bp_unflatten_seqp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_unflatten_seq - i-unflatten ang isang genbank o genbank-style na feature file sa isang nested
SeqFeature hierarchy

SINOPSIS

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --detalye ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --mula sa embl --to chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detalye --sa asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

DESCRIPTION

Ang script na ito ay hindi patagin isang genbank o genbank-style na file ng SeqFeatures sa isang nested
hierarchy

Tingnan ang Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

Sa isang representasyon ng GenBank/EMBL, ang mga feature ay 'flat' - halimbawa, walang link
sa pagitan ng isang mRNA at isang CDS, maliban sa mga implicit na link (hal. sa pamamagitan ng mga tag o sa pamamagitan ng splice site
mga coordinate) na maaaring mahirap i-code.

Ito ay pinakamadaling ilarawan sa default na format ng output, asciitree

Maaaring ganito ang hitsura ng unflattened genbank feature set (AB077698)

Seq: AB077698
databank_entry 1..2701[+]
gene
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
exon 80..1144[+]
five_prime_UTR 1..79[+]
located_sequence_feature 137..196[+]
located_sequence_feature 239..292[+]
located_sequence_feature 617..676[+]
located_sequence_feature 725..778[+]
three_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]

O tulad nito (bahagi ng AE003734)

gene
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]

Ang unflattening ay 'mag-normalize' din sa containment hierarchy (sa kahulugan ng
pag-standardize nito - hal. pagtiyak na laging may transcript record, kahit genbank
tumutukoy lamang sa CDS at gene)

Bilang default, ang mga uri ng GenBank ay imamapa sa mga uri ng SO

Tingnan ang Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

COMMAND LINE MGA PANGANGATWIRANG

-i|input FILE
input file (maaari ding tukuyin bilang huling argumento)

-mula sa FORMAT
format ng pag-input (mga default sa genbank)

marahil ay hindi gaanong makatuwirang gamitin ito para sa mga hindi flat na format; ibig sabihin maliban sa
embl/genbank

-sa FORMAT
format ng output (mga default sa asciitree)

dapat talagang isang format na naka-nest sa SeqFeature; Sa tingin ko ito lang
asciitree, chadoxml at gff3

-gff
na may pag-export sa format na GFF3 (walang saysay ang mga pre-3 GFF sa mga hindi naka-flatten na pagkakasunud-sunod, bilang
wala silang nakatakdang paraan ng pagre-represent ng mga feature graph)

-o|output FILE
Nagde-default ang outfile sa STDOUT

-detalye
magpakita ng karagdagang detalye sa mga feature (asciitree mode lang)

-e|ethresh INT
itinatakda ang error threshold sa unflattening

sa pamamagitan ng default, ang script na ito ay magugulo kung makatagpo ito ng mga kakaibang bagay sa genbank
file - taasan ang error threshold upang ipahiwatig ang mga ito na hindi papansinin (at iulat sa
STDERR)

-nomagic
sugpuin ang paggamit_magic sa unflattening (tingnan ang Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

-notypemap
sugpuin ang uri ng pagmamapa (tingnan ang Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

LAHAT

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener ay nagbibigay-daan sa pinong kontrol sa unflattening
proseso - kailangang magdagdag ng higit pang mga opsyon upang payagan ang kontrol na ito sa command line

Feedback

Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.

[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list

Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng email o sa web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

Gamitin ang bp_unflatten_seqp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net