fuzznuce - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

fuzznuc - Maghanap ng mga pattern sa mga nucleotide sequence

SINOPSIS

fuzznuc -pagkakasunod-sunod seqall -pattern huwaran -complement boolean -outfile ulat

fuzznuc -tulong

DESCRIPTION

fuzznuc ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Nucleic:Motifs".

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall

-pattern huwaran
Ang karaniwang IUPAC na isang-titik na code para sa mga nucleotide ay ginagamit. Ang simbolo na 'n' ay
ginagamit para sa isang posisyon kung saan tinatanggap ang anumang nucleotide. Ang mga kalabuan ay ipinahiwatig ng
naglilista ng mga katanggap-tanggap na nucleotide para sa isang naibigay na posisyon, sa pagitan ng mga parisukat na panaklong '[
]'. Halimbawa: Ang [ACG] ay nangangahulugang A o C o G. Ang mga kalabuan ay ipinapahiwatig din ng
naglilista sa pagitan ng isang pares ng kulot na bracket na '{ }' ng mga nucleotide na hindi tinatanggap
sa isang naibigay na posisyon. Halimbawa: {AG} ay kumakatawan sa anumang nucleotides maliban sa A at G. Bawat isa
Ang elemento sa isang pattern ay pinaghihiwalay mula sa kapitbahay nito ng isang '-'. (Opsyonal sa fuzznuc).
Ang pag-uulit ng isang elemento ng pattern ay maaaring ipahiwatig sa pamamagitan ng pagsunod sa elementong iyon
na may numerical value o isang numerical range sa pagitan ng parenthesis. Mga halimbawa: N(3)
tumutugma sa NNN, N(2,4) tumutugma sa NN o NNN o NNNN. Kapag ang isang pattern ay
limitado sa alinman sa 5' o 3' na dulo ng isang sequence, ang pattern na iyon ay magsisimula sa a
Ang simbolo ng '<' o ayon sa pagkakabanggit ay nagtatapos sa isang simbolo na '>'. Ang isang yugto ay nagtatapos sa pattern.
(Opsyonal sa fuzznuc). Halimbawa, [CG](5)TG{A}N(1,5)C

Advanced seksyon
-complement boolean
Default na halaga: N

Pagbubuhos seksyon
-outfile ulat

Gumamit ng fuzznuce online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net