gmx-tcaf - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-tcaf - Kalkulahin ang lagkit ng mga likido

SINOPSIS

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-hindi na [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-ng [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hindi]w] [-xvg ] [-[no]mol] [-[no]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[no] gawing normal] [-P ]
[-fitfn ] [-magsimula ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx tcaf kinukuwenta ang mga tranverse current na autocorrelations. Ang mga ito ay ginagamit upang tantiyahin ang
lagkit ng gupit, eta. Para sa mga detalye tingnan ang: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359-366.

Ang mga transverse currents ay kinakalkula gamit ang k-vectors (1,0,0) at (2,0,0) bawat isa din sa
ang y- At z-direksyon, (1,1,0) at (1,-1,0) bawat isa din sa 2 iba pang eroplano (mga
ang mga vector ay hindi independyente) at (1,1,1) at ang 3 iba pang mga diagonal ng kahon (hindi rin
malaya). Para sa bawat k-vector ang sine at cosine ay ginagamit, kasama ang
bilis sa 2 patayo na direksyon. Nagbibigay ito ng kabuuang 16*2*2=64 na nakahalang
agos. Isang autocorrelation ang kinakalkula para sa bawat k-vector, na nagbibigay ng 16
Mga TCAF. Ang bawat isa sa mga TCAF na ito ay nilagyan ng f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), na nagbibigay ng 16 na halaga ng tau at eta. Ang fit
Ang mga timbang ay mabilis na nabubulok sa oras na pare-pareho w (ibinigay sa -wt) bilang exp(-t/w), at ang
Ang TCAF at fit ay kinakalkula hanggang sa oras na 5*w. Ang mga halaga ng eta ay dapat na magkasya sa 1 - a
eta(k) k^2, kung saan matatantya ng isa ang lagkit ng paggugupit sa k=0.

Kapag kubiko ang kahon, magagamit ng isa ang opsyon -oc, na nag-a-average ng mga TCAF sa lahat
k-vector na may parehong haba. Nagreresulta ito sa mas tumpak na mga TCAF. Parehong kubiko
Sinusulatan ang mga TCAF at fit -oc Ang mga pagtatantya ng cubic eta ay isinusulat din sa -ov.

Gamit ang pagpipilian -mol, ang transverse current ay tinutukoy ng mga molekula sa halip na mga atomo. Sa
sa kasong ito, ang pangkat ng index ay dapat na binubuo ng mga numero ng molekula sa halip na mga numero ng atom.

Ang k-dependent viscosities sa -ov dapat na magkasya ang file sa eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
upang makuha ang lagkit sa walang katapusang wavelength.

tandaan: tiyaking sapat na madalas mong isulat ang mga coordinate at bilis. Ang inisyal,
non-exponential, bahagi ng autocorrelation function ay napakahalaga para sa pagkuha ng a
magandang kasya.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsyonal)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-hindi na [<.xvg>] (transcur.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr file

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr file

-ng [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr file

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[no]mol (hindi)
Kalkulahin ang TCAF ng mga molekula

-[no]k34 (hindi)
Gamitin din ang k=(3,0,0) at k=(4,0,0)

-wt (5)
Exponential decay time para sa TCAF fit weights

-acflen (-1)
Haba ng ACF, ang default ay kalahati ng bilang ng mga frame

-[no] gawing normal (oo)
I-normalize ang ACF

-P (0)
Order of Legendre polynomial para sa ACF (0 ay nagpapahiwatig ng wala): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Wala)
Fit function: wala, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-magsimula (0)
Oras kung saan sisimulan ang exponential fit ng correlation function

-endfit (-1)
Oras kung saan tatapusin ang exponential fit ng correlation function, -1 ay hanggang sa
dulo

Gumamit ng gmx-tcaf online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net