นี่คือคำสั่ง velvetg_de ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
velvetg_de - การสร้างกราฟ de Bruijn การลบข้อผิดพลาดและการแก้ปัญหาซ้ำ (colorspace
รุ่น)
DESCRIPTION
การใช้งาน: ./velvetg ไดเร็กทอรี [ตัวเลือก]
ไดเรกทอรี
: ชื่อไดเร็กทอรีการทำงาน
Standard ตัวเลือก:
-cov_cutoff
: ลบโหนดครอบคลุมต่ำหลังรถทัวร์หรืออนุญาตให้ระบบอนุมาน
(ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการลบ)
-ins_length
: ระยะห่างที่คาดไว้ระหว่างการอ่านปลายคู่ที่จับคู่แล้ว (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการจับคู่การอ่าน)
-read_trkg
: การติดตามตำแหน่งการอ่านแบบสั้นในชุดประกอบ (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการติดตาม)
-min_contig_lgth
: ความยาวขั้นต่ำของ contig ที่ส่งออกไปยังไฟล์ contigs.fa (ค่าเริ่มต้น: ความยาวของแฮช * 2)
-amos_file
: ส่งออกแอสเซมบลีไปยังไฟล์ AMOS (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการส่งออก)
-exp_cov
: ความครอบคลุมที่คาดหวังของภูมิภาคที่ไม่ซ้ำกันหรืออนุญาตให้ระบบอนุมานได้
(ค่าเริ่มต้น: ไม่มีความละเอียดในการอ่านแบบยาวหรือปลายคู่)
-long_cov_cutoff : การลบโหนดที่มีความครอบคลุมการอ่านนานต่ำหลังจากทัวร์
รถบัส
(ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการลบ)
ค้นหาระดับสูง ตัวเลือก:
-ins_length*
: ระยะห่างที่คาดหวังระหว่างการอ่านแบบคู่ปลายทั้งสองแบบในการอ่านแบบสั้นตามลำดับ
ชุดข้อมูล (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการจับคู่การอ่าน)
-ins_length_long
: ระยะห่างที่คาดไว้ระหว่างการอ่านปลายคู่แบบยาวสองครั้ง (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการจับคู่การอ่าน)
-ins_length*_sd
: ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานของชุดข้อมูลที่เกี่ยวข้อง (ค่าเริ่มต้น: 10% ของค่าที่สอดคล้องกัน
ความยาว)
[แทนที่ '*' โดยไม่มีอะไร '2' หรือ '_long' ตามความจำเป็น]
-นั่งร้าน
: scaffolding of contigs ใช้ข้อมูลปลายทางที่จับคู่แล้ว (ค่าเริ่มต้น: เปิด)
-max_branch_length
: ความยาวสูงสุดในคู่ฐานของฟองอากาศ (ค่าเริ่มต้น: 100)
-max_divergence : อัตราความแตกต่างสูงสุดระหว่างสองสาขาในฟองสบู่
(ค่าเริ่มต้น: 0.2)
-max_gap_count
: จำนวนช่องว่างสูงสุดที่อนุญาตในการจัดตำแหน่งของฟองสบู่สองกิ่ง
(ค่าเริ่มต้น: 3)
-min_pair_count
: จำนวนขั้นต่ำของการเชื่อมต่อปลายคู่เพื่อปรับนั่งร้านของสองยาว
contigs (ค่าเริ่มต้น: 5)
-max_coverage
: การลบโหนดที่ครอบคลุมสูงหลังรถทัวร์ (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการลบ)
-coverage_mask
: ความครอบคลุมขั้นต่ำที่จำเป็นสำหรับบริเวณที่มีความมั่นใจของ contig (ค่าเริ่มต้น: 1)
-long_mult_cutoff
: จำนวนการอ่านแบบยาวขั้นต่ำที่จำเป็นในการผสาน contig (ค่าเริ่มต้น: 2)
-unused_reads
: ส่งออกการอ่านที่ไม่ได้ใช้ในไฟล์ UnusedReads.fa (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-การจัดตำแหน่ง
: ส่งออกข้อมูลสรุปของการจัดตำแหน่ง contig ไปยังลำดับอ้างอิง (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-ส่งออกกรอง
: ส่งออกโหนดยาวซึ่งถูกกำจัดโดยตัวกรองความครอบคลุม (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-Clean
: ลบไฟล์ตัวกลางทั้งหมดที่ไม่มีประโยชน์สำหรับการคำนวณใหม่ (ค่าเริ่มต้น:
ไม่)
-สะอาดมาก
: ลบไฟล์ตัวกลางทั้งหมด (ไม่สามารถคำนวณใหม่ได้) (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-paired_exp_fraction
: ลบการเชื่อมต่อปลายที่จับคู่ทั้งหมดซึ่งน้อยกว่าเศษส่วนที่ระบุของ
จำนวนที่คาดไว้ (ค่าเริ่มต้น: 0.1)
-shortMatePaired*
: สำหรับไลบรารี่คู่คู่ ระบุว่าห้องสมุดอาจมีการปนเปื้อนด้วย
การอ่านปลายคู่ (ค่าเริ่มต้น no)
-อนุรักษ์ยาว
: รักษาลำดับด้วยการอ่านแบบยาวในนั้น (ค่าเริ่มต้นไม่ใช่)
Output:
ไดเรกทอรี/contigs.fa
: ไฟล์ fasta ของ contigs ที่ยาวกว่าสองเท่าของความยาวแฮช
ไดเรกทอรี/stats.txt
: stats file (tab-spaced) มีประโยชน์สำหรับการพิจารณา cutoff ความครอบคลุมที่เหมาะสม
ไดเรกทอรี/LastGraph
: ไฟล์รูปแบบพิเศษพร้อมข้อมูลทั้งหมดในกราฟสุดท้าย
ไดเร็กทอรี/velvet_asm.afg
: (ถ้ามีการร้องขอ) ไฟล์แอสเซมบลีที่เข้ากันได้กับ AMOS
ใช้ velvetg_de ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
