gmx-cluster - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-cluster - Mga istruktura ng cluster

SINOPSIS

gmx cluster [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-conv [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-cl [<.xtc/.trr/...>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-ikaw ] [-[hindi]w]
[-xvg ] [-[walang]dista] [-nlevels ]
[-putulin ] [-[walang]angkop] [-max ] [-laktawan ]
[-[no]av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-paraan ] [-minstruct ] [-[walang] binary]
[-M ] [-P ] [-binhi ] [-niter ]
[-hindi sinasadya ] [-kT ] [-[no]pbc]

DESCRIPTION

gmx kumpol maaaring cluster structures gamit ang ilang iba't ibang pamamaraan. Mga distansya sa pagitan
Ang mga istruktura ay maaaring matukoy mula sa isang tilapon o basahin mula sa isang .xpm matrix file na may
-dm opsyon. Ang paglihis ng RMS pagkatapos ng angkop o paglihis ng RMS ng mga distansya ng pares ng atom ay maaaring
ginagamit upang tukuyin ang distansya sa pagitan ng mga istruktura.

single linkage: magdagdag ng istraktura sa isang cluster kapag ang layo nito sa anumang elemento ng
ang cluster ay mas mababa sa cutoff.

Jarvis Patrick: magdagdag ng isang istraktura sa isang cluster kapag ang istraktura at isang istraktura sa
cluster ay may isa't isa bilang mga kapitbahay at mayroon silang hindi bababa sa P magkakapitbahay. Ang
ang mga kapitbahay ng isang istraktura ay ang M pinakamalapit na istruktura o lahat ng istruktura sa loob cutoff.

Monte Carlo: muling isaayos ang RMSD matrix gamit ang Monte Carlo upang ang pagkakasunud-sunod ng mga frame
ay gumagamit ng pinakamaliit na posibleng pagtaas. Gamit ito posible na gumawa ng isang makinis
animation mula sa isang istraktura patungo sa isa pa na may pinakamalaking posibleng (hal.) RMSD
sa pagitan ng mga ito, gayunpaman ang mga intermediate na hakbang ay dapat kasing maliit hangga't maaari. Mga aplikasyon
ay maaaring mailarawan ang isang potensyal ng mean force ensemble ng mga simulation o isang paghila
kunwa. Malinaw na kailangang ihanda nang mabuti ng gumagamit ang tilapon (hal
nakapatong na mga frame). Ang huling resulta ay maaaring suriin nang biswal sa pamamagitan ng pagtingin sa matrix
.xpm file, na dapat mag-iba nang maayos mula sa ibaba hanggang sa itaas.

diagonalization: i-diagonalize ang RMSD matrix.

gromos: gumamit ng algorithm tulad ng inilarawan sa Daura et Al. (Angew. Chem. Int. Ed 1999, 38, pp
236-240). Bilangin ang bilang ng mga kapitbahay gamit ang cut-off, kumuha ng istraktura na may pinakamalaking bilang ng
mga kapitbahay kasama ang lahat ng mga kapitbahay nito bilang kumpol at alisin ito mula sa pool ng mga kumpol.
Ulitin para sa natitirang mga istraktura sa pool.

Kapag itinalaga ng clustering algorithm ang bawat istraktura sa eksaktong isang cluster (single
linkage, Jarvis Patrick at gromos) at isang trajectory file ay ibinibigay, ang istraktura na may
ang pinakamaliit na average na distansya sa iba o ang average na istraktura o lahat ng mga istraktura para sa
ang bawat cluster ay isusulat sa isang trajectory file. Kapag isinusulat ang lahat ng mga istruktura, paghiwalayin
ang mga may bilang na file ay ginawa para sa bawat kumpol.

Dalawang output file ang palaging nakasulat:

· -o isinusulat ang mga halaga ng RMSD sa kaliwang itaas na kalahati ng matrix at isang graphical
paglalarawan ng mga kumpol sa kanang bahagi sa ibaba Kapag -minstruct = 1 ang graphical
ang paglalarawan ay itim kapag ang dalawang istruktura ay nasa parehong kumpol. Kailan -minstruct > 1
iba't ibang kulay ang gagamitin para sa bawat kumpol.

· -g nagsusulat ng impormasyon sa mga opsyon na ginamit at isang detalyadong listahan ng lahat ng mga kumpol at
kanilang mga miyembro.

Bilang karagdagan, maaaring isulat ang isang bilang ng mga opsyonal na output file:

· -dist nagsusulat ng pamamahagi ng RMSD.

· -ev nagsusulat ng eigenvectors ng RMSD matrix diagonalization.

· -sz nagsusulat ng mga laki ng kumpol.

· -tr nagsusulat ng isang matrix ng mga paglipat ng numero sa pagitan ng mga pares ng kumpol.

· -ntr isinusulat ang kabuuang bilang ng mga transition papunta o mula sa bawat cluster.

· -clid isinusulat ang cluster number bilang isang function ng oras.

· -cl nagsusulat ng average (na may opsyon -ng) o sentral na istraktura ng bawat kumpol o pagsusulat
may bilang na mga file na may mga miyembro ng cluster para sa isang napiling hanay ng mga cluster (na may opsyon -wcl,
depende sa -nst at -rmsmin). Ang sentro ng isang cluster ay ang istraktura na may
pinakamaliit na average na RMSD mula sa lahat ng iba pang istruktura ng cluster.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsyonal)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsyonal)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-om [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
X PixMap na katugmang matrix file

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
X PixMap na katugmang matrix file

-g [<.log>] (cluster.log)
Mag-log file

-dist [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-conv [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-sz [<.xvg>] (clust-size.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-clid [<.xvg>] (clust-id.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-cl [<.xtc/.trr/...>] (clusters.pdb) (Opsyonal)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang]dista (hindi)
Gumamit ng RMSD ng mga distansya sa halip na RMS deviation

-nlevels (40)
I-discretize ang RMSD matrix sa bilang ng mga antas na ito

-putulin (0.1)
RMSD cut-off (nm) para sa dalawang istruktura na magkapitbahay

-[walang]angkop (oo)
Gumamit ng hindi bababa sa mga parisukat na angkop bago ang pagkalkula ng RMSD

-max (-1)
Pinakamataas na antas sa RMSD matrix

-laktawan (1)
Pag-aralan lamang ang bawat nr-th frame

-[no]av (hindi)
Sumulat ng average na iso middle structure para sa bawat cluster

-wcl (0)
Isulat ang mga istruktura para sa bilang ng mga kumpol na ito sa mga may bilang na file

-nst (1)
Isulat lamang ang lahat ng istruktura kung higit pa sa bilang na ito ng mga istruktura sa bawat cluster

-rmsmin (0)
pinakamababang pagkakaiba sa rms sa natitirang cluster para sa mga istruktura ng pagsulat

-paraan (linkage)
Paraan para sa pagtukoy ng kumpol: linkage, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalization, gromos

-minstruct (1)
Pinakamababang bilang ng mga istruktura sa cluster para sa pangkulay sa .xpm file

-[walang] binary (hindi)
Tratuhin ang RMSD matrix bilang binubuo ng 0 at 1, kung saan ang cut-off ay ibinigay ng
-putulin

-M (10)
Bilang ng pinakamalapit na kapitbahay na isinasaalang-alang para sa Jarvis-Patrick algorithm, 0 ang ginagamit
cutoff

-P (3)
Bilang ng magkakaparehong pinakamalapit na kapitbahay na kinakailangan upang bumuo ng isang kumpol

-binhi (1993)
Random na number seed para sa Monte Carlo clustering algorithm: <= 0 ay nangangahulugang bumuo

-niter (10000)
Bilang ng mga pag-ulit para sa MC

-hindi sinasadya (0)
Ang mga unang pag-ulit para sa MC ay maaaring gawin nang kumpleto nang random, upang i-shuffle ang mga frame

-kT (0.001)
Boltzmann weighting factor para sa Monte Carlo optimization (zero turn off uphill
mga hakbang)

-[no]pbc (oo)
Check ng PBC

Gumamit ng gmx-cluster online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net