bp_revtrans-motifp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_revtrans-motif - Baliktarin ang pagsasalin ng parang Profam na motif ng protina

VERSION

Bersyon 0.01

SINOPSIS

Mula sa isang file:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

Paggamit ng mga tubo:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

Gamit ang interactive sa command prompt:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

DESCRIPTION

Ang script na ito ay kumukuha ng motif ng protina bilang input at nagbabalik ng degenerate na oligonucleotide
pagkakasunod-sunod na naaayon dito. Ang pangunahing dahilan sa paggawa nito ay ang pagdidisenyo ng degenerate
mga panimulang aklat na nagpapalaki ng isang naibigay na pattern ng pagkakasunud-sunod.

Binubuo ang input motif ng isang string ng mga natitirang isang titik, kasama ang alinman sa mga sumusunod
mga elemento ng syntactic:

[...] : Kalabisan na posisyon.
Isang posisyon kung saan pinapayagan ang higit sa isang nalalabi. Halimbawa:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : Negated na posisyon.
Isang posisyon kung saan pinapayagan ang anumang nalalabi, na naka-save para sa mga nasa pagitan ng mga bracket. Halimbawa:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n,m,...} : Paulit-ulit na motif.
Isang motif na paulit-ulit n or m beses. Maaari itong magkaroon ng alinman sa mga nakaraang syntactic
mga elemento. Halimbawa:

A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^

Ang mga pinahihintulutang titik ay ang mga tumutugma sa 20 natural na aminoacids, kasama ang:

B = N + D
Z = Q + E
X = Lahat

Opsyon

-i input-file:
Isang file na may listahan ng mga motif upang baligtarin ang pagsasalin.

-h
Ipakita ang mensahe ng tulong na ito.

Gamitin ang bp_revtrans-motifp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net