Ito ang command na fastaq-filter na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fastaq_filter - I-filter ang mga sequence para makakuha ng subset ng mga ito
DESCRIPTION
paggamit: fastaq_filter [mga opsyon]
Pini-filter ang isang sequence file ayon sa haba ng sequence at/o ayon sa pangalan na tumutugma sa isang regular na expression
posibilidad mga argumento:
infile Pangalan ng input file na sasalain
outfile
Pangalan ng output file
opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
--min_length Int
Minimum na haba ng pagkakasunud-sunod upang panatilihing [0]
--max_length Int
Pinakamataas na haba ng pagkakasunud-sunod upang mapanatili ang [inf]
--regex REGEX
Kung ibinigay, ang mga babasahin lamang na may pangalan na tumutugma sa regular na expression ay pananatilihin
--ids_file FILENAME
Kung ibinigay, ang mga babasahin lamang kung saan ang ID ay nasa ibinigay na file ang gagamitin. Isang ID bawat linya ng
file.
-v, --baligtad
Panatilihin lamang ang mga pagkakasunud-sunod na hindi tumutugma sa mga filter
Asawa file para basahin pares na pagpipilian:
--mate_in FILENAME
Pangalan ng mga kapareha input file. Kung ginamit, dapat ding magbigay --mate_out
--mate_out FILENAME
Pangalan ng mga kapareha na output file
--parehong_mates_pass
Bilang default, kung ang alinman sa kapareha ay pumasa sa filter, pagkatapos ay pareho ang magbabasa ng output. Gamitin ang watawat na ito sa
nangangailangan na ang parehong mga nabasa ng isang pares ay pumasa sa filter
Gumamit ng fastaq-filter online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
