gmx-dyecoupl - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-dyecoupl - I-extract ang dynamics ng dye mula sa mga trajectory

SINOPSIS

gmx dyecoupl [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-hindi na [<.xvg>]]
[-oo [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhist [<.xvg>]]
[-khist [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-ikaw ]
[-[hindi]w] [-xvg ] [-[no]pbcdist] [-[walang] pamantayan]
[-mga basurahan ] [-R0 ]

DESCRIPTION

gmx dyecoupl kinukuha ang dynamics ng dye mula sa mga trajectory file. Sa kasalukuyan, R at kappa^2
sa pagitan ng mga tina ay kinukuha para sa (F)RET simulation na may ipinapalagay na dipolar coupling tulad ng sa
Foerster equation. Pinahihintulutan pa nito ang pagkalkula ng R(t) at kappa^2(t), R at
kappa^2 histograms at average, pati na rin ang agarang FRET na kahusayan E(t) para sa isang
tinukoy ang Foerster radius R_0 (switch -R0). Ang input dyes ay kailangang buo (tingnan ang res at
mol pbc mga pagpipilian sa trjconv). Ang dye transition dipole moment ay kailangang tukuyin sa pamamagitan ng at
kahit isang solong pares ng atom, gayunpaman maraming mga pares ng atom ay maaaring ibigay sa index file.
Ang distansya R ay kinakalkula batay sa mga COM ng ibinigay na mga pares ng atom. Ang
-pbcdist Kinakalkula ng opsyon ang mga distansya sa pinakamalapit na periodic na imahe sa halip na sa distansya
na sa kahon. Ito ay gumagana gayunpaman, para sa pana-panahong mga hangganan sa lahat ng 3 dimensyon. Ang
-karaniwan ang opsyon (lugar-) ay nag-normalize ng mga histogram.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-hindi na [<.xvg>] (rkappa.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-oo [<.xvg>] (insteff.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-o [<.dat>] (rkappa.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-rhist [<.xvg>] (rhist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-khist [<.xvg>] (khist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[no]pbcdist (hindi)
Distansya R batay sa PBC

-[walang] pamantayan (hindi)
I-normalize ang mga histogram

-mga basurahan (50)
# ng histogram bins

-R0 (-1)
Foerster radius kasama ang kappa^2=2/3 in nm

Gumamit ng gmx-dyecoupl online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net