GoGPT Best VPN GoSearch

ไอคอน Fav ของ OnWorks

TransDecoder.Predict - ออนไลน์ใน Cloud

เรียกใช้ TransDecoder.Predict ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง TransDecoder.Predict ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


Transdecoder - การทำนายโปรตีน Transcriptome

การใช้


จำเป็นต้องใช้:

-NS ใบรับรองผลการเรียน.fasta

ตัวเลือกทั่วไป:

--retain_long_orfs เก็บ ORF ทั้งหมดที่พบว่ามีค่าเท่ากันหรือนานกว่านิวคลีโอไทด์จำนวนมากแม้ว่าจะไม่มีหลักฐานอื่นก็ตาม
ทำเครื่องหมายว่าเป็นการเข้ารหัส (ค่าเริ่มต้น: 900 bp => 300aa)

--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm เพื่อค้นหา
ใช้ hmmscan (ซึ่งควรเข้าถึงได้ผ่านการตั้งค่า PATH ของคุณ)

--retain_blastp_hits

ตัวเลือกขั้นสูง

--รถไฟ ไฟล์ FASTA พร้อม ORF เพื่อฝึก Markov Mod สำหรับการระบุโปรตีน มิฉะนั้น
ORF ที่ไม่ซ้ำซ้อนที่ยาวที่สุดที่ใช้

-NS หากไม่มี --train ให้ใช้ ORF ที่ยาวที่สุดในการฝึก Markov Model (สถิติ hexamer) (ค่าเริ่มต้น: 500)

2015-12-28 ทรานสโค้ดเดอร์ ทำนาย(1)

ใช้ TransDecoder.Predict ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


เซิร์ฟเวอร์และเวิร์กสเตชันฟรี

ดาวน์โหลดแอพ Windows & Linux

คำสั่ง Linux

Ad




×
โฆษณา
❤️ช้อป จอง หรือซื้อที่นี่โดยไม่เสียค่าใช้จ่าย ช่วยให้บริการต่างๆ ฟรี