maqview - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

Maqview - Maq alignment indexer at viewer

SINOPSIS

maqindex -i|-v|-b [-c sa.cns] sa.mapa [chr[:simula[-dulo]] [...]]

maqview [-c sa.cns] sa.mapa

DESCRIPTION

Maqview ay isang set ng mga program na nakakamit ng mabilis na random na pag-access sa alignment file
nabuo ng `magkasundo map', at ipinapakita ang pagkakahanay na may magandang GUI (Graphical User
Interface). Ito ay lubos na mahusay sa bilis, memorya at paggamit ng disk. Maqview ay nakabase sa
OpenGL at kilala na gumagana sa parehong Mac OS X at Linux. Ang pag-port sa Windows ay sa prinsipyo
madali.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c sa.cns] sa.mapa [chr[:simula[-dulo]] [...]]

-i I-index ang alignment file

-v I-print ang alignment sa tinukoy na rehiyon sa format na `maq mapview'

-b Itapon ang alignment sa tinukoy na rehiyon sa binary na .map na format

-c FILE I-index ang Maq consensus file para sa pagtingin sa maqview nang sabay

Programa maqindex ini-index ang isang maq alignment file sa.mapa o mabilis na makuha ang lahat ng nabasa sa
isa o maraming rehiyon. Isa sa -i, -v at -b dapat gamitin. Para sa -v or -b, kahit isa
rehiyon tulad ng `chrX', `chrX:1000' o `chrX:1,000-2,000' ay dapat tukuyin. Maramihang mga rehiyon
ay pinapayagan.

maqview
maqview [-c sa.cns] sa.mapa

-c FILE Ang Maq consensus file

Programa maqview ipinapakita ang read alignment sa isang graphical na window. Kailan sa.cns is
tinukoy, ang nangungunang sequence ay ang reference, na sinusundan ng Maq consensus sequence;
kung hindi, kakalkulahin ang pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan.

May dalawang view ang Maqview: sequence view at box view. Sa sequence view, basahin ang sequence
ay ipi-print sa screen. Ang mas madilim na mga base ay nagpapahiwatig ng mas mababang mga katangian ng base at mga pula
ipakita ang mga pagkakaiba sa paghahambing sa sanggunian kung sa.cns ay tinukoy o sa
pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan kung hindi. Sa box view, ang iba't ibang uri ng nucleotides ay
kinakatawan bilang mga kahon ng kulay na may berde para sa A, cyan para sa C, orange para sa G, pula para sa T at madilim
grey para sa N. Ang saturation ng mga kulay ay nagpapahiwatig ng mga batayang katangian at ang kapal ng mga linya
of reads ay nagpapakita ng mga katangian ng pagmamapa ng mga read alignment. Ang pag-zoom in/out ay sinusuportahan lamang
sa box view. Sa parehong view, ang status bar sa ibaba ng window ay magpapakita ng ilan
impormasyon tungkol sa mga key touch, at basahin ang mga pangalan at pangunahing katangian na itinuro ng mouse.

Ang pag-navigate sa pagkakahanay ay nagagawa sa pamamagitan ng walang kabuluhang key bindings.

· Mga pangunahing pagkakatali:

? Ipakita ang tulong
Lumabas
View ng pagkakasunud-sunod
Tingnan ang kahon
p Lumipat sa nakaraang reference sequence
n Lumipat sa susunod na reference sequence
r I-refresh

Lumipat sa posisyong itinuro ni
h / Lumipat pakaliwa ng isang base
l / Ilipat pakanan sa isang base
k / Umakyat sa isang linya
j / Ilipat pababa ng isang linya
> Ilipat sa susunod na babasahin
< Ilipat sa naunang binasa
g / Ilipat sa simula ng kasalukuyang sanggunian
G / Ilipat sa dulo ng kasalukuyang reference
ikaw / Ilipat pakaliwa ng isang pahina
/ Ilipat pakanan sa isang pahina
Ilipat ng 100 base
Ilipat ng 1000 base

+ Magdagdag ng bagong view
- Alisin ang kasalukuyang view

I-toggle ang on/off sa kanan auto-scrolling
^b I-toggle ang on/off sa kaliwang awtomatikong pag-scroll
+ Mag-zoom in
- Mag-zoom out
0 Mag-zoom sa default na sukat
q I-toggle ang ipakita/itago ang mga katangian ng pagmamapa
e I-toggle ang pagpapakita ng mga katangian ng pagmamapa ng SE/PE
o Magbukas ng bagong alignment file

· Maglagay ng integer at pagkatapos ay pindutin ang upang tumalon sa kinakailangang posisyon.

· Maglagay ng integer at pagkatapos ay pindutin ang isang key maliban sa para mapabilis ang pag-scroll ng
tinukoy na salik.

· Mag-left click at i-drag ang dilaw na krus sa parisukat upang lumipat sa pagkakasunud-sunod. Tama
i-click ang reference upang i-highlight ang isang column.

Gamitin ang maqview online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net