gmap - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmap - Genomic Mapping at Alignment Program

SINOPSIS

gmap [Opsyon...] <FASTA file...>, or pusa | gmap [OPSYON...]

Opsyon

input pagpipilian (dapat isama -d or -g)
-D, --dir=direktoryo
Direktoryo ng genome. Default (tulad ng tinukoy ng --with-gmapdb sa configure program)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
Database ng genome. Kung ang argumento ay '?' (kasama ang mga quote), ang command na ito ay naglilista
magagamit na mga database.

-k, --kmer=Int
laki ng kmer na gagamitin sa database ng genome (mga pinapayagang halaga: 16 o mas mababa). Kung hindi
tinukoy, mahahanap ng programa ang pinakamataas na magagamit na laki ng kmer sa genome
database

--sampling=Int
Pagsa-sample na gagamitin sa database ng genome. Kung hindi tinukoy, mahahanap ng programa ang
pinakamaliit na magagamit na halaga ng sampling sa database ng genome sa loob ng napiling laki ng k-mer

-G, --genomefull
Gumamit ng buong genome (lahat ng ASCII char ay pinapayagan; tahasang binuo sa panahon ng pag-setup), hindi
naka-compress na bersyon

-g, --gseg=filename
genomic na segment na ibinigay ng user

-1, --selfalign
I-align ang isang sequence laban sa sarili nito sa FASTA na format sa pamamagitan ng stdin (Kapaki-pakinabang para sa pagkuha
pagsasalin ng protina ng isang nucleotide sequence)

-2, --pairalign
I-align ang dalawang sequence sa FASTA na format sa pamamagitan ng stdin, una ang genomic at pangalawa
ang isa ay cDNA

--cmdline=STRING,STRING
I-align ang dalawang sequence na ito na ibinigay sa command line, una ang genomic at
pangalawa ang cDNA

-q, --bahagi=Int/INT
Iproseso lamang ang i-th sa bawat n sequence hal, 0/100 o 99/100 (kapaki-pakinabang para sa
pamamahagi ng mga trabaho sa isang computer farm).

--input-buffer-size=Int
Sukat ng input buffer (binabasa ng program ang maraming sequence na ito sa isang pagkakataon para sa kahusayan)
(default 1000)

Mga pagpipilian sa pagkalkula

-B, --batch=Int
Batch mode (default = 2)

Mode Offsets Posisyon Genome
0 tingnan ang tala mmap mmap
1 tingnan ang tala mmap at preload mmap
(default) 2 tingnan ang tala mmap at preload mmap at preload
3 tingnan ang tala maglaan ng mmap at preload
4 tingnan ang tala maglaan maglaan
5 palawakin maglaan maglaan

Tandaan: Para sa iisang sequence, lahat ng istruktura ng data ay gumagamit ng mmap
Kung hindi available ang mmap at hindi napili ang paglalaan, gagamitin ang fileio (napakabagal)

Tandaan tungkol sa --batch at mga offset: Maaaring kontrolin ang pagpapalawak ng mga offset
nang nakapag-iisa sa pamamagitan ng --expand-offset bandila. Ang --batch=5 ang opsyon ay katumbas ng
--batch=4 dagdagan --expand-offset=1

--expand-offset=Int
Kung palawakin ang genomic offset index Mga Halaga: 0 (hindi, default), o 1 (oo).
Nagbibigay ang pagpapalawak ng mas mabilis na pagkakahanay, ngunit nangangailangan ng mas maraming memorya

--nosplicing
Ino-off ang splicing (kapaki-pakinabang para sa pag-align ng mga genomic sequence sa isang genome)

--min-intronlength=Int
Min haba para sa isang panloob na intron (default 9). Sa ibaba ng laki na ito, isang genomic gap
ay ituring na isang pagtanggal sa halip na isang intron.

-K, --intronlength=Int
Max na haba para sa isang panloob na intron (default 200000)

-w, --localsplicedist=Int
Max na haba para sa mga kilalang splice site sa dulo ng sequence (default 2000000)

-L, --Kabuuang haba=Int
Max kabuuang haba ng intron (default 2400000)

-x, --chimera-margin=Int
Dami ng hindi nakahanay na sequence na nagti-trigger ng paghahanap para sa natitirang sequence
(default 30). Pinapagana ang pag-align ng mga chimeric reads, at maaaring makatulong sa ilan
non-chimeric reads. Para i-off, itakda sa zero.

--walang-chimeras
Ino-off ang paghahanap ng mga chimera. Parehong epekto ng --chimera-margin=0

-t, --mga thread=Int
Bilang ng mga thread ng manggagawa

-c, --chrsubset=pisi
Limitahan ang paghahanap sa ibinigay na chromosome

-z, --direksyon=STRING
direksyon ng cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, o
auto (default))

-H, --trimendexons=Int
I-trim ang mga end exon na may mas kaunti kaysa sa ibinigay na bilang ng mga tugma (sa nt, default 9)

--canonical-mode=Int
Gantimpala para sa mga canonical at semi-canonical na intron 0=mababang reward, 1=mataas na reward
(default), 2=mababang reward para sa mga sequence na may mataas na pagkakakilanlan at mataas na reward kung hindi

--cross-species
Gumamit ng mas sensitibong paghahanap para sa canonical splicing, na nakakatulong lalo na para sa
cross-species alignment at iba pang mahihirap na kaso

--allow-close-indels=Int
Payagan ang isang pagpapasok at pagtanggal na malapit sa isa't isa (0=hindi, 1=oo (default), 2=lamang
para sa mataas na kalidad na pagkakahanay)

--microexon-spliceprob=Lumutang
Payagan lamang ang mga microexon kung ang isa sa mga probabilidad ng splice site ay mas malaki kaysa dito
halaga (default 0.95)

--cmetdir=STRING
Direktoryo para sa methylcytosine index file (ginawa gamit ang cmetindex) (default ay
lokasyon ng genome index file na tinukoy gamit -D, -V, at -d)

--atoidir=STRING
Direktoryo para sa A-to-I RNA editing index file (ginawa gamit ang atoiindex) (default ay
lokasyon ng genome index file na tinukoy gamit -D, -V, at -d)

--mode=STRING
Alignment mode: standard (default), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, o ttoc-nonstranded. Nangangailangan ang mga non-standard na mode
dati mong pinatakbo ang mga programang cmetindex o atoiindex (na sumasaklaw din sa
ang mga ttoc mode) sa genome

-p, --prunelevel
Antas ng pruning: 0=walang pruning (default), 1=mahinang seqs, 2=paulit-ulit na seqs, 3=mahina at
paulit-ulit

Mga uri ng output

-S, --buod
Ipakita lamang ang buod ng mga pagkakahanay

-A, --align
Ipakita ang mga pagkakahanay

-3, --tuloy-tuloy
Ipakita ang pagkakahanay sa tatlong tuloy-tuloy na linya

-4, --tuloy-tuloy-ng-exon
Ipakita ang pagkakahanay sa tatlong linya bawat exon

-Z, --compress
I-print ang output sa naka-compress na format

-E, --exon=STRING
Mag-print ng mga exon ("cdna" o "genomic")

-P, --protein_dna
Print protein sequence (cDNA)

-Q, --protein_gen
I-print ang pagkakasunud-sunod ng protina (genomic)

-f, --format=Int
Iba pang format para sa output (tandaan din ang -A at -S mga opsyon at iba pang mga opsyon na nakalista
sa ilalim ng mga uri ng Output):
psl (o 1) = PSL (BLAT) na format,
gff3_gene (o 2) = GFF3 gene format,
gff3_match_cdna (o 3) = GFF3 cDNA_match format,
gff3_match_est (o 4) = GFF3 EST_match format,
splicesites (o 6) = splicesites output (para sa GSNAP splicing file),
introns = introns output (para sa GSNAP splicing file),
map_exons (o 7) = IIT FASTA exon na format ng mapa,
map_ranges (o 8) = format ng mapa ng hanay ng IIT FASTA,
coords (o 9) = coords sa format ng talahanayan,
sampe = SAM na format (setting paired_read bit sa flag),
samse = SAM na format (nang walang setting ng paired_read bit)

Mga pagpipilian sa output

-n, --npaths=Int
Maximum na bilang ng mga path na ipapakita (default 5). Kung itatakda sa 1, hindi mag-uulat ang GMAP
chimeric alignment, dahil ang mga iyon ay nagpapahiwatig ng dalawang landas. Kung gusto mo ng isang solong pagkakahanay
kasama ang mga chimeric alignment, pagkatapos ay itakda ito sa 0.

--suboptimal-score=Int
Iulat lamang ang mga path na ang marka ay nasa loob ng value na ito ng pinakamagandang path. Bilang default,
kung hindi ibinigay ang opsyong ito,
ang programa ay nagpi-print ng lahat ng mga landas na natagpuan.

-O, --nag-utos
I-print ang output sa parehong pagkakasunud-sunod ng input (may kaugnayan lamang kung mayroong higit sa isang manggagawa
thread)

-5, --md5
Mag-print ng MD5 checksum para sa bawat sequery ng query

-o, --chimera-overlap
Mag-overlap para ipakita, kung mayroon man, sa chimera breakpoint

--failsonly
I-print lamang ang mga nabigong alignment, ang mga walang resulta

--hindi nabigo
Ibukod ang pag-print ng mga nabigong alignment

-V, --snpsdir=STRING
Direktoryo para sa mga SNPs index file (ginawa gamit ang snpindex) (default ay lokasyon ng
genome index file na tinukoy gamit ang -D at -d)

-v, --use-snps=STRING
Gumamit ng database na naglalaman ng mga kilalang SNP (sa .iit, binuo dati gamit
snpindex) para sa pagpapaubaya sa mga SNP

--split-output=STRING
Basename para sa maramihang-file na output, hiwalay para sa nomapping,
uniq, mult, (at chimera, kung --chimera-margin napili)

--failed-input=STRING
I-print ang mga ganap na nabigong alignment bilang input na FASTA o FASTQ na format sa ibinigay
file. Kung ang --split-output flag ay ibinigay din, ang file na ito ay nabuo bilang karagdagan
sa output sa .nomapping file.

--idagdag-output
Kailan --split-output or --failedinput ay ibinigay, ang watawat na ito ay magdaragdag ng output sa
umiiral na mga file. Kung hindi, ang default ay lumikha ng mga bagong file.

--output-buffer-size=Int
Laki ng buffer, sa mga query, para sa output thread (default 1000). Kapag ang bilang ng
ang mga resultang ipi-print ay lumampas sa laki na ito, ang mga thread ng manggagawa ay itinitigil hanggang sa
na-clear na ang backlog

-F, --buong
Ipagpalagay na full-length na protina, simula sa Met

-a, --cdsstart=Int
Isalin ang mga codon mula sa ibinigay na nucleotide (1-based)

-T, --puputol
Putulin ang pagkakahanay sa paligid ng buong-haba na protina, Met to Stop Implies -F bandila.

-Y, --mapagparaya
Nagsasalin ng cDNA na may mga pagwawasto para sa mga frameshift

Mga opsyon para sa output ng GFF3

--gff3-add-separators=Int
Kung magdagdag ng ### separator pagkatapos ng bawat sequence ng query Mga Halaga: 0 (hindi), 1 (oo,
default)

Mga opsyon para sa output ng SAM

--walang-sam-header
Huwag mag-print ng mga header na nagsisimula sa '@'

--sam-gamitin-0M
Ipasok ang 0M sa CIGAR sa pagitan ng mga katabing pagpapasok at pagtanggal. Kinakailangan ng Picard,
ngunit maaaring magdulot ng mga error sa iba pang mga tool

--force-xs-dir
Para sa RNA-Seq alignment, hindi pinapayagan ang XS:A:? kapag hindi malinaw ang direksyon ng kahulugan, at
arbitraryong pinapalitan ang value na ito ng XS:A:+. Maaaring maging kapaki-pakinabang para sa ilang mga programa, tulad
bilang Cufflinks, hindi kayang hawakan ang XS:A:?. Gayunpaman, kung gagamitin mo ang watawat na ito, ang
ang naiulat na halaga ng XS:A:+ sa mga kasong ito ay hindi magiging makabuluhan.

--md-lowercase-snp
Sa MD string, kapag ang mga kilalang SNP ay ibinibigay ng -v bandila,
nagpi-print ng pagkakaiba sa mga nucleotide bilang lower-case kapag sila,
naiiba sa reference ngunit tumutugma sa isang kilalang alternatibong allele

--action-if-cigar-error
Pagkilos na gagawin kung mayroong hindi pagkakasundo sa pagitan ng haba ng CIGAR at haba ng pagkakasunud-sunod
Mga pinapayagang halaga: huwag pansinin, babala (default), i-abort

--read-group-id=STRING
Halaga na ilalagay sa field ng read-group id (RG-ID).

--read-group-name=STRING
Halaga na ilalagay sa field ng read-group name (RG-SM).

--read-group-library=STRING
Halaga na ilalagay sa field ng read-group library (RG-LB).

--read-group-platform=STRING
Halaga na ilalagay sa field ng read-group library (RG-PL).

Mga opsyon para sa mga marka ng kalidad

--kalidad-protocol=STRING
Protocol para sa mga marka ng kalidad ng input. Mga pinapayagang halaga: illumina (ASCII 64-126)
(katumbas ng -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (katumbas ng -J 33 -j 0)

Default ay sanger (walang kalidad na paglilipat ng pag-print)
Ang mga SAM output file ay dapat may mga marka ng kalidad sa sanger protocol

O maaari mong tukuyin ang paglilipat ng pag-print gamit ang flag na ito:

-j, --kalidad-print-shift=Int
Ilipat ang mga marka ng kalidad ng FASTQ sa halagang ito sa output (default ay 0 para sa sanger
protocol; upang baguhin ang input ng Illumina sa output ng Sanger, piliin -31)

Panlabas na mga opsyon sa file ng mapa

-M, --mapdir=direktoryo
Direktoryo ng mapa

-m, --mapa=iitfile
File ng mapa. Kung ang argumento ay '?' (kasama ang mga quotes),
naglilista ito ng mga available na file ng mapa.

-e, --mapxons
I-map ang bawat exon nang hiwalay

-b, --mapboth
Mag-ulat ng mga hit mula sa parehong mga hibla ng genome

-u, --flanking=Int
Ipakita ang mga flanking hits (default 0)

--print-comment
Ipakita ang linya ng komento para sa bawat hit

Mga pagpipilian sa pag-align ng output

-N, --nolengths
Walang haba ng intron sa pagkakahanay

-I, --invertmode=Int
Mode para sa mga alignment sa genomic (-) strand: 0=Huwag baligtarin ang cDNA (default)
1=Baliktarin ang cDNA at pag-print ng genomic (-) strand 2=Baliktarin ang cDNA at pag-print ng genomic (+)
malagay sa kagipitan

-i, --introngap=Int
Mga nucleotide na ipapakita sa bawat dulo ng intron (default 3)

-l, --wraplength=Int
Haba ng balutin para sa pagkakahanay (default 50)

Pag-filter ng mga pagpipilian sa output

--min-trimmed-coverage=Lumutang
Huwag mag-print ng mga alignment na may trimmed coverage na mas mababa sa value na ito (default=0.0, which
nangangahulugang walang pagsasala) Tandaan na ang mga chimeric alignment ay magiging output anuman ito
filter

--min-pagkakakilanlan=Lumutang
Huwag mag-print ng mga pagkakahanay na may pagkakakilanlan na mas mababa sa halagang ito (default=0.0, na nangangahulugang hindi
pag-filter) Tandaan na ang mga chimeric alignment ay magiging output anuman ang filter na ito
Mga opsyon sa tulong

--suriin
Suriin ang mga pagpapalagay ng compiler

--bersyon
Ipakita ang bersyon

- Tumulong Ipakita ang mensahe ng tulong na ito

Ang iba pang mga tool ng GMAP suite ay matatagpuan sa /usr/lib/gmap

Gamitin ang gmap online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net