Ito ang command na macs2_bdgopt na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
macs2_bdgopt - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing
DESCRIPTION
paggamit: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiply,add,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFILE
opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-i IFILE, --ifile IFILE
marka ng MACS sa bedGraph. Tandaan: ito ay dapat na isang bedGraph file na sumasaklaw sa BUONG
genome. KAILANGAN
-m {multiply,add,p2q}, --paraan {multiply,add,p2q}
Paraan para baguhin ang column ng score ng bedGraph file. Ang mga magagamit na pagpipilian ay:
paramihin, idagdag o p2q. 1) multiply, ang EXTRAPARAM ay kailangan at magiging
pinarami sa hanay ng puntos. Kung balak mong hatiin ang column ng score sa X, gamitin
halaga ng 1/X bilang EXTRAPARAM. 2) idagdag, ang EXTRAPARAM ay kinakailangan at idadagdag sa
ang hanay ng puntos. Kung balak mong ibawas ang column ng score ng X, gamitin ang value ng -X
bilang EXTRAPARAM. 3) p2q, iko-convert nito ang mga marka ng p-value sa mga marka ng q-value gamit
Proseso ng Benjamini-Hochberg. Ang EXTRAPARAM ay hindi kinakailangan. Ipinapalagay ng pamamaraang ito
ang mga score ay -log10 p-value mula sa MACS2. Anumang iba pang uri ng marka ang magdudulot
hindi inaasahang mga pagkakamali.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Ang dagdag na parameter para sa METHOD. Suriin ang detalye ng -m pagpipilian.
--labas OUTDIR
Kung tinukoy ang lahat ng mga output file ay isusulat sa direktoryo na iyon. Default: ang
kasalukuyang gumaganang direktoryo
-o OFILE, --ofile OFILE
Output BEDGraph filename.
Gumamit ng macs2_bdgopt online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
