที่

0.001 สำหรับแบบจำลองที่ใช้สัดส่วนของการประมาณไซต์คงที่

-E ระบุชื่อไฟล์แยกที่มีข้อกำหนดของตำแหน่งการจัดตำแหน่ง
คุณต้องการยกเว้น รูปแบบคล้ายกับ Nexus ไฟล์จะต้องมีรายการ
เช่น "100-200 300-400" เพื่อยกเว้นการเขียนคอลัมน์เดียว เช่น "100-100" ถ้าคุณ
ใช้โมเดลแบบผสม ไฟล์โมเดลที่ดัดแปลงอย่างเหมาะสมจะถูกเขียนขึ้น

-f เลือกอัลกอริทึม:

"-fa": วิเคราะห์ Bootstrap อย่างรวดเร็วและค้นหาแผนผัง ML ที่ให้คะแนนดีที่สุดในโปรแกรมเดียว
เรียกใช้ "-f A": คำนวณสถานะของบรรพบุรุษชายขอบบนทรีอ้างอิง ROOTED ที่ให้ไว้
ด้วย "-t" "-fb": วาดข้อมูลแบบสองพาร์ติชั่นบนทรีที่ให้มากับ "-t" ตาม
บนต้นไม้หลายต้น

(เช่น จาก bootstrap) ในไฟล์ที่ระบุโดย "-z"

"-f B": เพิ่มประสิทธิภาพ br-len scaler และพารามิเตอร์โมเดลอื่นๆ (GTR, alpha ฯลฯ) บนแผนผัง
มาพร้อมกับ "-t"
ต้นไม้ต้องมีความยาวกิ่งก้าน ความยาวของสาขาจะไม่ถูกปรับให้เหมาะสม
ถูกปรับขนาดด้วยค่าทั่วไปเพียงค่าเดียว

"-fc": ตรวจสอบว่า RAxML อ่านการจัดตำแหน่งได้อย่างถูกต้องหรือไม่ "-f C": บรรพบุรุษ
การทดสอบลำดับสำหรับ Jiajie ผู้ใช้จะต้องระบุรายชื่ออนุกรมวิธานผ่าน
-Y คั่นด้วยช่องว่าง "-fd": new rapid hill-climbing

ค่าเริ่มต้น: ON

"-f D": ปีนเขาอย่างรวดเร็วด้วยสายรัดรองเท้า RELL "-fe": ปรับรุ่น+สาขาให้เหมาะสม
ความยาวสำหรับแผนผังอินพุตที่กำหนดภายใต้ GAMMA/GAMMAI เท่านั้น "-f E": ดำเนินการเร็วมาก
การค้นหาต้นไม้ทดลองในปัจจุบันสำหรับการทดสอบ "-f F" เท่านั้น: ดำเนินการอย่างรวดเร็ว
การค้นหาต้นไม้ทดลอง ในปัจจุบันสำหรับการทดสอบ "-fg" เท่านั้น: คำนวณต่อบันทึกไซต์
โอกาสที่ต้นไม้อีก XNUMX ต้นจะผ่านไป

"-z" และเขียนลงในไฟล์ที่ CONSEL . อ่านได้
พารามิเตอร์โมเดลจะถูกประมาณในทรีแรกเท่านั้น!

"-f G": คำนวณต่อบันทึกของไซต์ โอกาสสำหรับแร่มากกว่าหนึ่งต้นที่ผ่าน
"-z" และเขียนลงในไฟล์ที่ CONSEL สามารถอ่านได้ พารามิเตอร์โมเดล
จะถูกประเมินใหม่สำหรับแต่ละต้น

"-fh": การทดสอบความน่าจะเป็นของบันทึกการคำนวณ (SH-test) ระหว่างทรีที่ดีที่สุดผ่าน "-t"
และต้นไม้อื่นๆ อีกจำนวนหนึ่งผ่าน "-z" พารามิเตอร์ของแบบจำลองจะถูกประมาณค่า
บนต้นไม้ต้นแรกเท่านั้น!

"-f H": การทดสอบความน่าจะเป็นของบันทึกการคำนวณ (SH-test) ระหว่างทรีที่ดีที่สุดผ่าน "-t"
และต้นไม้อื่นๆ อีกจำนวนหนึ่งส่งผ่าน "-z" พารามิเตอร์โมเดลจะเป็น
ประเมินใหม่สำหรับต้นไม้แต่ละต้น

"-fi": คำนวณคะแนน IC และ TC (Salichos และ Rokas 2013) บนต้นไม้ที่มี "-t"
ขึ้นอยู่กับต้นไม้หลายต้น
(เช่น จาก bootstrap) ในไฟล์ที่ระบุโดย "-z"

"-f I": อัลกอริธึมการรูทต้นไม้อย่างง่ายสำหรับทรีที่ยังไม่ได้รูท
มันหยั่งรากต้นไม้โดยการรูตที่กิ่งที่สมดุลกับต้นไม้ย่อยได้ดีที่สุด
ความยาว (ผลรวมของกิ่งในทรีย่อย) ของทรีย่อยด้านซ้ายและขวา อา
สาขาที่มียอดดุลที่เหมาะสมไม่ได้มีอยู่เสมอ! ต้องระบุต้นไม้
คุณต้องการรูทผ่าน "-t"

"-fj": สร้างไฟล์การจัดตำแหน่งที่บู๊ตสแตรปจากไฟล์การจัดตำแหน่งดั้งเดิม
คุณต้องระบุเมล็ดพันธุ์ด้วย "-b" และจำนวนการทำซ้ำด้วย "-#"

"-f J": คำนวณค่าการสนับสนุนที่เหมือน SH บนทรีที่กำหนดผ่าน "-t" "-fk":
แก้ไขความยาวสาขาที่ยาวในชุดข้อมูลที่แบ่งพาร์ติชั่นโดยมีข้อมูลที่ขาดหายไปโดยใช้คำสั่ง

อัลกอริทึมการขโมยความยาวสาขา
ตัวเลือกนี้ทำงานร่วมกับ "-t", "-M" และ "-q" เท่านั้น มันจะพิมพ์ออกมา
ต้นไม้ที่มีกิ่งก้านสั้นกว่า แต่มีคะแนนความน่าจะเป็นเท่ากัน

"-fm": เปรียบเทียบสองพาร์ทิชันระหว่างต้นไม้สองต้นที่ส่งผ่าน "-t" และ "-z"
ตามลำดับ สิ่งนี้จะส่งคืนความสัมพันธ์แบบเพียร์สันระหว่างสองพาร์ติชั่นทั้งหมด
พบในไฟล์ทรีสองไฟล์ ไฟล์ชื่อ
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName จะถูกพิมพ์ที่มี
ความถี่สองพาร์ติชั่นที่ชาญฉลาดของทั้งสองเซต

"-fn": คำนวณคะแนนความน่าจะเป็นของบันทึกของต้นไม้ทั้งหมดที่มีอยู่ในไฟล์ทรีที่จัดทำโดย
"-z" ภายใต้ GAMMA หรือ GAMMA+P-Invar พารามิเตอร์โมเดลจะถูกประมาณค่าบน
ต้นแรกเท่านั้น!

"-f N": คำนวณคะแนนความน่าจะเป็นของบันทึกของต้นไม้ทั้งหมดที่มีอยู่ในไฟล์ทรีที่จัดทำโดย
"-z" ภายใต้ GAMMA หรือ GAMMA+P-Invar พารามิเตอร์โมเดลจะถูกประมาณค่าใหม่สำหรับ
ต้นไม้แต่ละต้น

"-fo": การปีนเขาอย่างรวดเร็วแบบเก่าและช้ากว่าโดยไม่มีจุดตัดแบบศึกษาสำนึก "-fp": ดำเนินการ
การเพิ่ม MP แบบขั้นตอนบริสุทธิ์ของลำดับใหม่ให้กับต้นไม้เริ่มต้นและทางออกที่ไม่สมบูรณ์
"-f P": ดำเนินการจัดวางสายวิวัฒนาการของต้นไม้ย่อยที่ระบุในไฟล์ที่ผ่าน
ผ่าน "-z" ในแผนผังอ้างอิงที่กำหนด

ซึ่งมีทรีย่อยเหล่านี้ที่ส่งผ่าน "-t" โดยใช้
อัลกอริธึมการจัดวางเชิงวิวัฒนาการ

"-fq": เครื่องคิดเลขควอเตตแบบเร็ว "-fr": คำนวณแบบคู่ Robinson-Foulds (RF)
ระยะห่างระหว่างต้นไม้ทุกคู่ในไฟล์ทรีที่ส่งผ่าน "-z"

ถ้าต้นไม้มีโหนด labales แสดงเป็นค่าสนับสนุนจำนวนเต็ม โปรแกรมก็จะ
คำนวณสองรสชาติของ
ระยะถ่วงน้ำหนักโรบินสัน-โฟลด์ (WRF)

"-f R": คำนวณระยะทาง Robinson-Foulds (RF) ที่เป็นคู่ทั้งหมดระหว่างทรีอ้างอิงขนาดใหญ่
ผ่าน "-t"

และต้นไม้ต้นเล็กๆ อีกหลายต้น (ที่ต้องมีส่วนย่อยของแท็กซ่าของต้นไม้ใหญ่) ผ่าน
"-z".
ตัวเลือกนี้มีไว้สำหรับตรวจสอบความเป็นไปได้ของสายวิวัฒนาการที่มีขนาดใหญ่มาก
ที่ไม่สามารถตรวจสอบได้ด้วยตาเปล่าอีกต่อไป

"-fs": แบ่งการจัดตำแหน่งแบบแบ่งพาร์ติชั่นยีนออกเป็นลำดับ
การจัดตำแหน่งย่อย "-f S": คำนวณความเอนเอียงของตำแหน่งเฉพาะไซต์โดยใช้การเว้นหนึ่งครั้ง
การทดสอบที่ได้รับแรงบันดาลใจจากอัลกอริธึมการจัดตำแหน่งวิวัฒนาการ "-ft": ทำทรีสุ่ม
ค้นหาบนต้นไม้เริ่มต้นคงที่ "-f T": ทำการเพิ่มประสิทธิภาพ ML . ขั้นสุดท้ายอย่างละเอียด
tree จากการค้นหา bootstrap อย่างรวดเร็วในโหมดสแตนด์อะโลน "-fu": ดำเนินการทางสัณฐานวิทยา
การสอบเทียบตุ้มน้ำหนักโดยใช้โอกาสสูงสุด ค่านี้จะส่งคืนเวกเตอร์ตุ้มน้ำหนัก

คุณต้องจัดให้มีการจัดตำแหน่งทางสัณฐานวิทยาและแผนผังอ้างอิงผ่าน "-t"

"-fv": จำแนกลำดับสิ่งแวดล้อมจำนวนหนึ่งเป็นแผนผังอ้างอิงโดยใช้อย่างละเอียด
อ่านคำแทรก
คุณจะต้องเริ่ม RAxML ด้วยแผนผังอ้างอิงที่ไม่ครอบคลุมและ
การจัดตำแหน่งที่มีลำดับทั้งหมด (อ้างอิง + แบบสอบถาม)

"-f V": จำแนกลำดับสิ่งแวดล้อมจำนวนหนึ่งเป็นแผนผังอ้างอิงโดยใช้อย่างละเอียด
อ่านคำแทรก
คุณจะต้องเริ่ม RAxML ด้วยแผนผังอ้างอิงที่ไม่ครอบคลุมและ
การจัดตำแหน่งที่มีลำดับทั้งหมด (อ้างอิง + แบบสอบถาม) คำเตือน: นี่คือการทดสอบ
การใช้งานเพื่อการจัดการชุดข้อมูลหลายยีน/ทั้งจีโนมอย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น!

"-fw": คำนวณการทดสอบ ELW บนต้นไม้พวงที่ผ่าน "-z"
พารามิเตอร์โมเดลจะถูกประมาณในทรีแรกเท่านั้น!

"-f W": คำนวณการทดสอบ ELW บนต้นไม้พวงที่ผ่าน "-z"
พารามิเตอร์แบบจำลองจะถูกประมาณค่าใหม่สำหรับต้นไม้แต่ละต้น

"-fx": คำนวณระยะทาง ML แบบคู่ พารามิเตอร์โมเดล ML จะถูกประมาณใน MP
ต้นไม้เริ่มต้นหรือทรีที่ผู้ใช้กำหนดที่ส่งผ่าน "-t" อนุญาตสำหรับแบบ GAMMA เท่านั้น
แบบจำลองอัตรา heterogeneity

"-fy": จำแนกลำดับสิ่งแวดล้อมจำนวนหนึ่งเป็นแผนผังอ้างอิงโดยใช้ parsimony
คุณจะต้องเริ่ม RAxML ด้วยแผนผังอ้างอิงที่ไม่ครอบคลุมและ
การจัดตำแหน่งที่มีลำดับทั้งหมด (อ้างอิง + แบบสอบถาม)

ค่าเริ่มต้นสำหรับ "-f": การปีนเขาอย่างรวดเร็วใหม่

-F เปิดใช้งานการค้นหา ML tree ภายใต้โมเดล CAT สำหรับต้นไม้ขนาดใหญ่มากโดยไม่ต้องเปลี่ยนเป็น
GAMMA ในที่สุด (บันทึกหน่วยความจำ) สามารถใช้ตัวเลือกนี้กับ GAMMA . ได้
ตัวแบบต่างๆ เพื่อหลีกเลี่ยงการปรับให้เหมาะสมอย่างละเอียดของแผนผัง ML ที่ให้คะแนนดีที่สุดใน
ตอนจบ.

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-g ระบุชื่อไฟล์ของทรีข้อจำกัด multifurcating ต้นไม้นี้ไม่ต้องการ
เพื่อให้ครอบคลุม กล่าวคือ ต้องไม่มีแท็กซ่าทั้งหมด

-G เปิดใช้งาน heuristics อัลกอริทึมการจัดตำแหน่งวิวัฒนาการตาม ML โดยการระบุ
ค่าเกณฑ์ (เศษส่วนของสาขาการแทรกที่จะประเมินโดยใช้ช้า
การแทรกภายใต้ ML)

-h แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

-H ปิดใช้งานการบีบอัดรูปแบบ

ค่าเริ่มต้น: ON

-i การตั้งค่าการจัดเรียงใหม่เบื้องต้นสำหรับการประยุกต์ใช้การเปลี่ยนแปลงทางทอพอโลยีในภายหลัง
ระยะ

-I การวิเคราะห์การบูทสต็อปหลัง ใช้:

"-I autoFC" สำหรับเกณฑ์ตามความถี่ "-I autoMR" สำหรับกฎส่วนใหญ่
เกณฑ์ต้นไม้ฉันทามติ "-ฉัน autoMRE" สำหรับแผนภูมิฉันทามติส่วนใหญ่ที่ขยายออกไป
เกณฑ์ "-I autoMRE_IGN" สำหรับเมตริกที่คล้ายกับ MRE แต่รวม bipartitions
อยู่ภายใต้เกณฑ์ว่าเข้ากันได้หรือไม่

หรือไม่. สิ่งนี้เลียนแบบ MRE แต่คำนวณได้เร็วกว่า

คุณต้องส่งไฟล์ทรีที่มีการจำลองบูตหลายรายการผ่าน "-z"

-j ระบุว่าไฟล์ทรีระดับกลางจะถูกเขียนไปยังไฟล์ระหว่างมาตรฐาน
ค้นหาต้นไม้ ML และ BS

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-J คำนวณต้นไม้ฉันทามติของกฎส่วนใหญ่ด้วย "-J MR" หรือกฎเสียงข้างมากแบบขยาย
ต้นไม้ฉันทามติที่มี "-J MRE" หรือแผนภูมิฉันทามติที่เข้มงวดด้วย "-J STRICT" สำหรับ
เกณฑ์ฉันทามติที่กำหนดเอง >= 50% ระบุ T_ โดยที่ 100 >= NUM ​​>= 50
ตัวเลือก "-J STRICT_DROP" และ "-J MR_DROP" จะดำเนินการอัลกอริทึมที่ระบุ
ชุดหยดที่มีแท็กซ่าอันธพาลตามที่ Pattengale et al เสนอ ในกระดาษ
"เปิดเผยฉันทามติสายวิวัฒนาการที่ซ่อนอยู่". คุณจะต้องจัดหาต้นไม้ด้วย
ไฟล์ที่มีต้นไม้ UROOTED หลายต้นผ่าน "-z"

-k ระบุว่าควรพิมพ์ต้นไม้ที่บูตสแตรปด้วยความยาวของกิ่ง ดิ
บูตสแตรปจะทำงานนานขึ้นเล็กน้อย เนื่องจากพารามิเตอร์ของโมเดลจะได้รับการปรับให้เหมาะสมที่
สิ้นสุดการทำงานแต่ละครั้งภายใต้ GAMMA หรือ GAMMA+P-Invar ตามลำดับ

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-K ระบุหนึ่งในแบบจำลองการทดแทนหลายสถานะ (สูงสุด 32 สถานะ) ที่นำมาใช้ใน
RAxML. รุ่นที่มีจำหน่ายคือ: ORDERED, MK, GTR

ค่าเริ่มต้น: รุ่น GTR

-L คำนวณแผนผังฉันทามติที่ติดป้ายกำกับโดยรองรับ IC และค่า TC โดยรวมเป็น
เสนอใน Salichos และ Rokas 2013 คำนวณต้นไม้ฉันทามติตามกฎส่วนใหญ่ด้วย
"-L MR" หรือแผนผังฉันทามติของกฎส่วนใหญ่ที่ขยายออกไปด้วย "-L MRE" สำหรับกำหนดเอง
เกณฑ์ฉันทามติ >= 50% ระบุ "-L T_ " โดยที่ 100 >= NUM ​​>= 50 คุณจะ
แน่นอนว่ายังต้องจัดเตรียมไฟล์ทรีที่มีต้นไม้ที่ไม่ได้รูทหลายต้นด้วย
"-z"!

-m แบบจำลองไบนารี (สัณฐานวิทยา) นิวคลีโอไทด์ หลายสถานะ หรือกรดอะมิโน
การแทน:

ไบนารี่:

"-m BINCAT[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ BINGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m บินคาติ[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ BINGAMMAI ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_BINCAT[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ BINGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้ ASC
คำนำหน้า willl แก้ไขโอกาสในการตรวจสอบอคติ

"-m บิงกัมมา[X]"
: แบบจำลอง GAMMA ของอัตราความแตกต่างของอัตรา (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า)

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_BINGAMMA[X]" : โมเดล GAMMA ของอัตราที่ต่างกัน (พารามิเตอร์อัลฟาจะเป็น
โดยประมาณ).
คำนำหน้า ASC จะแก้ไขโอกาสในการตรวจสอบอคติ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-เอ็ม บิงแฮมไม[X]"
: เหมือนกับ BINGAMMA แต่มีการประมาณสัดส่วนของไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

นิวคลีโอไทด์:

"-m GTRAT[X]"
: GTR + การเพิ่มประสิทธิภาพอัตราการทดแทน + การเพิ่มประสิทธิภาพเฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินภายใต้ GTRGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาแบบทรี ด้วยตัวเลือก
ภาคผนวก "X" คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m GTRCATI[X]"
: GTR + การเพิ่มประสิทธิภาพอัตราการทดแทน + การเพิ่มประสิทธิภาพเฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินภายใต้ GTRGAMMAI ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ ด้วยตัวเลือก
ภาคผนวก "X" คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + การเพิ่มประสิทธิภาพอัตราการทดแทน + การเพิ่มประสิทธิภาพเฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินภายใต้ GTRGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาแบบทรี ด้วยตัวเลือก
ภาคผนวก "X" คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้ คำนำหน้า ASC
willl แก้ไขโอกาสในการตรวจสอบอคติ

"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + รูปแบบอัตรา GAMMA

ความแตกต่าง (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า)
ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + โมเดลอัตรา GAMMA
ความแตกต่าง (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า) คำนำหน้า ASC จะถูกต้อง
โอกาสที่จะเกิดความลำเอียงในการสืบเสาะ ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถ
ระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐาน

"-m GTRGAMMAI[X]"
: เหมือนกับ GTRGAMMA แต่มีการประมาณสัดส่วนของไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

หลายรัฐ:

"-m MULTICAT[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ MULTIGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m มัลติคาติ[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ MULTIGAMMAI ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_MULTICAT[X]"
: การเพิ่มประสิทธิภาพของเว็บไซต์เฉพาะ

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้สุดท้ายอาจได้รับการประเมิน
โดยอัตโนมัติภายใต้ MULTIGAMMA ขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต้นไม้ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้ ASC
คำนำหน้า willl แก้ไขโอกาสในการตรวจสอบอคติ

"-m มัลติแกมมา[X]"
: แบบจำลอง GAMMA ของอัตราความแตกต่างของอัตรา (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า)

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : โมเดล GAMMA ของอัตราที่ต่างกัน (พารามิเตอร์อัลฟาจะเป็น
โดยประมาณ).
คำนำหน้า ASC จะแก้ไขโอกาสในการตรวจสอบอคติ กับ
ภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-เอ็ม มัลติแกมไม[X]"
: เหมือนกับ MULTIGAMMA แต่มีการประมาณสัดส่วนของไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

คุณสามารถใช้สถานะอักขระที่แตกต่างกันได้ถึง 32 สถานะเพื่อเข้ารหัสพื้นที่หลายสถานะ พวกเขา
ต้องใช้ตามลำดับต่อไปนี้: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V เช่นถ้าคุณมี 6 ที่แตกต่างกัน
อักขระระบุว่าคุณจะใช้ 0, 1, 2, 3, 4, 5 เพื่อเข้ารหัสสิ่งเหล่านี้ การทดแทน
สามารถเลือกแบบจำลองสำหรับภูมิภาคหลายรัฐได้โดยใช้ตัวเลือก "-K"

กรดอะมิโน:

"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: เมทริกซ์ AA ที่ระบุ + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + การปรับให้เหมาะสมของ
เฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินโดยอัตโนมัติภายใต้ PROTGAMMAmatrixName[F|X] ขึ้นอยู่กับ tree
ตัวเลือกการค้นหา ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของ
ความถี่พื้นฐาน

"-m PROTCATImatrixName[F|X]"
: เมทริกซ์ AA ที่ระบุ + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + การปรับให้เหมาะสมของ
เฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินโดยอัตโนมัติภายใต้ PROTGAMMAImatrixName[F|X] ขึ้นอยู่กับ tree
ตัวเลือกการค้นหา ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของ
ความถี่พื้นฐาน

"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: เมทริกซ์ AA ที่ระบุ + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + การปรับให้เหมาะสมของ
เฉพาะไซต์

อัตราวิวัฒนาการซึ่งถูกจัดประเภทเป็น numberOfCategories แตกต่าง
หมวดหมู่อัตราเพื่อประสิทธิภาพในการคำนวณที่ดียิ่งขึ้น ต้นไม้ต้นสุดท้ายอาจจะเป็น
ประเมินโดยอัตโนมัติภายใต้ PROTGAMMAmatrixName[F|X] ขึ้นอยู่กับ tree
ตัวเลือกการค้นหา ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของ
ความถี่พื้นฐาน คำนำหน้า ASC จะแก้ไขโอกาสในการตรวจสอบ
อคติ

"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: เมทริกซ์ AA ที่ระบุ + การเพิ่มประสิทธิภาพของอัตราการทดแทน + โมเดลอัตรา GAMMA

ความแตกต่าง (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า)
ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : เมทริกซ์ AA ที่ระบุ + การเพิ่มประสิทธิภาพของการแทนที่
อัตรา + รูปแบบของอัตรา GAMMA
ความแตกต่าง (พารามิเตอร์อัลฟาจะถูกประมาณค่า) คำนำหน้า ASC จะถูกต้อง
โอกาสที่จะเกิดความลำเอียงในการสืบเสาะ ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถ
ระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐาน

"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: เหมือนกับ PROTGAMMAmatrixName[F|X] แต่มีการประมาณสัดส่วนของค่าคงที่
เว็บไซต์

ด้วยภาคผนวก "X" ที่เป็นตัวเลือก คุณสามารถระบุค่าประมาณ ML ของความถี่พื้นฐานได้

รุ่นทดแทน AA ที่มีจำหน่าย: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, ไข้หวัดใหญ่, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR พร้อมตัวเลือก "F"
ภาคผนวก คุณสามารถระบุว่าคุณต้องการใช้ความถี่ฐานเชิงประจักษ์หรือไม่ AUTOF และ
ไม่รองรับ AUTOX อีกต่อไป หากคุณระบุ AUTO จะเป็นการทดสอบ prot subst
รุ่นที่มีและไม่มีความถี่ฐานเชิงประจักษ์ในขณะนี้! โปรดทราบว่าสำหรับ
โมเดลที่แบ่งพาร์ติชัน คุณยังสามารถระบุโมเดล AA ต่อยีนใน
ไฟล์พาร์ติชั่น (ดูรายละเอียดในคู่มือ) โปรดทราบด้วยว่าหากคุณประมาณ AA GTR
พารามิเตอร์บนชุดข้อมูลที่แบ่งพาร์ติชัน จะถูกเชื่อมโยง (โดยประมาณร่วมกัน) ข้าม
พาร์ติชั่นทั้งหมดเพื่อหลีกเลี่ยงการเกินพารามิเตอร์

-M เปิดการประมาณความยาวของสาขาต่อพาร์ติชั่น มีผลเท่านั้น
เมื่อใช้ร่วมกับ "-q" ความยาวสาขาสำหรับแต่ละพาร์ติชั่นจะเป็น
พิมพ์เป็นไฟล์แยก ค่าเฉลี่ยถ่วงน้ำหนักของความยาวสาขาคำนวณโดย
โดยใช้ความยาวของพาร์ติชั่นตามลำดับ

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-n ระบุชื่อของไฟล์เอาต์พุต

-o ระบุชื่อ outgrpoup เดียวหรือรายการ outgroups ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค เช่น
"-o Rat" หรือ "-o Rat,Mouse" ในกรณีที่กลุ่มนอกหลายกลุ่มไม่ใช่ monophyletic
ชื่อในรายชื่อจะถูกเลือกเป็นกลุ่มนอก ไม่เว้นวรรคระหว่าง
ชื่อแท็กซอน!

-O ปิดใช้งานการตรวจสอบลำดับที่ไม่แน่นอนอย่างสมบูรณ์ในการจัดตำแหน่ง โปรแกรมจะ
ไม่ออกพร้อมข้อความแสดงข้อผิดพลาดเมื่อระบุ "-O"

ค่าเริ่มต้น: เปิดใช้งานกาเครื่องหมาย

-p ระบุเมล็ดพันธุ์สุ่มตัวเลขสำหรับการอนุมานพาร์ซิโมนี สิ่งนี้ทำให้คุณสามารถ
ทำซ้ำผลลัพธ์ของคุณและจะช่วยฉันดีบักโปรแกรม

-P ระบุชื่อไฟล์ของโมเดลการแทนที่ AA (โปรตีน) ที่ผู้ใช้กำหนด ไฟล์นี้
ต้องมี 420 รายการ โดย 400 รายการแรกเป็นอัตราการทดแทน AA (สิ่งนี้ต้อง
เป็นเมทริกซ์สมมาตร) และ 20 สุดท้ายคือความถี่ฐานเชิงประจักษ์

-q ระบุชื่อไฟล์ที่มีการกำหนดแบบจำลองเพื่อการจัดตำแหน่ง
พาร์ติชั่นสำหรับการทดแทนหลายรูปแบบ สำหรับ syntax ของไฟล์นี้ ได้โปรด
ศึกษาคู่มือ

-r ระบุชื่อไฟล์ของแผนผังข้อจำกัดแบบไบนารี ต้นไม้ต้นนี้ไม่จำเป็นต้องเป็น
ครอบคลุม กล่าวคือ ต้องไม่มีแท็กซ่าทั้งหมด

-R ระบุชื่อไฟล์ของไฟล์พารามิเตอร์โมเดลไบนารีที่เคยเป็น
สร้างด้วย RAxML โดยใช้ -f e ตัวเลือกการประเมินต้นไม้ ชื่อไฟล์ควร
เป็น: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s ระบุชื่อไฟล์ข้อมูลการจัดตำแหน่งในรูปแบบ PHYLIP

-S ระบุชื่อไฟล์โครงสร้างรอง ไฟล์สามารถมี "." สำหรับ
คอลัมน์การจัดตำแหน่งที่ไม่เป็นส่วนหนึ่งของต้นกำเนิดและอักขระ "()<>[]{}" to
กำหนดบริเวณลำต้นและเทียม

-t ระบุผู้ใช้เริ่มต้นชื่อไฟล์ทรีในรูปแบบ Newick

-T รุ่น PTHREADS เท่านั้น! ระบุจำนวนเธรดที่คุณต้องการเรียกใช้ ให้แน่ใจว่าได้
ตั้งค่า "-T" เป็นจำนวนสูงสุดของ CPU ที่คุณมีในเครื่องของคุณ มิฉะนั้น ให้ตั้งค่านั้น
ประสิทธิภาพจะลดลงอย่างมาก!

-u ใช้ค่ามัธยฐานสำหรับการประมาณแบบไม่ต่อเนื่องของแบบจำลองอัตรา GAMMA
ความแตกต่าง

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-U พยายามบันทึกหน่วยความจำโดยใช้การใช้งานแบบ SEV สำหรับคอลัมน์ช่องว่างบน gappy . ขนาดใหญ่
การจัดตำแหน่ง เทคนิคอธิบายไว้ที่นี่:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 สิ่งนี้ใช้ได้เฉพาะกับ DNA และ/หรือ
ข้อมูล PROTEIN และเฉพาะกับโค้ดเวอร์ชัน SSE3 หรือ AVX-vextorized

-v แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น

-V ปิดใช้งานอัตราความแตกต่างระหว่างแบบจำลองไซต์ และใช้แบบไม่ซ้ำกันของอัตรา
แทนที่. ใช้ได้เฉพาะเมื่อคุณระบุแบบจำลอง CAT ของอัตราที่ต่างกัน

ค่าเริ่มต้น: ใช้อัตราความแตกต่าง

-w เส้นทางแบบเต็ม (!) ไปยังไดเร็กทอรีที่ RAxML จะเขียนไฟล์เอาต์พุต

ค่าเริ่มต้น: ไดเรกทอรีปัจจุบัน

-W ขนาดหน้าต่างบานเลื่อนสำหรับอัลกอริธึมอคติตำแหน่งเฉพาะไซต์ที่ปล่อยครั้งเดียวเท่านั้น
มีผลเมื่อใช้ร่วมกับ "-f S"

ค่าเริ่มต้น: 100 ไซต์

-x ระบุหมายเลขจำนวนเต็ม (สุ่มเมล็ด) และเปิดการบูตอย่างรวดเร็ว ข้อควรระวัง:
ไม่เหมือนกับในเวอร์ชัน 7.0.4 RAxML จะทำการจำลอง BS อย่างรวดเร็วภายใต้โมเดลของ
อัตรา heterogeneity ที่คุณระบุผ่าน "-m" และไม่ใช่โดยค่าเริ่มต้นภายใต้ CAT

-X เช่นเดียวกับตัวเลือก "-y" ด้านล่าง แต่การค้นหา parsimony นั้นผิวเผินกว่า
RAxML จะทำ parsimony tree ลำดับการบวกแบบสุ่มเท่านั้น
การสร้างใหม่โดยไม่ดำเนินการ SPR เพิ่มเติมใดๆ นี้อาจเป็นประโยชน์สำหรับ
ชุดข้อมูลทั้งจีโนมที่กว้างมาก เนื่องจากสิ่งนี้สามารถสร้างทอพอโลยีได้มากขึ้น
ต้นไม้เริ่มต้นที่แตกต่างกัน

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-y หากคุณต้องการคำนวณเฉพาะทรีเริ่มต้น parsimony ด้วย RAxML ให้ระบุ "-y", the
โปรแกรมจะออกหลังจากคำนวณต้นไม้เริ่มต้น

ค่าเริ่มต้น: ปิด

-Y ส่งชื่อไฟล์การจัดกลุ่มสี่กลุ่มที่กำหนดสี่กลุ่มที่จะวาดสี่กลุ่ม
รูปแบบการป้อนไฟล์ต้องมี 4 กลุ่มในรูปแบบต่อไปนี้: (ไก่, มนุษย์,
Loach), (วัว, ปลาคาร์พ), (หนู, หนู, แมวน้ำ), (ปลาวาฬ, กบ); ใช้ร่วมกันได้เท่านั้น
กับ -f คิว !

-z ระบุชื่อไฟล์ของไฟล์ที่มีต้นไม้หลายต้น เช่น จาก bootstrap
ที่จะใช้ในการวาดค่าสองพาร์ติชั่นบนต้นไม้ที่มี "-t", It
สามารถใช้เพื่อคำนวณความเป็นไปได้ของบันทึกต่อไซต์ร่วมกับ "-fg" และ
เพื่ออ่านต้นไม้หลายต้นเพื่อดูตัวเลือกอื่นๆ ("-fh", "-fm", "-fn")

-#|-N ระบุจำนวนการวิ่งทางเลือกบนต้นไม้เริ่มต้นที่แตกต่างกัน รวมกัน
ด้วยตัวเลือก "-b" สิ่งนี้จะเรียกใช้การวิเคราะห์บูสเตอร์หลายรายการ โปรดทราบว่า "-N"
ถูกเพิ่มเป็นทางเลือกตั้งแต่ "-#" บางครั้งทำให้เกิดปัญหากับบางอย่าง
ระบบส่งงานของ MPI เนื่องจากมักใช้ "-#" เพื่อเริ่มแสดงความคิดเห็น ถ้าคุณ
ต้องการใช้เกณฑ์การบูตให้ระบุ "-# autoMR" หรือ "-# autoMRE" หรือ "-#
autoMRE_IGN" สำหรับเกณฑ์ตามต้นไม้กฎส่วนใหญ่ (ดู -I ตัวเลือก) หรือ "-#
autoFC" สำหรับเกณฑ์ตามความถี่ Bootsstopping จะทำงานใน .เท่านั้น
ร่วมกับ "-x" หรือ "-b"

ค่าเริ่มต้น: 1 การวิเคราะห์เดี่ยว

--เมสไควท์ พิมพ์ไฟล์เอาต์พุตที่สามารถแยกวิเคราะห์โดย Mesquite

ค่าเริ่มต้น: ปิด

--เงียบ ปิดใช้งานการพิมพ์คำเตือนที่เกี่ยวข้องกับลำดับที่เหมือนกันและทั้งหมด
ตำแหน่งที่ไม่แน่นอนในการจัดตำแหน่ง

ค่าเริ่มต้น: ปิด

--no-seq-ตรวจสอบ ปิดใช้งานการตรวจสอบอินพุต MSA สำหรับลำดับที่เหมือนกันและทั้งหมด
ไซต์ที่ไม่แน่นอน
การเปิดใช้งานตัวเลือกนี้อาจช่วยประหยัดเวลา โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับสายวิวัฒนาการวิวัฒนาการ
การจัดตำแหน่ง ก่อนใช้สิ่งนี้ โปรดตรวจสอบการจัดตำแหน่งโดยใช้ "-fc"
ตัวเลือก!

ค่าเริ่มต้น: ปิด

--no-bfgs ปิดใช้งานการใช้วิธี BFGS โดยอัตโนมัติเพื่อปรับอัตรา GTR ให้เหมาะสมเมื่อไม่ได้แบ่งพาร์ติชั่น
ชุดข้อมูลดีเอ็นเอ

ค่าเริ่มต้น: BFGS บน

--asc-corr อนุญาตให้ระบุประเภทของการแก้ไขอคติการตรวจสอบที่คุณต้องการใช้
มี 3 เป็น

ประเภทที่มีจำหน่าย: --asc-corr=ลูอิส: การแก้ไขมาตรฐานโดย Paul Lewis
--asc-corr=เฟลเซนสไตน์: การแก้ไขที่แนะนำโดย Joe Felsenstein ที่ช่วยให้
ระบุอย่างชัดเจน

จำนวนไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลง (ถ้าทราบ) ที่ต้องการแก้ไข

--asc-corr=สตามาตากิส: การแก้ไขที่แนะนำโดยตัวเองที่ช่วยให้ชัดเจน
ระบุ
จำนวนไซต์ที่ไม่เปลี่ยนแปลงสำหรับอักขระแต่ละตัว (ถ้าทราบ) ที่ต้องการแก้ไข
สำหรับ

--flag-ตรวจสอบ เมื่อใช้ตัวเลือกนี้ RAxML จะตรวจสอบว่ามีการตั้งค่าสถานะบรรทัดคำสั่งทั้งหมดหรือไม่
ที่ระบุพร้อมใช้งานแล้วออก

ด้วยข้อความที่แสดงรายการแฟล็กบรรทัดคำสั่งที่ไม่ถูกต้องทั้งหมดหรือมีข้อความระบุ
ว่าแฟล็กทั้งหมดถูกต้อง

--auto-prot=ml|bic|aic|aicc เมื่อใช้การเลือกแบบจำลองโปรตีนอัตโนมัติ คุณสามารถเลือก
เกณฑ์ในการเลือกรุ่นเหล่านี้

RAxML จะทดสอบ prot subst ที่มีอยู่ทั้งหมด รุ่นยกเว้น LG4M, LG4X และ
โมเดลที่ใช้ GTR แบบมีและไม่มีความถี่ฐานเชิงประจักษ์ เลือกได้
ระหว่างการเลือกตามคะแนน ML และเกณฑ์ BIC, AIC และ AICc

ค่าเริ่มต้น: ml

--epa-keep-ตำแหน่ง=จำนวน ระบุจำนวนตำแหน่งที่เป็นไปได้ที่คุณต้องการเก็บไว้
สำหรับการอ่านแต่ละครั้งในอัลกอริธึม EPA

โปรดทราบว่าค่าจริงที่พิมพ์จะขึ้นอยู่กับการตั้งค่าสำหรับ
--epa-prob-เกณฑ์=ธรณีประตู !

ค่าเริ่มต้น: 7

--epa-prob-เกณฑ์=ธรณีประตู ระบุเกณฑ์ร้อยละสำหรับการรวมศักยภาพ
ตำแหน่งของการอ่านขึ้นอยู่กับ

น้ำหนักตำแหน่งสูงสุดสำหรับการอ่านนี้ หากคุณตั้งค่านี้เป็น 0.01 ตำแหน่ง
ที่มีน้ำหนักตำแหน่งร้อยละ 1 ของตำแหน่งสูงสุดจะยังคงเป็น
พิมพ์ไปยังไฟล์หากการตั้งค่าของ --epa-keep-ตำแหน่ง อนุญาตให้มัน

ค่าเริ่มต้น: 0.01

--epa-สะสม-เกณฑ์=ธรณีประตู ระบุเกณฑ์น้ำหนักความเป็นไปได้สะสม
ที่จะพิมพ์ตำแหน่งการอ่านที่แตกต่างกัน

ไฟล์. ตำแหน่งสำหรับการอ่านจะถูกพิมพ์จนกว่าจะมีผลรวมของตำแหน่ง
น้ำหนักถึงค่าเกณฑ์แล้ว โปรดทราบว่าตัวเลือกนี้ไม่สามารถ
ใช้ร่วมกับ --epa-prob-เกณฑ์ หรือกับ --epa-keep-ตำแหน่ง!

--JC69 ระบุว่าพาร์ติชั่น DNA ทั้งหมดจะมีวิวัฒนาการภายใต้โมเดล Jukes-Cantor นี่
แทนที่ข้อกำหนดรุ่นอื่นๆ ทั้งหมดสำหรับพาร์ติชัน DNA

ค่าเริ่มต้น: ปิด

--K80 ระบุว่าพาร์ติชั่น DNA ทั้งหมดจะมีวิวัฒนาการภายใต้โมเดล K80 ซึ่งจะแทนที่ทั้งหมด
ข้อกำหนดแบบจำลองอื่น ๆ สำหรับพาร์ติชัน DNA

ค่าเริ่มต้น: ปิด

--HKY85 ระบุว่าพาร์ติชั่น DNA ทั้งหมดจะมีวิวัฒนาการภายใต้โมเดล HKY85 สิ่งนี้จะแทนที่
ข้อกำหนดแบบจำลองอื่น ๆ ทั้งหมดสำหรับพาร์ติชัน DNA

ค่าเริ่มต้น: ปิด

นี่คือ RAxML เวอร์ชัน 8.2.4 ที่เผยแพร่โดย Alexandros Stamatakis เมื่อวันที่ 02 ตุลาคม 2015

ด้วยการสนับสนุนโค้ดที่ชื่นชมอย่างมากโดย: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT และ HITS)
Nick Pattengale (แซนเดีย) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

ใช้ raxmlHPC-PTHREADS ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net