gmx-spol - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-spol - Suriin ang oryentasyon ng solvent na dipole at polarisasyon sa paligid ng mga solute

SINOPSIS

gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[hindi]w]
[-xvg ] [-[no]com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [-lubog ] [-bw ]

DESCRIPTION

gmx kasarian sinusuri ang mga dipoles sa paligid ng isang solute; ito ay lalong kapaki-pakinabang para sa porizable na tubig.
Isang pangkat ng mga reference na atom, o isang sentro ng mass reference (opsyon -com) at isang pangkat ng
kinakailangan ang mga solvent na atom. Hinahati ng programa ang pangkat ng mga solvent na atom sa mga molekula.
Para sa bawat solvent molecule ang distansya sa pinakamalapit na atom sa reference group o sa
Natukoy ang COM. Naka-plot ang pinagsama-samang pamamahagi ng mga distansyang ito. Para sa bawat isa
distansya sa pagitan ng -rmin at -rmax ang panloob na produkto ng distance vector at ang dipole
ng solvent molecule ay tinutukoy. Para sa mga solvent molecule na may net charge (ions), ang
Ang netong singil ng ion ay ibinabawas nang pantay-pantay sa lahat ng mga atomo sa pagpili ng bawat ion.
Ang average ng mga bahaging ito ng dipole ay nakalimbag. Ang parehong ay ginagawa para sa polariseysyon,
kung saan ang average na dipole ay ibinabawas mula sa instantaneous dipole. Ang laki ng
ang average na dipole ay nakatakda sa opsyon -lubog, ang direksyon ay tinutukoy ng vector mula sa
ang unang atom sa napiling solvent group hanggang sa midpoint sa pagitan ng pangalawa at ng
ikatlong atom.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[no]com (hindi)
Gamitin ang sentro ng masa bilang reference na posisyon

-refat (1)
Ang reference na atom ng solvent molecule

-rmin (0)
Pinakamataas na distansya (nm)

-rmax (0.32)
Pinakamataas na distansya (nm)

-lubog (0)
Ang average na dipole (D)

-bw (0.01)
Ang lapad ng bin

Gumamit ng gmx-spol online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net