bowtie2-align-s - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bowtie2-align-s - ultrafast at memory-efficient backend tool para sa pag-align ng sequencing
bumabasa sa mahabang reference sequence

DESCRIPTION

Bowtie 2 bersyon 2.2.6 ni Ben Langmead ([protektado ng email], www.cs.jhu.edu/~langmea)

PAGGAMIT

bowtie2-align [mga opsyon]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Index filename prefix (minus trailing .X.bt2). TANDAAN: Bowtie 1 at Bowtie 2 index
ay hindi magkatugma.

Mga file na may #1 na kasama, ipinares sa mga file sa .

Mga file na may #2 na kasama, ipinares sa mga file sa .

Mga file na may mga hindi ipinares na pagbabasa.

File para sa output ng SAM (default: stdout)

, , maaaring mga listahang pinaghihiwalay ng kuwit (walang whitespace) at maaaring tukuyin
maraming beses. Hal. '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq'.

Opsyon (mga default in panaklong)

input:
-q Ang mga file ng input ng query ay FASTQ .fq/.fastq (default)

--qseq Ang query input file ay nasa qseq na format ng Illumina

-f query input file ay (multi-)FASTA .fa/.mfa

-r Ang mga query input file ay raw one-sequence-per-line

-c , , ay mga sequence mismo, hindi mga file

-s/--laktawan
laktawan ang una nagbabasa/nagpapares sa input (wala)

-u/--hanggang sa
huminto ka muna nabasa/pares (walang limitasyon)

-5/--trim5
pumantay base mula sa 5'/kaliwang dulo ng mga reads (0)

-3/--trim3
pumantay base mula sa 3'/kanang dulo ng mga nabasa (0)

--phred33
ang mga katangian ay Phred+33 (default)

--phred64
Ang mga katangian ay Phred+64

--int-quals
mga katangiang naka-encode bilang space-delimited integer

Mga Preset:
Katulad ng:

para --dulo-dulo:

--napaka-mabilis -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--mabilis -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--sensitive -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (default)

--napaka-sensitive -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

para --lokal:

--napaka-mabilis-lokal -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--mabilis-lokal -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensitive-lokal -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (default)

--napaka-sensitibo-lokal -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Alignment:
-N
max # mismatches sa seed alignment; maaaring 0 o 1 (0)

-L
haba ng mga substring ng binhi; dapat ay >3, <32 (22)

-i
agwat sa pagitan ng mga seed substrings w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-kisame
function para sa max # non-A/C/G/Ts na pinahihintulutan sa aln (L,0,0.15)

--dpad
isama dagdag na ref char sa mga gilid ng DP table (15)

--gbar
huwag payagan ang mga puwang sa loob nucs ng read extremes (4)

--ignore-quals
ituring ang lahat ng mga halaga ng kalidad bilang 30 sa Phred scale (off)

--nofw huwag ihanay pasulong (orihinal) na bersyon ng read (off)

--norc huwag ihanay ang reverse-complement na bersyon ng read (off)

--no-1mm-upfront
huwag payagan ang 1 mismatch alignment bago subukang mag-scan para sa pinakamainam na seeded
mga pagkakahanay

--dulo-dulo
dapat ihanay ang buong nabasa; walang clipping (naka-on)

OR

--lokal
lokal na pagkakahanay; ang mga dulo ay maaaring malambot na pinutol (naka-off)

Pagmamarka:
--ma
match bonus (0 para sa --dulo-dulo, 2 para sa --lokal)

--mp
max na parusa para sa mismatch; lower qual = mas mababang parusa (6)

--np
parusa para sa hindi A/C/G/T sa read/ref (1)

--rdg ,
basahin ang gap bukas, pahabain ang mga parusa (5,3)

--rfg ,
bukas ang reference gap, pahabain ang mga parusa (5,3)

--iskor-min min na katanggap-tanggap na marka ng pagkakahanay w/r/t haba ng nabasa
(G,20,8 para sa lokal, L,-0.6,-0.6 para sa end-to-end)

Pag-uulat:
(default)
maghanap ng maraming pagkakahanay, pinakamahusay na mag-ulat, gamit ang MAPQ

OR

-k
mag-ulat hanggang sa alns bawat nabasa; Hindi makabuluhan ang MAPQ

OR

-a/--lahat
iulat ang lahat ng pagkakahanay; napakabagal, hindi makabuluhan ang MAPQ

Pagsisikap:
-D
sumuko sa pagpapalawig pagkatapos nabigong umaabot nang sunud-sunod (15)

-R
para sa mga pagbabasa na may paulit-ulit na mga buto, subukan hanay ng mga buto (2)

Paired-end:

-I/--minins
pinakamababang haba ng fragment (0)

-X/--maxins
maximum na haba ng fragment (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 ihanay ng mga kasama ang fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--walang-halo
sugpuin ang mga hindi pares na pagkakahanay para sa mga ipinares na pagbabasa

--walang-discordant
sugpuin ang mga hindi pagkakatugmang pagkakahanay para sa mga ipinares na pagbabasa

--no-dovetail
hindi magkatugma kapag ang mga mag-asawa ay lumampas sa isa't isa

--walang-naglalaman
hindi magkatugma kapag ang isang pagkakahanay ng kapareha ay naglalaman ng iba

--walang-overlap
hindi concordant kapag nag-overlap ang mga kapareha

output:
-t/--oras
oras ng pag-print ng wall-clock na kinuha ng mga yugto ng paghahanap

--tahimik
walang i-print sa stderr maliban sa mga seryosong error

--met-file
magpadala ng mga sukatan upang i-file sa (off)

--met-stderr
magpadala ng mga sukatan sa stderr (naka-off)

--nakilala
mag-ulat ng mga panloob na counter at sukatan bawat seg (1)

--hindi-unal
sugpuin ang mga tala ng SAM para sa mga hindi nakahanay na pagbabasa

--walang-ulo
sugpuin ang mga linya ng header, ibig sabihin, mga linyang nagsisimula sa @

--hindi-sq
sugpuin ang mga linya ng header ng @SQ

--rg-id
itakda ang read group id, na makikita sa @RG line at RG:Z: opt field

--rg
idagdag ("lab:value") sa @RG line ng SAM header. Tandaan: Ang linya ng @RG ay naka-print lamang
kailan --rg-id ay nakatakda.

--omit-sec-seq
ilagay ang '*' sa SEQ at QUAL na mga patlang para sa pangalawang pagkakahanay.

Pagganap:
-p/--mga thread bilang ng mga alignment thread na ilulunsad (1)

--muling ayusin
pilitin ang pagkakasunud-sunod ng output ng SAM na tumugma sa pagkakasunud-sunod ng mga nabasa ng input

--mm gumamit ng memory-mapped I/O para sa index; maraming mga 'bowtie' ang maaaring ibahagi

Iba pa:
--qc-filter
i-filter ang mga nabasa na masama ayon sa filter ng QSEQ

--binhi
seed para sa random number generator (0)

--hindi deterministiko seed rand. gen. arbitraryo sa halip na gumamit ng read attributes

--bersyon
i-print ang impormasyon ng bersyon at huminto

-h/--tulong
i-print ang mensahe ng paggamit na ito

Gumamit ng bowtie2-align-s online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net