hmmlogo - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hmmlogo - binigyan ng HMM, gumawa ng data na kinakailangan para makabuo ng logo ng HMM

SINOPSIS

hmmlogo [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

hmmlogo kinukuwenta ang taas ng titik at mga parameter ng indel na maaaring magamit upang makagawa ng isang profile
Logo ng HMM. Ang tool na ito ay mahalagang interface ng command-line para sa karamihan ng data
pinagbabatayan ng Skylign logo server (skylign.org).

Sa pamamagitan ng default, hmmlogo nagpi-print ng talahanayan ng mga taas ng bawat posisyon ng titik (depende sa
hiniling na paraan ng taas), pagkatapos ay nagpi-print ng talahanayan ng mga probabilidad ng gap sa bawat posisyon.

Sa isang karaniwang logo, ang kabuuang taas ng isang stack ng mga titik para sa isang posisyon ay nakasalalay sa
nilalaman ng impormasyon ng posisyon, at ang taas ng stack ay nahahati ayon sa
mga posibilidad ng pagpapalabas ng mga titik ng alpabeto.

Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

--height_relent_all
Kabuuang taas = relatibong entropy (aka nilalaman ng impormasyon); lahat ng letra ay binibigyan ng a
positibong taas. (default)

--height_relent_abovebg
Kabuuang taas = relatibong entropy (aka nilalaman ng impormasyon); mga titik lamang na may nasa itaas-
ang posibilidad sa background ay binibigyan ng positibong taas.

--high_score
Kabuuang taas = mga kabuuan ng mga marka ng mga titik ng positibong pagmamarka; ang taas ng titik ay nakasalalay sa
ang marka ng sulat na iyon sa posisyong iyon. Mga titik lamang na may background sa itaas
ang posibilidad (positibong marka) ay binibigyan ng positibong taas. (Pansinin na ang liham lamang
ang taas ay makabuluhan - ang taas ng stack ay walang likas na kahulugan).

--walang_indel
Huwag i-print ang indel probability table.

Gamitin ang hmmlogo online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net