นี่คือแอป Linux ชื่อ simulate_pcr ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น simulate_PCR-v1.2.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ที่ชื่อ simulate_pcr พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
จำลอง_pcr
Ad
DESCRIPTION
การประเมินความจำเพาะของไพรเมอร์และการคาดการณ์ทั้งผลิตภัณฑ์การขยายเสียงที่ต้องการและนอกเป้าหมายเป็นขั้นตอนที่สำคัญสำหรับการออกแบบการทดสอบ PCR ที่มีประสิทธิภาพ สคริปต์นี้คาดการณ์แอมพลิคอนของปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (PCR) ที่อาจเกิดขึ้นในฐานข้อมูลลำดับขนาดใหญ่ เช่น NCBI nt จาก singleplex หรือชุดไพรเมอร์แบบมัลติเพล็กซ์ขนาดใหญ่ ยอมให้ไพรเมอร์และฐานโพรบเสื่อมสภาพ โดยมีความทนทานต่อเป้าหมายที่ไม่ตรงกันและช่วงความยาวของแอมพลิคอนที่กำหนดโดย ผู้ใช้งาน. โค้ดการจำลอง PCR amplicon ยังใส่คำอธิบายประกอบ amplicons ด้วยข้อมูลยีนที่ดาวน์โหลดโดยอัตโนมัติจาก NCBI และสามารถเลือกทำนายได้ว่าจะมีตัววัด TaqMan/Luminex ที่ตรงกันภายในแอมพลิคอนที่คาดการณ์ไว้หรือไม่ มันเป็นบรรทัดคำสั่งโอเพ่นซอร์สสคริปต์ Perl ที่เรียกว่า simulate_PCR.pl ที่เรียกใช้โปรแกรม BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn และ blastdbcmd และยูทิลิตี้ดึงข้อมูล NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
