gmx-sasa - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-sasa - Compute solvent accessible surface area

SINOPSIS

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-O [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[- tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ikaw ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-[no]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-siyasat ]
[-mga tuldok ] [-[walang]prot] [-dgs ]
[-ibabaw ] [-output ]

DESCRIPTION

gmx ngayon kinukuwenta ang solvent accessible surface areas. Tingnan ang Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, at Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 para sa ginamit na algorithm. Sa
-q, ang ibabaw ng Connolly ay maaaring mabuo rin sa a .pdb file kung nasaan ang mga node
kinakatawan bilang mga atomo at ang mga gilid na nagkokonekta sa pinakamalapit na mga node bilang mga tala ng CONECT. -odg
nagbibigay-daan para sa pagtatantya ng solvation free energies mula sa per-atom solvation energies bawat
nakalantad na lugar sa ibabaw.

Ang programa ay nangangailangan ng isang seleksyon para sa pagkalkula ng ibabaw na tutukuyin
-ibabaw. Ito ay dapat palaging binubuo ng lahat ng non-solvent atoms sa system. Ang lugar ng
ang pangkat na ito ay palaging kalkulado. Opsyonal, -output maaaring tukuyin ang mga karagdagang pagpipilian,
na dapat ay mga subset ng pangkat ng pagkalkula. Ang solvent-accessible na mga lugar para sa mga ito
ang mga grupo ay nakuha din mula sa buong ibabaw.

Maaaring kalkulahin ang average at standard deviation ng lugar sa trajectory bawat
nalalabi at atom (mga opsyon -O at -oa).

Kasama ang - tv opsyon ang kabuuang volume at density ng molekula ay maaaring kalkulahin. Sa
-pbc (ang default), dapat mong tiyakin na ang iyong molecule/surface group ay hindi nahahati sa kabuuan
PBC. Kung hindi, makakakuha ka ng mga hindi makabuluhang resulta. Mangyaring isaalang-alang din kung ang
ang normal na probe radius ay angkop sa kasong ito o kung mas gugustuhin mong gamitin, hal, 0.
Mabuting tandaan na ang mga resulta para sa dami at densidad ay halos tinatayang.
Halimbawa, sa yelo Ih, madaling magkasya ang mga molekula ng tubig sa mga pores na magbubunga
isang volume na masyadong mababa, at surface area at density na parehong masyadong mataas.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsyonal)
Input trajectory o solong configuration: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsyonal)
Input structure: tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Mga karagdagang pangkat ng index

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
Kabuuang lugar bilang isang function ng oras

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opsyonal)
Tinantyang solvation libreng enerhiya bilang isang function ng oras

-O [<.xvg>] (resarea.xvg) (Opsyonal)
Average na lugar sa bawat nalalabi

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opsyonal)
Average na lugar sa bawat atom

- tv [<.xvg>] (volume.xvg) (Opsyonal)
Kabuuang dami at density bilang isang function ng oras

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Opsyonal)
PDB file para sa Connolly surface

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kung t MOD dt == unang pagkakataon (ps)

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Pag-format ng plot: wala, xmgrace, xmgr

-[no]rmpbc (oo)
Gawing buo ang mga molekula para sa bawat frame

-[no]pbc (oo)
Gumamit ng pana-panahong kundisyon ng hangganan para sa pagkalkula ng distansya

-sf
Magbigay ng mga seleksyon mula sa mga file

-selrpos (atom)
Mga posisyon ng sanggunian sa pagpili: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
buong_res_com, buong_res_cog, buong_mol_com, buong_mol_cog, bahagi_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-siyasat (0.14)
Radius ng solvent probe (nm)

-mga tuldok (24)
Bilang ng mga tuldok sa bawat globo, ang mas maraming tuldok ay nangangahulugan ng higit na katumpakan

-[walang]prot (oo)
I-output ang protina sa Connolly .pdb file din

-dgs (0)
Default na halaga para sa libreng solvation na enerhiya bawat lugar (kJ/mol/nm^2)

-ibabaw
Pagpili ng pagkalkula ng ibabaw

-output
(mga) pagpili ng output

Gumamit ng gmx-sasa online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net