นี่คือคำสั่ง vcf_filter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
vcf_filter - กรองไฟล์ VCF
เรื่องย่อ
vcf_filter [-h] [--ไม่ลัดวงจร] [--ไม่กรอง] [--เอาต์พุต OUTPUT] [--local-script
LOCAL_SCRIPT] ตัวกรองอินพุต [filter_args] [ตัวกรอง [filter_args]] ...
DESCRIPTION
สคริปต์นี้เป็นส่วนหนึ่งของ PyVCF
OPTIONS
ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง:
อินพุตไฟล์ที่จะประมวลผล (ใช้ - สำหรับ STDIN) (ค่าเริ่มต้น: ไม่มี)
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก (ค่าเริ่มต้น: เท็จ)
--ไม่มีไฟฟ้าลัดวงจร
อย่าหยุดการประมวลผลตัวกรองบนไซต์หากมีการทริกเกอร์ตัวกรองใดๆ (ค่าเริ่มต้น: เท็จ)
--เอาท์พุท เอาท์พุท
ชื่อไฟล์ที่จะส่งออก [STDOUT] (ค่าเริ่มต้น: <_io.TextIOWrapper name=' 'โหมด='w'
การเข้ารหัส='ANSI_X3.4-1968'>)
--ไม่มีการกรอง
ส่งออกเฉพาะไซต์ที่ผ่านตัวกรอง (ค่าเริ่มต้น: เท็จ)
--local-สคริปต์ LOCAL_SCRIPT
ไฟล์ Python ในไดเร็กทอรีการทำงานปัจจุบันที่มีคลาสตัวกรอง (ค่าเริ่มต้น: ไม่มี)
มก.:
กรองไซต์ที่มีตัวแปรคุณภาพต่ำเท่านั้น เป็นไปได้ที่จะมีไซต์ที่สูง
คุณภาพด้วยการโทรคุณภาพต่ำจำนวนมาก ตัวกรองนี้ต้องการการโทรอย่างน้อยหนึ่งครั้งที่สูงกว่า
คุณภาพเกณฑ์
--genotype-คุณภาพ GENOTYPE_QUALITY
กรองไซต์ที่ไม่มีจีโนไทป์เหนือคุณภาพนี้ (ค่าเริ่มต้น: 50)
snp เท่านั้น:
เลือกเฉพาะตัวแปร SNP
ดีพีเอส:
เกณฑ์ความลึกในการอ่านต่อตัวอย่าง
--ความลึกต่อตัวอย่าง DEPTH_PER_SAMPLE
ความครอบคลุมขั้นต่ำที่ต้องการในแต่ละตัวอย่าง (ค่าเริ่มต้น: 5)
เฉลี่ย-dps:
เกณฑ์ความลึกในการอ่านเฉลี่ยต่อตัวอย่าง (read_depth / sample_count)
--avg-deep-per-sample AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
ความครอบคลุมเฉลี่ยขั้นต่ำที่ต้องการต่อตัวอย่าง (ค่าเริ่มต้น: 3)
อีบ:
กรองไซต์ที่ดูเหมือนข้อผิดพลาดในการจัดลำดับที่สัมพันธ์กัน ลำดับบางส่วน
เทคโนโลยี โดยเฉพาะอย่างยิ่ง pyrosequencing ทำให้เกิด mutation hotspots ที่มี a
ระดับเสียงคงที่ ทำให้เกิดการอ้างอิงและการเรียกเฮเทอโรไซโกตบางส่วน นี้
ตัวกรองคำนวณ Bayes Factor สำหรับแต่ละไซต์โดยการเปรียบเทียบความเป็นไปได้ทวินาม
ของความลึกอัลลีลที่สังเกตได้ภายใต้: * โมเดลที่มีค่าคลาดเคลื่อนคงที่เท่ากับ
สพฐ. * แบบจำลองที่แต่ละตัวอย่างเป็นรายงานโดยผู้โทร การทดสอบ
ค่าคือล็อกของปัจจัยเบย์ ค่าที่สูงกว่ามักจะเป็นข้อผิดพลาด
หมายเหตุ: ตัวกรองนี้ต้องใช้ rpy2
--eblr อีบีแอลอาร์
กรองไซต์ที่อยู่เหนืออัตราส่วนของบันทึกข้อผิดพลาดนี้ (ค่าเริ่มต้น: -10)
ตาราง:
กรองไซต์ที่มีคุณภาพต่ำ
--ไซต์คุณภาพ SITE_QUALITY
กรองไซต์ที่ต่ำกว่าคุณภาพนี้ (ค่าเริ่มต้น: 30)
ใช้ vcf_filter ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
