bp_panalysis.plp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

panalysis.PLS - Isang halimbawa/tutorial script kung paano i-access ang mga tool sa pagsusuri

SINOPSIS

# magpatakbo ng pagsusuri sa iyong sequence sa isang lokal na file
./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'-w -r \
sequence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

Tingnan ang higit pang mga halimbawa sa teksto sa ibaba.

DESCRIPTION

Isang kliyente na nagpapakita kung paano gamitin ang "Bio::Tools::Run::Analysis" na module, isang module para sa pagpapatupad at
pagkontrol sa lokal o malayong mga tool sa pagsusuri. Tinatawag din nito ang mga pamamaraan mula sa
"Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" module, isang module na nagbibigay ng mga listahan ng mga available na pagsusuri.

Pangunahin, ang kliyenteng ito ay sinadya bilang isang halimbawa kung paano gamitin ang mga module ng pagsusuri, at gayundin sa
subukan mo sila. Gayunpaman, dahil mayroon itong maraming mga pagpipilian upang masakop ang maraming mga pamamaraan
posible, maaari rin itong magamit bilang isang fully functional na command-line client para sa pag-access
iba't ibang mga tool sa pagsusuri.

Pagtukoy lugar at daan paraan
Ang "panalysis.PLS" ay independyente sa paraan ng pag-access sa mga malalayong pagsusuri (ang mga pagsusuri
tumatakbo sa ibang makina). Ang paraan na ginamit upang makipag-usap sa mga pagsusuri ay
tinukoy ng opsyong "-A", na may default na halaga sabon. Ang iba pang posibleng mga halaga (hindi
sinusuportahan pa, ngunit paparating na) ay sabaw at lokal.

Ang bawat paraan ng pag-access ay maaaring may iba't ibang kahulugan para sa parameter na "-l" na tumutukoy sa isang lokasyon ng
mga serbisyong nagbibigay ng access sa mga tool sa pagsusuri. Halimbawa, ang sabon Inaasahan ng access ang isang URL
ng isang Web Service sa opsyong "-l", habang ang sabaw access ay maaaring mahanap dito ang isang stringified
Interoperable Object Reference (IOR).

Isang default na lokasyon para sa sabon ang pag-access ay "http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services"alin
kumakatawan sa mga serbisyong tumatakbo sa European Bioinformatics Institute sa ibabaw ng higit sa daan
Mga pagsusuri sa EMBOSS (at higit pa sa ilang iba pa).

Magagamit pinag-aaralan
Maaaring magpakita ang "panalysis.PLS" ng listahan ng mga available na pagsusuri (mula sa ibinigay na lokasyon gamit ang ibinigay
paraan ng pag-access). Ang "-L" na opsyon ay nagpapakita ng lahat ng mga pagsusuri, ang "-c" na opsyon ay naglilista ng lahat ng magagamit
mga kategorya (ang kategorya ay isang pangkat ng mga pagsusuri na may katulad na paggana o pagproseso
katulad na uri ng data), at sa wakas ang opsyong "-C" ay nagpapakita lamang ng mga pagsusuring available sa loob
ang ibinigay na kategorya.

Tandaan, na ang lahat ng mga function na ito ay ibinigay ng module na "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory"
(ayon sa pagkakabanggit, ng isa sa mga sub-class na umaasa sa access nito). Ang modyul ay mayroon ding a pabrika
paraan na "create_analysis" na hindi ginagamit ng script na ito.

serbisyo
Ang "serbisyo" ay isang mas mataas na antas ng abstraction ng isang tool sa pagsusuri. Naiintindihan nito ang isang balon
tinukoy na interface (module na "Bio::AnalysisI", isang katotohanan na nagpapahintulot sa script na ito na maging
independyente sa access protocol sa iba't ibang serbisyo.

Ang pangalan ng serbisyo ay dapat ibigay ng opsyong "-n". Maaalis lang ang opsyong ito kung ikaw
tinawag lamang ang mga pamamaraan ng "pabrika" (inilarawan sa itaas).

Ang bawat serbisyo (kumakatawan sa isang tool sa pagsusuri, isang programa, o isang application) ay mayroon nito
paglalarawan, magagamit sa pamamagitan ng paggamit ng mga opsyon na "-a" (pangalan ng pagsusuri, uri, atbp.), "-i", "-I"
(pagtutukoy ng data ng pag-input ng pagsusuri, ang pinakamahalaga ay ang kanilang mga pangalan), at "-o", "-O"
(mga pangalan ng resulta at kanilang mga uri). Ang opsyon na "-d" ay nagbibigay ng pinakadetalyadong paglalarawan sa
XML na format.

Ang paglalarawan ng serbisyo ay maganda ngunit ang pinakamahalaga ay ang paggamit ng serbisyo para sa pag-invoke
isang pinagbabatayan na tool sa pagsusuri. Para sa bawat invocation, lumilikha ang serbisyo ng "trabaho" at pinapakain ito
may input data. May tatlong yugto: (a) lumikha ng trabaho, (b) patakbuhin ang trabaho, at (c) maghintay
para sa pagkumpleto nito. Kaugnay nito. mayroong tatlong mga pagpipilian: ang "-b" na lumilikha lamang
(bumubuo) ng trabaho, ang "-x" na lumilikha ng trabaho at nagsasagawa nito, at sa wakas ay "-w" na
lumilikha ng trabaho, pinapatakbo ito at hinaharangan ang kliyente hanggang sa matapos ang trabaho. Laging isa lang sa
ginagamit ang mga opsyong ito (kaya hindi makatuwirang gumamit ng higit pa sa mga ito, ang "panalysis.PLS"
priyoridad ang mga ito sa ayos na "-x", "-w", at "-b").

Ang lahat ng mga opsyong ito ay kumukuha ng data ng input mula sa command-line (tingnan ang susunod na seksyon tungkol dito) at
lahat sila ay nagbabalik (sa loob) ng isang bagay na kumakatawan sa isang trabaho. Mayroong maraming mga pamamaraan
(mga opsyon) sa pagharap sa mga bagay sa trabaho (tingnan ang isa pagkatapos ng susunod na seksyon tungkol sa mga ito).

Huling tala sa seksyong ito: ang opsyon na "-b" ay talagang opsyonal - ang isang trabaho ay ginawa kahit na
wala ang opsyong ito kapag mayroong ilang data ng input na makikita sa command-line. Ikaw mayroon sa
gamitin ito, gayunpaman, kung hindi ka magpasa ng anumang data sa isang tool sa pagsusuri (isang halimbawa ay ang
sikat na "Classic::HelloWorld" na serbisyo).

input data
Ang data ng input ay ibinibigay bilang mga pares ng pangalan/halaga, ilagay sa command-line na may pantay na tanda sa pagitan
pangalan at halaga. Kung ang halaga bahagi ay nagsisimula sa isang hindi nakatakas na karakter "@", ito ay ginagamit bilang a
lokal na pangalan ng file at ang "panalysis.PLS" ay nagbabasa ng file at ginagamit ang mga nilalaman nito sa halip.
Halimbawa:

panalysis.PLS -n edit.seqret -w -r
sequence_direct_data='tatatctcccc' osformat=embl

panalysis.PLS ...
sequence_direct_data=@/my/data/my.seq

Ang mga pangalan ng input data ay nagmula sa "input specification" na maaaring ipakita ng "-i"
o "-ako" na mga opsyon. Ang detalye ng input (kapag gumagamit ng opsyon na "-I") ay nagpapakita rin - para sa ilan
inputs - isang listahan ng mga pinapayagang halaga. Ang detalye, gayunpaman, ay hindi nagsasabi kung anong input
ang data ay kapwa eksklusibo, o kung ano ang iba pang mga hadlang na nalalapat. Kung may tunggalian, an
ang mensahe ng error ay ginawa sa ibang pagkakataon (bago magsimula ang trabaho).

Ginagamit ang input data kapag naroroon ang alinman sa mga opsyon na "-b", "-x", o "-w", ngunit opsyon
Wala ang "-j" (tingnan ang susunod na seksyon tungkol sa opsyong ito sa trabaho).

Trabaho
Ang bawat serbisyo (tinukoy ng isang pangalan na ibinigay sa opsyon na "-n") ay maaaring isagawa ng isa o higit pa
beses, na may pareho, ngunit karaniwang may iba't ibang data ng pag-input. Ang bawat pagpapatupad ay lumilikha ng a trabaho
bagay. Sa totoo lang, ang trabaho ay nilikha kahit na bago ang pagpapatupad (tandaan ang opsyon na "-b"
gumagawa ng trabaho ngunit hindi pa ito naisasagawa).

Anumang trabaho, naisakatuparan o hindi, ay nagpapatuloy at maaaring magamit muli sa ibang pagkakataon mula sa iba
invocation ng "panalysis.PLS" script. Maliban kung tahasan mong sirain ang trabaho gamit
opsyon "-z".

Ang isang trabahong nilikha ng mga opsyon na "-b", "-x" at "-w" (at sa pamamagitan ng input data) ay maaaring ma-access sa
parehong "panalysis.PLS" invocation gamit ang iba't ibang mga opsyon na may kaugnayan sa trabaho, ang pinakamahalaga ay
"-r" at "-R" para sa pagkuha ng mga resulta mula sa natapos na trabaho.

Gayunpaman, maaari ka ring muling lumikha ng isang trabaho na nilikha ng isang nakaraang invocation. Ipagpalagay na ikaw
alam ang job ID (ang "panalysis.PLS" ay nagpi-print nito palagi sa karaniwang error kapag may bagong trabaho
ay nilikha), gamitin ang opsyon na "-j" upang muling likhain ang trabaho.

Halimbawa:

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
sequence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

Nagpi-print ito:

JOB ID: edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-8000

Susunod na panawagan (humihiling na patakbuhin ang trabaho, hintayin ang pagkumpleto nito at ipakita ang katayuan ng trabaho)
ay maaaring maging:

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-w -s

At muli sa ibang pagkakataon ang isa pang invocation ay maaaring humingi ng mga resulta:

./panalysis.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-r

Narito ang isang listahan ng lahat ng mga opsyon sa trabaho (maliban sa mga resulta, ang mga ito ay nasa susunod na seksyon):

Pagpapatupad ng trabaho at pagwawakas
Mayroong parehong mga pagpipilian "-x" at "-w" para sa pagpapatupad ng isang trabaho at para sa pagpapatupad nito at
naghihintay para sa pagkumpleto nito, tulad ng inilarawan sa itaas. Ngunit ngayon, ang mga pagpipilian ay kumikilos sa
isang trabaho na ibinigay ng "-j" na opsyon, ngayon ay hindi na sila gumagamit ng anumang input data mula sa command-
linya (kinailangang gamitin ang data ng input kapag nilikha ang trabaho).

Bukod pa rito, mayroong "-k" na opsyon para patayin ang tumatakbong trabaho.

Mga katangian ng trabaho
Ang ibang mga opsyon ay nagsasabi tungkol sa katayuan ng trabaho ("-s", tungkol sa mga oras ng pagpapatupad ng trabaho ("-t" at
"-T", at tungkol sa huling available na kaganapan kung ano ang nangyari sa trabaho ("-e"). Tandaan na
hindi pa ganap na naipapatupad ang notification ng kaganapan, kaya magbabago ang opsyong ito sa
hinaharap upang ipakita ang higit pang mga kakayahan sa pag-abiso.

resulta
Siyempre, ang pinakamahalaga sa mga tool sa pagsusuri ay ang kanilang mga resulta. Ang mga resulta ay
pinangalanan (sa katulad na paraan tulad ng data ng pag-input) at maaari silang makuha nang sabay-sabay gamit
opsyon na "-r" (kaya hindi mo kailangang malaman talaga ang kanilang mga pangalan), o sa pamamagitan ng pagtukoy (lahat o
ilang) mga pangalan ng resulta gamit ang opsyong "-R".

Kung ang isang resulta ay hindi umiiral (alinman sa hindi pa, o ang pangalan ay mali) isang undef halaga ay
ibinalik (walang ginawang mensahe ng error).

Ang ilang mga resulta ay mas mahusay na i-save nang direkta sa mga file sa halip na ipakita ang mga ito sa terminal
window (naaangkop ito sa doble mga resulta, karamihan ay naglalaman ng mga larawan). Ang "panalysis.PLS"
tumutulong na harapin ang mga binary na resulta sa pamamagitan ng awtomatikong pag-save ng mga ito sa mga lokal na file (talagang ito
ay ang module na "Bio::Tools::Run::Analysis" at ang mga submodules nito na tumutulong sa binary
data).

Kaya't bakit hindi gumamit ng tradisyonal na shell re-direksyon sa isang file? May dalawang dahilan.
Una, ang isang trabaho ay maaaring magbunga ng higit sa isang resulta, kaya sila ay magkakahalo. Pero
higit sa lahat, dahil ang bawat resulta ay maaaring binubuo ng ilang bahagi na ang bilang ay hindi kilala
advance at hindi maaaring ihalo sa isang file. Muli, ito ay tipikal para sa
binary data na nagbabalik ng mga imahe - ang isang invocation ay maaaring makabuo ng maraming mga imahe.

Kinukuha ng opsyong "-r" ang lahat ng available na resulta at tinatrato ang mga ito gaya ng inilarawan ng '?'
format sa ibaba.

Ang opsyong "-R" ay may pinaghihiwalay ng kuwit na listahan ng mga pangalan ng resulta, ang bawat isa sa mga pangalan ay maaaring
alinman sa isang simpleng pangalan (tulad ng tinukoy ng "espesipikasyon ng resulta" na makukuha gamit ang "-o"
o "-O" na mga opsyon), o isang equal-sign-separated name/format construct na nagmumungkahi kung ano ang gagawin
kasama ang resulta. Ang mga posibilidad ay:

pangalan ng resulta
Nagpi-print ito ng ibinigay na resulta sa karaniwang output.

result-name=filename
Ini-imbak nito ang ibinigay na resulta sa ibinigay na file.

pangalan ng resulta=@
Sine-save nito ang ibinigay na resulta sa isang file na ang pangalan ay awtomatikong naimbento, at ito
ginagarantiyahan na ang parehong pangalan ay hindi gagamitin sa susunod na invocation.

resulta=pangalan=@template
Ini-imbak nito ang ibinigay na resulta sa isang file na ang pangalan ay ibinigay ng "template". Ang
template ay maaaring maglaman ng ilang mga string na kung saan ay substituted bago ito gamitin bilang ang
filename:

anumang '*'
Papalitan ng kakaibang numero

$ANALYSIS o ${ANALYSIS}
Papalitan ng kasalukuyang pangalan ng pagsusuri

$RESULT o ${RESULT}
Papalitan ng kasalukuyang pangalan ng resulta

Paano sasabihin kung ano ang gagawin sa mga resulta? Pangalan ng bawat resulta

Bilang karagdagan, ang isang template ay maaaring ibigay bilang isang variable ng kapaligiran
"RESULT_FILENAME_TEMPLATE". Ang nasabing variable ay ginagamit para sa anumang resulta na nasa format nito
isang simpleng "?" o "@" na karakter.

pangalan-resulta=?
Ito muna ang magpapasya kung binary o hindi ang ibinigay na resulta. Pagkatapos, ang mga resulta ng binary
ay nai-save sa mga lokal na file na ang mga pangalan ay awtomatikong naimbento, ang iba pang mga resulta
ay ipinadala sa karaniwang output.

result-name=?template
Ang parehong sa itaas ngunit ang mga filename para sa mga binary file ay deduced mula sa ibinigay
template (gamit ang parehong mga panuntunan tulad ng inilarawan sa itaas).

Halimbawa:

-r
-R ulat
-R ulat, outseq
-R Graphics_in_PNG=@
-R Graphics_in_PNG=@$ANALYSIS-*-$RESULT

Tandaan na ang pag-format ng resulta ay pagyamanin sa hinaharap sa pamamagitan ng paggamit ng kasalukuyang uri ng data
mga parser sa bioperl.

Feedback

Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.

[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list

Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng web:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Gamitin ang bp_panalysis.plp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net