Ito ang command na FastaUnique na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
AmpliconNoise - alisin ang ingay mula sa mataas na throughput na data ng sequence ng nucleotide
VERSION
Ang dokumentasyong ito ay tumutukoy sa bersyon 1.22
SINOPSIS
Tingnan /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz para sa mga detalye kung paano tumakbo.
DESCRIPTION
Ang mga sumusunod na tool ay kasama. Karamihan sa kanila ay may katumbas na MPI, halimbawa
Ang SeqNoise ay may katumbas na SeqNoiseM na maaaring gamitin sa mpirun.
FastaUnique - dereplicates fasta file
-sa string input file name
Pagpipilian:
FCluster
-sa string distance input file name
-out string output file stub
Pagpipilian:
-r resolution
-isang average na linkage
-w gumamit ng mga timbang
-Nagbasa ako ng mga identifier
-s scale dist.
NDist - pairwise Needleman-Wunsch sequence distance matrix mula sa isang fasta file
-sa string fata pangalan ng file
Pagpipilian:
-i output identifiers
Perseus - pumatay ng mga halimaw
-sin string seq pangalan ng file
Pagpipilian:
-tin string reference sequence file
-a output alignments
-d gumamit ng kawalan ng timbang
-rin string lookup file name
PyroDist - pairwise distance matrix mula sa mga flowgram
-sa pangalan ng file ng daloy ng string
-out stub out file stub
Pagpipilian:
-walang index sa dat file
-rin string lookup file name
PyroNoise - mga kumpol ng flowgram na walang alignment
-din string flow file name
-out string cluster input file name
-lin string list file
Pagpipilian:
-v verbose
-c double initial cut-off
-walang index sa dat file
-s dobleng katumpakan
-rin file lookup pangalan ng file
SeqDist - pairwise distance matrix mula sa isang fasta file
-sa string fasta file name
Pagpipilian:
-i output identifiers
-rin string lookup file name
SeqNoise - mga pagkakasunud-sunod ng mga kumpol
-sa string sequence na pangalan ng file
-din string distance matrix file name
-out string cluster input file name
-lin string list file
Pagpipilian:
-min mapping file
-v verbose
-c double initial cut-off
-s dobleng katumpakan
-rin string lookup file name
SplitClusterEven
-din string dat filename
-min string map filename
-tin string tree filename
-s split size
-m min na laki
Gamitin ang FastaUnique online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
