นี่คือคำสั่ง TransDecoder.Predict ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
Transdecoder - การทำนายโปรตีน Transcriptome
การใช้
จำเป็นต้องใช้:
-NS ใบรับรองผลการเรียน.fasta
ตัวเลือกทั่วไป:
--retain_long_orfs เก็บ ORF ทั้งหมดที่พบว่ามีค่าเท่ากันหรือนานกว่านิวคลีโอไทด์จำนวนมากแม้ว่าจะไม่มีหลักฐานอื่นก็ตาม
ทำเครื่องหมายว่าเป็นการเข้ารหัส (ค่าเริ่มต้น: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm เพื่อค้นหา
ใช้ hmmscan (ซึ่งควรเข้าถึงได้ผ่านการตั้งค่า PATH ของคุณ)
--retain_blastp_hits
ตัวเลือกขั้นสูง
--รถไฟ ไฟล์ FASTA พร้อม ORF เพื่อฝึก Markov Mod สำหรับการระบุโปรตีน มิฉะนั้น
ORF ที่ไม่ซ้ำซ้อนที่ยาวที่สุดที่ใช้
-NS หากไม่มี --train ให้ใช้ ORF ที่ยาวที่สุดในการฝึก Markov Model (สถิติ hexamer) (ค่าเริ่มต้น: 500)
2015-12-28 ทรานสโค้ดเดอร์ ทำนาย(1)
ใช้ TransDecoder.Predict ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
