delta-filter - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

delta-filter - basahin ang isang delta alignment file mula sa alinman sa nucmer o promer at i-filter ang
mga pagkakahanay

SINOPSIS

delta-filter [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

-1 1-to-1 na pagkakahanay na nagbibigay-daan para sa muling pagsasaayos (intersection ng -r at -q mga pagkakahanay)

-g Hindi pinapayagan ng 1-to-1 na global alignment ang mga muling pagsasaayos

-h Ipakita ang impormasyon ng tulong

-i lumutang
Itakda ang minimum alignment identity [0, 100], default 0

-l int Itakda ang pinakamababang haba ng pagkakahanay, default na 0

-m Many-to-many alignment na nagbibigay-daan para sa muling pagsasaayos (unyon ng -r at -q mga pagkakahanay)

-q I-map ang bawat posisyon ng bawat query sa pinakamahusay na hit nito sa reference, na nagbibigay-daan para sa
nagsasapawan ng sanggunian

-r I-map ang bawat posisyon ng bawat reference sa pinakamahusay na hit nito sa query, na nagbibigay-daan para sa
nagsasapawan ang query

-u float Itakda ang minimum alignment uniqueness, ibig sabihin, porsyento ng

ang alignment na tumutugma sa natatanging reference AT query sequence [0, 100], default 0

-o lumutang
Itakda ang maximum alignment overlap para sa -r at -q mga opsyon bilang porsyento ng
haba ng pagkakahanay [0, 100], default na 100

-v I-print ang mga itinapon na alignment sa halip na ang mga pumasa sa mga filter

-b Mga duplikasyon ng mapa (XOR ng -r at -q mga pagkakahanay, isa o isa ngunit hindi pareho)

Nagbabasa ng delta alignment file mula sa alinman sa nucmer o promer at sinasala ang mga alignment batay
sa mga switch ng command-line, na nag-iiwan lamang ng mga nais na alignment na output sa
stdout sa parehong delta na format bilang input. Para sa maraming switch, pagkakasunud-sunod ng mga operasyon
ay ang mga sumusunod: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Kung ang isang pagkakahanay ay hindi kasama ng isang nauna
operasyon, ito ay hindi papansinin ng mga susunod na operasyon.

Isang mahalagang pagkakaiba sa pagitan ng -g opsyon at ang -1 at -m ang mga pagpipilian ay iyon -g
nangangailangan ng pagkakahanay na magkatugma sa kanilang pagkakasunud-sunod, habang ang -1 at -m
ang mga opsyon ay hindi kinakailangang maging pare-pareho at samakatuwid ay pinahihintulutan ang mga pagsasalin,
inversions, atbp. Sa mga pangkalahatang kaso, ang -m ang pagpipilian ay ang pinakamahusay na pagpipilian, gayunpaman -1 ay maaaring maging
madaling gamitin para sa mga application tulad ng paghahanap ng SNP na nangangailangan ng 1-to-1 na pagmamapa. Sa wakas, para sa
mapping query contigs, o sequencing reads, sa isang reference genome, gamitin -q. ang
mga duplikasyon na nakalimbag gamit ang -b pagpipilian ay -r at -q mga pagkakahanay na wala sa
ang 1-to-1 na pagkakahanay. Ang mga pagkakahanay na ito ay din ang pagkakaiba sa pagitan ng -1 at -m
mga pagkakahanay

Gumamit ng delta-filter online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net