Ito ang command gap5 na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gap5 - Genome Assembly Program (bahagi ng staden package)
SINOPSIS
gap5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIPTION
Ang Gap5 ay isang Genome Assembly Program. Ang programa ay naglalaman ng lahat ng mga tool na magiging
inaasahan mula sa isang programa ng pagpupulong kasama ang maraming natatanging tampok at isang napakadaling gamitin
interface. Ang orihinal na bersyon ay inilarawan sa Bonfield,JK, Smith,KF at Staden,R. A
bagong DNA sequence assembly program. Nucleic Acids Res. 24, 4992-4999 (1995)
Ang Gap5 ay napakalaki at makapangyarihan. Ang lahat ay gumagamit ng isang subset ng mga opsyon at mayroon ng kanilang
paboritong paraan ng pag-access at paggamit sa kanila. Bagama't marami nito, ang mga gumagamit ay
hinihikayat na dumaan sa kabuuan ng dokumentasyon nang isang beses, para lamang matuklasan kung ano ang
posible, at ang paraan na pinakaangkop sa kanilang sariling gawain. At least, ang kabuuan nito
dapat basahin ang panimulang kabanata, dahil sa katagalan, makatipid ito ng oras.
Opsyon
-ro Basahin lamang
-maxseq N
Paunang maximum na kabuuang haba ng pinagkasunduan
-maxdb N
Paunang maximum na bilang ng contigs + readings
-(no_)suriin
(Huwag) patakbuhin ang Check Database sa pagbukas ng DB
-(no_)exec_notes
(Huwag) isagawa ang OPEN/CLOS na mga tala sa pagbukas ng database
-(no_)rawdata_note
(Huwag) gumamit ng RAWD note sa halip na RAWDATA env. variable
-(no_)csel
(Huwag) simulan ang contig selector sa pagbukas ng db
-display
X Display na gagamitin
-bitsize N
Tinutukoy ang laki ng aux file para sa mga bagong database (32/64)
-sync Gumamit ng synchronous mode para sa display server (debugging)
-- Katapusan ng listahan ng argumento
Gamitin ang gap5 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
