detectChimera - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

sim4dbutils - mga utility upang gumana sa mga file ng pagkakahanay na binuo ng sim4db

convertPolishes - mag-convert sa pagitan ng sim4db at GFF3 na mga format
filterPolishes - filter alignment batay sa pagkakakilanlan ng pagkakasunud-sunod, saklaw at haba.
mergePolishes - pagsamahin ang mga alignment mula sa maraming file
sortPolishes - pag-uri-uriin ang mga alignment ayon sa cDNA o genomic sequence index o pangalan ng sequence
convertToExtent - I-convert mula sa sim4db na format sa isang solong linya na tab-delimited na format
fixPolishesIID - Nag-a-update ng sim4db file para magamit ang sequence index ng isang partikular na fasta file.
Magagamit din para mag-extract ng subset ng mga alignment mula sa sim4db file.
depthOfPolishes - Naglalabas ng tab-delimited histogram ng lalim ng polishes sa iba't ibang
mga laki ng bintana.
headPolishes - i-print ang unang N alignment sa isang file, katulad ng ulo(1)
pickBestPolish - iulat lamang ang 'pinakamahusay' na pagkakahanay para sa bawat cDNA
pickUniquePolish - nag-uulat ng mga alignment kung saan mayroong malinaw na solong pinakamahusay na pagkakahanay para sa
bawat cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Bumubuo ng (1) histogram ng porsyentong pagkakakilanlan, (2) a
histogram ng porsyentong saklaw, at (3) isang listahan ng porsyentong pagkakakilanlan at saklaw (para sa
gamitin sa isang scatter plot).
uniqPolishes - Sinasala ang lahat ng alignment para sa cDNA na may maraming alignment (-uniq) o
na may isang solong pagkakahanay (-dupl). Kapareho ng kakaiba(1)
realignPolishes - muling kalkulahin ang mga alignment na nakalista sa isang sim4db file.
reportAlignmentDifferences - bumubuo ng histogram ng mga uri ng error sa isang set ng
mga pagkakahanay Hindi suportado at Deprecated
comparePolishes - Iugnay ang mga alignment sa dalawang file.
convertToAtac - Kino-convert mula sa sim4db format sa ATAC format.
detectChimera - Sinusuri ang mga alignment para sa mga sequence na maaaring chimeric.
mappedCoverage - Iniuulat ang dami ng sequence ng query (EST, cDNA) na sakop ng
mga pagkakahanay.
parseSNP - Sinusuri ang mga alignment para sa mga SNP.
removeDuplicate - hinahanap ang input para sa mga duplicate na alignment.
vennPolishes - Bumubuo ng Venn diagram para sa maramihang sim4db file. Ginamit sa loob by
ESTMapper malinis na mga Polish
summarizePolishes

DESCRIPTION

Ang mga programang ito ay isang hanay ng mga utility na magagamit sim4db(1)-generated alignment file.

Gamitin ang detectChimera online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net