macs2 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

macs2 - macs2 - Pagsusuri na nakabatay sa modelo para sa ChIP-Sequencing

DESCRIPTION

paggamit: macs2 [-h] [--bersyon]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...

macs2 -- Model-based na Pagsusuri para sa ChIP-Sequencing

posibilidad mga argumento:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}

callpeak
Pangunahing MACS2 Function: Tumawag sa mga peak mula sa mga resulta ng alignment.

bdgpeakcall
Mga call peak mula sa output ng bedGraph. Tandaan: Lahat ng mga rehiyon sa parehong chromosome sa
dapat tuloy-tuloy ang bedGraph file kaya ang bedGraph file lang mula sa MACS2 ang
katanggap-tanggap.

bdgbroadcall
Tumawag ng malawak na mga taluktok mula sa output ng bedGraph. Tandaan: Lahat ng mga rehiyon sa parehong chromosome sa
dapat tuloy-tuloy ang bedGraph file kaya ang bedGraph file lang mula sa MACS2 ang
katanggap-tanggap.

bdgcmp Bawasan ang ingay sa pamamagitan ng paghahambing ng dalawang signal track sa bedGraph. Tandaan: Lahat ng mga rehiyon sa
Ang parehong chromosome sa bedGraph file ay dapat na tuluy-tuloy kaya bedGraph file lang
mula sa MACS2 ay katanggap-tanggap.

bdgopt Operations sa column ng score ng bedGraph file. Tandaan: Ang lahat ng mga rehiyon sa parehong
chromosome sa bedGraph file ay dapat tuloy-tuloy kaya bedGraph file lang ang mula sa
Ang MACS2 ay tinatanggap.

cmbreps
Pagsamahin ang BEDGgraph ng mga score mula sa mga replika. Tandaan: Ang lahat ng mga rehiyon sa parehong
chromosome sa bedGraph file ay dapat tuloy-tuloy kaya bedGraph file lang ang mula sa
Ang MACS2 ay tinatanggap.

bdgdiff
Differential peak detection batay sa nakapares na apat na bedgraph file. Tandaan: Lahat ng rehiyon
sa parehong chromosome sa bedGraph file ay dapat tuloy-tuloy kaya bedGraph lang
Ang mga file mula sa MACS2 ay tinatanggap.

filterdup
Alisin ang mga duplicate na nabasa sa parehong posisyon, pagkatapos ay i-convert ang katanggap-tanggap na format sa BED
format.

hinulaan
Hulaan ang d o laki ng fragment mula sa mga resulta ng alignment. *HINDI magfi-filter ng mga duplicate*

pileup Pileup aligned reads na may ibinigay na laki ng extension (laki ng fragment o d sa MACS
wika). Tandaan na walang hakbang para sa pag-filter o pag-sequence ng mga duplicate na pagbabasa
depth scaling, kaya maaaring kailanganin mong gawin ang ilang partikular na pre/postprocessing.

randsample
Random na sample na numero/porsiyento ng kabuuang nabasa.

refinepeak
(Eksperimento) Kumuha ng raw reads alignment, pinuhin ang mga peak summit at magbigay ng mga score
pagsukat ng balanse ng mga waston/crick tag. May inspirasyon ng SPP.

opsyonal mga argumento:
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas

--bersyon
ipakita ang numero ng bersyon ng programa at lumabas

Para sa mga opsyon sa command line ng bawat command, i-type ang: macs2 COMMAND -h

Gumamit ng macs2 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net