andi - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

andi - tinatantya ang distansya ng ebolusyon

SINOPSIS

andi [-jlv] [-b Int] [-p Lumutang] [-m MODEL] [-t Int] MGA FILE...

DESCRIPTION

andi tinatantya ang ebolusyonaryong distansya sa pagitan ng malapit na nauugnay na mga genome. Para dito andi
binabasa ang mga sequence ng input mula sa MABILIS file at kinakalkula ang pairwise anchor distance. Ang
ang ideya sa likod nito ay ipinaliwanag sa isang papel ni Haubold et al. (tingnan sa ibaba).

oUTPUT

Ang output ay isang simetriko distance matrix in PHYLIP format, na kinakatawan ng bawat entry
divergence na may positibong tunay na numero. Ang distansya ng zero ay nangangahulugan na ang dalawang sequence ay
magkapareho, samantalang ang ibang mga halaga ay mga pagtatantya para sa rate ng pagpapalit ng nucleotide (Jukes-
Itinama ni Cantor). Para sa mga teknikal na kadahilanan ang paghahambing ay maaaring mabigo at walang pagtatantya
nakalkula. Sa ganitong mga kaso nan ay nakalimbag. Nangangahulugan ito na ang mga sequence ng input ay
masyadong maikli (<200bp) o masyadong magkakaibang (K>0.5) para gumana nang maayos ang aming pamamaraan.

Opsyon

-b, --bootstrap
Mag-compute ng maramihang mga distance matrice, na may n-1 bootstrap mula sa una. Tingnan ang
papel na Klötzl & Haubold (2016, sa pagsusuri) para sa isang detalyadong paliwanag.

-j, --sumali
Gamitin ang mode na ito kung ang bawat isa sa iyo MABILIS Ang mga file ay kumakatawan sa isang pagpupulong na may marami
contigs. andi pagkatapos ay ituturing ang lahat ng nakapaloob na pagkakasunud-sunod sa bawat file bilang isang solong
genome. Sa mode na ito, hindi bababa sa isang filename ang dapat ibigay sa pamamagitan ng command line
mga argumento. Para sa output ang filename ay ginagamit upang makilala ang bawat sequence.

-l, --mababang memorya
Sa multithreaded mode, andi nangangailangan ng memory linear sa dami ng mga thread. Ang
binabago ito ng low memory mode sa isang pare-parehong demand na independiyente sa ginamit na numero
ng mga thread. Sa kasamaang palad, ito ay dumating sa isang makabuluhang halaga ng runtime.

-m, --modelo
Iba't ibang modelo ng ebolusyon ng nucleotide ang sinusuportahan. Bilang default, ang Jukes-Cantor
ginagamit ang pagwawasto.

-p
Kahalagahan ng isang pares ng anchor; default: 0.05.

-t
Ang bilang ng mga thread na gagamitin; bilang default, lahat ng available na processor ay ginagamit.
Available lang ang multithreading kung andi ay pinagsama-sama sa suporta ng OpenMP.

-v, --verbose
Nagpi-print ng karagdagang impormasyon. Mag-apply ng maraming beses para sa sobrang verboseness.

-h, - Tumulong
Nagpi-print ng buod at paliwanag ng mga available na opsyon.

--bersyon
Naglalabas ng impormasyon sa bersyon at mga pagkilala.

COPYRIGHT

Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl License GPLv3+: GNU GPL bersyon 3 o mas bago.
Ito ay libreng software: malaya kang baguhin at ipamahagi ito. Walang WARRANTY,
sa lawak na pinahihintulutan ng batas. Ang buong teksto ng lisensya ay makukuha sa
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

Pagkilala

1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. at Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Mabilis at tumpak
pagtatantya ng mga ebolusyonaryong distansya sa pagitan ng malapit na nauugnay na mga genome
2) Algorithm: Ohlebusch, E. (2013). Bioinformatics Algorithms. Pagsusuri ng Sequence, Genome
Mga Muling Pag-aayos, at Phylogenetic Reconstruction. pp 118f.
3) SA construction: Mori, Y. (2005). Maikling paglalarawan ng pinahusay na two-stage suffix
algorithm ng pag-uuri. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

Gumamit ng andi online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net