hhmake - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hhmake - bumuo ng isang HMM mula sa isang input alignment o mag-convert sa pagitan ng HMMER format at HHsearch
format

SINOPSIS

hhmake -i file [pagpipilian]

DESCRIPTION

HHmake bersyon 2.0.16 (Enero 2013) Bumuo ng HMM mula sa isang input alignment sa A2M, A3M, o
FASTA na format, o mag-convert sa pagitan ng HMMER format (.hmm) at HHsearch format (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A, at Soding J. HHblits: Lightning-fast iterative protein sequence
paghahanap sa pamamagitan ng HMM-HMM alignment. Nat. Paraan 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
alignment ng query (A2M, A3M, o FASTA), o HMM ng query

Pagbubuhos na pagpipilian:
-o
HMM file na isusulat sa (default= )

-a
HMM file na idaragdag sa

-v
verbose mode: 0:no screen output 1: only warings 2: verbose

-seq
max. bilang ng mga query/template sequence na ipinapakita (def=10) Mag-ingat sa mga overflow! Lahat
ang mga sequence na ito ay nakaimbak sa memorya.

-cons gumawa ng consensus sequence master sequence ng query na MSA

-yam
gamitin ang pangalang ito para sa HMM (default: gamitin ang pangalan ng unang sequence)

I-filter ang query ng multiple sequence alignment

-id [0,100] maximum pairwise sequence identity (%) (def=90)

- pagkakaiba [0,inf[
i-filter ang MSA sa pamamagitan ng pagpili ng karamihan sa magkakaibang hanay ng mga pagkakasunud-sunod, na pinapanatili ang kahit gaano karami
seqs sa bawat MSA block na may haba na 50 (def=100)

-cov [0,100] minimum na saklaw na may query (%) (def=0)

-qid [0,100] minimum sequence identity na may query (%) (def=0)

-qsc [0,100] minimum na marka bawat column na may query (def=-20.0)

-neff [1,inf]
target na pagkakaiba-iba ng pagkakahanay (default=off)

input pagkakahanay format:
-M a2m gumamit ng A2M/A3M (default): upper case = Tugma; maliit na titik = Insert; '-' = Tanggalin; '.' =
mga puwang na nakahanay sa mga pagsingit (maaaring alisin)

-M una
gamitin ang FASTA: ang mga column na may nalalabi sa 1st sequence ay mga estado ng pagtutugma

-M [0,100]
gamitin ang FASTA: ang mga column na may mas kaunti sa X% na gaps ay mga estado ng pagtutugma

Pseudocount (pc) na pagpipilian:
-pcm 0-2 position dependence ng pc admixture 'tau' (pc mode, default=0)

0: walang pseudo na bilang:
tau = 0

1: pare-pareho
tau = a

2: diversity-dependent: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: number of
epektibong seqs sa lokal na MSA sa paligid ng column i) 3: pare-pareho ang pagkakaiba-iba ng mga pseudocount

-pca [0,1] pangkalahatang pseudocount admixture (def=1.0)

-pcb [1,inf[ Neff threshold value para sa -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extinction exponent c para sa -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount admixture (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER threshold para sa Neff (def=1.8)

Partikular sa konteksto pseudo-counts:
-nocontxt
gumamit ng substitution-matrix sa halip na mga pseudocount na tukoy sa konteksto

-contxt context file para sa pag-compute ng mga pseudocount na tukoy sa konteksto
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
column state file para sa mabilis na pag-prefilter ng database (default=./data/cs219.lib)

Halimbawa: hhmake -i pagsubok.a3m

Gamitin ang hhmake online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net