gtf2gff3p - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gtf2gff3 - Kino-convert ang mga file na naka-format sa GTF sa mga wastong GFF3 file

VERSION

Inilalarawan ng dokumentong ito ang bersyon 0.1

SINOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIPTION

Iko-convert ng script na ito ang mga file na naka-format sa GTF sa mga wastong file na naka-format na GFF3. Magmapa ito
ang halaga sa column 3 (\"type\" column) sa wastong SO, ngunit dahil maraming hindi karaniwang termino
maaaring lumabas sa column na iyon sa mga GTF file, maaari mong i-edit ang config file upang maibigay ang iyong sarili
GTF tampok sa SO pagmamapa. Ang script ay bubuo din ng mga modelo ng gene mula sa mga exon, CDS at
iba pang mga tampok na ibinigay sa GTF file. Ito ay kasalukuyang nasubok sa Ensemble at Twinscan
GTF, at dapat itong gumana sa anumang iba pang mga file na sumusunod sa parehong detalye. ginagawa nito
hindi gumagana sa GTF mula sa UCSC table browser dahil ang mga file na iyon ay gumagamit ng parehong ID para sa gene
at transcript, kaya imposibleng ipangkat ang maraming transcript sa isang gene. Tingnan ang
README na kasama ng script para sa higit pang impormasyon.

OPSYON:

--cfg
Ibigay ang filename para sa isang config file. Tingnan ang configuration file na ibinigay kasama nito
script para sa mga detalye ng format. Gamitin ang configuration file na ito upang baguhin ang gawi ng
iskrip. Kung walang ibinigay na config file, hinahanap nito ang ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg sa ayos na iyon.

- Tumulong
Magbigay ng detalyadong mensahe ng tulong sa istilo ng man page at pagkatapos ay lumabas.

DIAGNOSTICS

"ERROR: Nawawala o hindi karaniwang mga katangian: parse_attributes"
Ang isang linya sa GTF file ay walang anumang mga katangian, o ang column ng mga katangian nito ay
hindi maipaliwanag.

"ERROR: Hindi sinusuportahan ang feature na non-transcript gene. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta:
build_gene"
Isinasaad ng babalang ito na nilaktawan ang isang linya dahil naglalaman ito ng hindi transcript
gene feature, at ang code ay kasalukuyang hindi nasangkapan sa ganitong uri ng feature.
Malamang na hindi ito masyadong mahirap idagdag, kaya makipag-ugnayan sa akin kung makuha mo ang error na ito at gagawin mo ito
gustong masuportahan ang mga feature na ito.

"ERROR: Dapat magkaroon ng kahit man lang mga exon o CDS para makabuo ng transcript: build_trnsc"
May transcript_id ang ilang feature ngunit walang mga exon o CDS na nauugnay dito
na transcript_id kaya nabigo ang script na bumuo ng isang transcript.

"ERROR: seq_id conflict: validate_and_finish_trnsc"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong transcript na hindi nagbahagi ng parehong seq_id.

"ERROR: source conflict: validate_and_finish_trnsc"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong transcript na hindi nagbahagi ng parehong pinagmulan.

"ERROR: uri ng conflict: validate_and_finish_trnsc"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong transcript na inaasahang magkakapareho
type pero hindi nila ginawa.

"ERROR: strand conflict: validate_and_finish_trnsc"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong transcript na hindi nakabahagi sa parehong strand.

"ERROR: seq_id conflict: validate_and_build_gene"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong gene na hindi nagbahagi ng parehong seq_id.

"ERROR: source conflict: validate_and_build_gene"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong gene na hindi nagbabahagi ng parehong pinagmulan.

"ERROR: strand conflict: validate_and_build_gene"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong gene na hindi nagbabahagi ng parehong strand.

"ERROR: gene_id conflict: validate_and_build_gene"
Nakakita ng dalawang feature sa loob ng parehong gene na hindi nagbahagi ng parehong gene_id.

"FATAL: Hindi mabuksan ang GTF file: file_name para sa pagbabasa."
Hindi mabuksan ang GTF file para sa pagbabasa.

"FATAL: Kailangan ng mga exon o CDS para makabuo ng mga transcript: process_start"
Na-annotate ang isang feature na start_codon ngunit walang nauugnay na mga exon o CDS
gamit ang transcript_id na iyon kaya nabigo ang script.

"FATAL: Untested code in process_start. Makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta."
Ang script ay isinulat upang magpahiwatig ng panimulang codon batay sa pagkakaroon ng 5' UTR, ngunit kami
walang halimbawa ng ganitong uri ng GTF noong isinulat namin ang code, kaya pinatay namin ang proseso
kaysa magpatakbo ng hindi nasubukang code. Makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta.

"FATAL: Di-wastong set ng feature: process_start"
Sinubukan naming isaalang-alang ang lahat ng posibleng paraan ng paghihinuha ng panimulang codon o paghihinuha ng aa non-
coding gene, ngunit nabigo kami. Ang iyong kumbinasyon ng mga tampok ng gene ay hindi gumagawa
kahulugan sa atin. Hindi mo dapat makuha ang error na ito, at kung gagawin mo, talagang gusto naming makita
ang GTF file na bumuo nito. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta.

"FATAL: Kailangan ng mga exon o CDS para makabuo ng mga transcript: process_stop"
Na-annotate ang feature na stop_codon ngunit walang mga exon o CDS na nauugnay dito
na transcript_id kaya nabigo ang script.

"FATAL: Untested code in process_stop. Makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta."
Ang script ay isinulat upang magpahiwatig ng isang stop codon batay sa pagkakaroon ng isang 3' UTR, ngunit kami
walang halimbawa ng ganitong uri ng GTF noong isinulat namin ang code, kaya pinatay namin ang proseso
kaysa magpatakbo ng hindi nasubukang code. Makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta.

"FATAL: Di-wastong set ng feature: process_stop"
Sinubukan naming isaalang-alang ang lahat ng posibleng paraan ng paghihinuha ng stop codon o paghihinuha ng aa non-
coding gene, ngunit nabigo kami. Ang iyong kumbinasyon ng mga tampok ng gene ay hindi gumagawa
kahulugan sa atin. Hindi mo dapat makuha ang error na ito, at kung gagawin mo, talagang gusto naming makita
ang GTF file na bumuo nito. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta.

"FATAL: Di-wastong set ng feature: process_exon_CDS_UTR"
Sinubukan naming isaalang-alang ang lahat ng posibleng paraan ng paghihinuha ng mga exon, CDS at UTR ngunit ginawa namin
nabigo. Ang iyong kumbinasyon ng mga tampok ng gene ay hindi makatuwiran sa amin. Ikaw talaga
dapat kailanman makakuha ng error na ito, at kung gagawin mo, talagang gusto naming makita ang GTF file na iyon
nabuo ito. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda para sa suporta.

"FATAL: Kinakailangan ang reference ng array: sort_features."
Hindi dapat ma-trigger ng isang user ang error na ito. Ito ay halos tiyak na nagpapahiwatig ng a
bug ng software. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda.

"FATAL: Hindi matukoy ang strand sa: sort_feature_types."
Ito ay maaaring magpahiwatig na ang iyong GTF file ay hindi nagpapahiwatig ng strand para sa mga tampok na iyon
kailanganin ito. Maaari rin itong magpahiwatig ng isang bug sa software. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda.

"FATAL: Kailangan ng hash reference: sort_feature_types."
Hindi dapat ma-trigger ng isang user ang error na ito. Ito ay halos tiyak na nagpapahiwatig ng a
bug ng software. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda.

"FATAL: Invalid value na ipinasa sa strand: strand."
Ito ay maaaring magpahiwatig na ang iyong GTF file ay hindi nagpapahiwatig ng strand para sa mga tampok na iyon
kailanganin ito. Pag-isipang gamitin ang DEFAULT_STRAND parameter sa config file. Maaaring
nagpapahiwatig din ng isang bug sa software. Mangyaring makipag-ugnayan sa may-akda.

Configuration AT Kapaligiran

Isang configuration file ang ibinigay kasama ng script na ito. Hahanapin iyon ng script
configuration file sa ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg o /etc/gtf2gff3.cfg sa ayos na iyon.
Kung ang configuration file ay hindi matatagpuan sa isa sa mga lokasyong iyon at ang isa ay hindi ibinigay
sa pamamagitan ng --cfg flag susubukan nitong pumili ng ilang matino na mga default, ngunit dapat ka talagang magbigay
ang configuration file. Tingnan ang mismong ibinigay na configuration file pati na rin ang README
na kasama ng package na ito para sa format at mga detalye tungkol sa configuration file.

MGA DEPENDENSIYA

Ang script na ito ay nangangailangan ng mga sumusunod na perl package na available mula sa CPAN
(www.cpan.org).

Getopt::Long; gumamit ng Config::Std;

HINDI PAGKAKASUNDO

Wala iniulat.

Gamitin ang gtf2gff3p online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net