นี่คือคำสั่งย่อยอ่าน-buildindex ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
subread-buildindex - สร้างดัชนีพื้นที่ฐานหรือพื้นที่สีโดยใช้การอ้างอิง
ลำดับ
การใช้
อ่านย่อย-buildindex [ตัวเลือก] -o {ไฟล์ FASTA1} [ไฟล์ FASTA2] ...
อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:
-o
ชื่อฐานของดัชนีที่จะสร้าง
อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:
-F สร้างดัชนีแบบเต็มสำหรับจีโนมอ้างอิง การอ่านย่อย 16bp จะถูกดึงออกมาจาก
ทุกตำแหน่งของจีโนมอ้างอิง ขนาดของดัชนีโดยทั่วไปคือ 3 เท่าของ
ขนาดของดัชนีที่สร้างขึ้นจากการใช้การตั้งค่าเริ่มต้น
-B สร้างหนึ่งบล็อกของดัชนี ดัชนีที่สร้างขึ้นจะไม่ถูกแบ่งออกเป็นหลายส่วน
ทำให้มีการร้องขอหน่วยความจำจำนวนมากที่สุดเมื่อเรียกใช้การจัดตำแหน่ง แต่
ช่วยให้สามารถทำแผนที่ความเร็วสูงสุดได้ ตัวเลือกนี้จะแทนที่ -M เมื่อ
มันมีให้เช่นกัน
-M
ขนาดของหน่วยความจำที่ร้องขอ (RAM) เป็นเมกะไบต์ โดยค่าเริ่มต้น 8000
-f
ระบุเกณฑ์สำหรับการลบการอ่านย่อยที่ไม่ให้ข้อมูล (16mers . ที่ซ้ำกันมาก
ในการอ้างอิง) 100 ตามค่าเริ่มต้น
-c สร้างดัชนีพื้นที่สี
-v เวอร์ชันเอาต์พุตของโปรแกรม
สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับข้อโต้แย้งเหล่านี้ โปรดดูที่คู่มือผู้ใช้
อ่านย่อย- 1.5.0-p1+dfsg-2
ใช้ subread-buildindex ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
