ecoPCR - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

ecoPCR - paghahanap para sa pagkakasunud-sunod at taxonomy hybriding sa mga ibinigay na primer

SINOPSIS

ecoPCR [mga pagpipilian] <nucleotidic mga pattern>

DESCRIPTION

Ang ecoPCR ay isang electronic PCR software na binuo ng LECA at Helix-Project. Nakakatulong ito sa
tantyahin ang kalidad ng mga panimulang aklat sa Barcode.

Opsyon

-a : Konsentrasyon ng asin sa M para sa Tm computation (default 0.05 M)

-c : Isaalang-alang na ang mga sequence ng database ay [c]ircular

-d : [D]atabase : upang tumugma sa inaasahang format, ang database
kailangang ma-format muna ng ecoPCRFormat(1) programa. ecoPCRFormat(1) lumilikha
tatlong uri ng file:

.sdx : naglalaman ng mga sequence

.tdx : naglalaman ng impormasyon tungkol sa taxonomy

.rdx : naglalaman ng ranggo ng taxonomy

Kailangan ng ecoPCR ang lahat ng uri ng file. Bilang resulta, kailangan mong isulat ang radikal na database
nang walang anumang extension. Halimbawa /ecoPCRDB/gbmam

-D : Pinapanatili ang tinukoy na bilang ng mga nucleotide sa bawat panig ng in silico
amplified sequence (kabilang ang amplified DNA fragment kasama ang dalawang target
pagkakasunud-sunod ng mga panimulang aklat).

-e : [E]rror : max error na pinapayagan ng oligonucleotide (0 bilang default)

-h : [H] tulong - i-print tulong

-i : [I]balewala ang ibinigay na taxonomy id.
Available ang Taxonomy id gamit ang ecofind program. tingnan ang tulong nito sa pag-type ng ecofind
-h para sa karagdagang impormasyon.

-k : [K]ingdom mode : itakda ang kaharian mode
super kingdom mode bilang default.

-l : minimum [L]ength : tukuyin ang pinakamababang haba ng ampplication.

-L : maximum [L]ength : tukuyin ang maximum na ampplicationlength.

-m : Paraan ng pagwawasto ng asin para sa pagtutuos ng Tm (SANTALUCIA : 1
o OWCZARZY:2, default=1)

-r : Nililimitahan ng [R] ang paghahanap sa ibinigay na taxonomic id.
Available ang Taxonomy id gamit ang ecofind program. tingnan ang tulong nito sa pag-type ng ecofind
-h para sa karagdagang impormasyon.

unang argumento: oligonucleotide para sa direktang strand

pangalawang argumento: oligonucleotide para sa reverse strand

Paglalarawan ng resulta ng talahanayan:

column 1 : numero ng pag-access

column 2 : haba ng pagkakasunod-sunod

column 3 : taxonomic id

hanay 4: ranggo

column 5 : species taxonomic id

hanay 6 : pangalang siyentipiko

column 7 : genus taxonomic id

column 8 : pangalan ng genus

column 9 : family taxonomic id

hanay 10 : pangalan ng pamilya

column 11 : super kingdom taxonomic id

column 12 : super kingdom name

column 13 : strand (direkta o baligtad)

column 14 : unang oligonucleotide

column 15 : bilang ng mga error para sa unang strand

column 16 : Tm para sa hybridization ng primer 1 sa site na ito

column 17 : pangalawang oligonucleotide

column 18 : bilang ng mga error para sa pangalawang strand

column 19 : Tm para sa hybridization ng primer 1 sa site na ito

column 20 : haba ng amplification

hanay 21 : pagkakasunod-sunod

hanay 22 : kahulugan

Gumamit ng ecoPCR online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net