Ito ang command dsimulator na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
dsimulator - bumuo ng mga sintetikong pagbabasa para sa isang random na genome
SINOPSIS
dsimulator genlen:doble [-cdoble(20.)] [-bdoble(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edoble(.15)][-Mfile]
DESCRIPTION
dsimulator unang bumubuo ng isang pekeng genome ng laki genlen*1Mb ang haba, na mayroong AT-bias na
-b. Pagkatapos ay bubuo ito ng mga sample na pagbabasa ng ibig sabihin ng haba -m mula sa isang log-normal na haba
distribusyon na may standard deviation -s, ngunit binabalewala ang mga nabasa na mas mababa sa haba -x. Ito
nangongolekta ng sapat na pagbabasa upang masakop ang genome -c beses at nagpapakilala -e fraction error sa
bawat read kung saan ang ratio ng mga insertion, deletion, at substitutions ay itinakda ng tinukoy
mga constant na INS_RATE (default 73%) at DEL_RATE (default 20%) sa loob ng generate.c. Maaari isa
kontrolin din ang rate kung saan ang mga pagbabasa ay kinuha mula sa forward at reverse strand sa pamamagitan ng
pagtatakda ng tinukoy na pare-parehong FLIP_RATE (default 50/50). Ang -r pagpipilian buto ang random
number generator para sa henerasyon ng genome upang ang isa ay maaaring muling makabuo
ang parehong pinagbabatayan na genome upang sampolan. Kung nawawala ang parameter na ito, ang job id
ng invocation seeds ang random number generator. Ang output ay ipinadala sa pamantayan
output (ibig sabihin, ito ay isang UNIX pipe). Ang output ay nasa Pacbio .fasta na format na angkop bilang input
sa fasta2DB(1). Sa wakas, ang -M hinihiling ng opsyon na ang mga coordinate kung saan nagbabasa ang bawat isa
ay na-sample ay nakasulat sa ipinahiwatig na file, isang linya sa bawat pagbabasa, ASCII na naka-encode.
Ang "mapa" na file na ito ay mahalagang nagsasabi sa isa kung saan ang bawat nabasa ay nabibilang sa isang pagpupulong at napaka
kapaki-pakinabang para sa pag-debug at mga layunin ng pagsubok. Kung ang isang binasang pares ay sinasabing b,e pagkatapos ay kung b <e ang
ang nabasa ay na-sample mula sa [b,e] sa direksyong pasulong, at kung b > e mula sa [e,b] sa
magkasalungat na daan.
Gumamit ng dsimulator online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
