Ito ang command na gmod_make_gff_from_dbxref.plp na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - isang tool para sa paggawa ng gff3 file na binigyan ng listahan ng mga dbxref at
mga fasta file.
SINOPSIS
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
COMMAND-LINE Opsyon
--fasta_dir Direktoryo na naglalaman ng mga fasta file (kinakailangan)
--tmp_dir Pansamantalang direktoryo (default: / Tmp)
--type SO term na gagamitin para sa mga nilikhang feature (default: region)
--source Column 2 ng GFF file (default: .)
DESCRIPTION
Ang tool na ito ay kumukuha ng listahan ng mga tab na pinaghihiwalay ng db identifier at accession sa command line
(tulad ng gagawin ng gmod_extract_dbxref_from_gff.pl) kasama ang isang direktoryo na naglalaman ng
fasta file at lumilikha ng GFF file. Sinusubukan ng script ang ilang mga opsyon para sa pagtukoy ng
pag-access sa linya ng paglalarawan ng fasta. Ito ang mga uri ng mga bagay sa kasalukuyan
sinusubukan:
>mi|5419616|mn|TC130707|
para makakuha ng TC130707
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
para makakuha ng CG180994.1
>mi|12821100|mn|2_11498(1330441)|
upang makakuha ng 2_11498.
> 123456
upang makakuha ng 123456 (ibig sabihin, ang buong linya, na siyang huling paraan).
Kung mayroon kang linya para sa paglalarawan na iba dito at gusto mo ng tulong sa pagbabago
ang script na ito upang gumana sa iyong data, mangyaring mag-email sa mailing list ng schema:
[protektado ng email]. Kung ikaw mismo ang magbago ng script upang gumana sa iyong
data, paki-mail din ang schema mailing list upang iulat ang iyong mga pagbabago upang maging sila
kasama.
Gumamit ng gmod_make_gff_from_dbxref.plp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
